GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 3 pośrednich wersji utworzonych przez tego samego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small>
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2014.12.05-R1}}
+
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017.04.20-R1|wersja2='''2014.12.05-R1'''}}
  
 
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
 
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Aktualna wersja na dzień 10:48, 13 paź 2017

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS

GAMESS
Gamess.png
Serwer Wersja
Bem 2017.04.20-R1
2014.12.05-R1
Kontakt
kdm@wcss.pl


GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

  • wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
  • wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
  • wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
  • wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
  • szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
Typ SCF= RHF ROHF UHf GVB MCSCF
energia CDP CDP CDP CDP CDP
gradienty analityczne CDP CDP CDP CDP CDP
numeryczny Hessian CDP CDP CDP CDP CDP
analityczny Hessian CDP CDP - CDP -
energia CI CDP CDP - CDP CDP
gradient CI CD - - - -
energia MP2 CDP CDP CDP - CP
gradient MP2 CDP - CD - -
energia CC CD - - - -
energia DFT CDP CDP CDP - -
gradient DFT CDP CDP CDP - -
energia MOPAC tak tak tak tak -
gradient MOPAC tak tak tak - -

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Bem.

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess/WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

  • INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
  • INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
  • TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
  • REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
  • PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
  • IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

Zobacz też