OpenPBS

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
The printable version is no longer supported and may have rendering errors. Please update your browser bookmarks and please use the default browser print function instead.

< Podręcznik użytkownika KDM < System kolejkowy < PBS < OpenPBS

! W związku z wycofaniem z użytku komputera Tezro OpenPBS nie jest juz używany w WCSS.
OpenPBS
Serwery
Tezro
Kontakt
kdm@wcss.pl

OpenPBS (Open Portable Batch System) jest darmowym systemem kolejkowania i dystrybucji obciążenia, zaprojektowanym dla NASA Ames Research Center. OpenPBS jest aplikacją sieciową i działa na wielu platformach unix'owych (włącznie z heterogenicznymi klastrami stacji roboczych), superkomputerach i systemach masywnie równoległych. OpenPBS jest darmową wersją systemu PBSPro.

OpenPBS działa na komputerze Tezro. Był także wykorzystywany na wycofanych z użytku klastrach Układ i Gromada (gdzie zastąpiony został aktualniejszą wersją Torque/PBS).

Opcje skryptów OpenPBS

Przedstawione poniżej opcje można podać w linii wywołania polecenia qsub lub wewnątrz skryptu uruchamiającego zadanie (patrz także Przykładowy skrypt OpenPBS).

Pełna lista opcji znajduje się w manualu systemowym polecenia qsub (man qsub).

  • -a date_time - określa datę i czas, po którym zadanie może zostać uruchomione. Parametr date_time musi mieć format: [[[[CC]YY]MM]DD]hhmm[.S].
  • -e path - docelowa ścieżka dla strumienia standardowego wyjścia błędów zadania. Parametr path musi mieć format: [hostname:]path_name.
  • -I określa zadanie jako interaktywne. Zadanie takie zostanie w typowy sposób wstawione do kolejki, ale po uruchomieniu strumienie standardowego wejścia i wyjścia zostaną podłączone do terminala z którego wydano polecenie kolejkowania.
  • -j join - łączy lub rozdziela strumienie standardowego wyjścia i standardowego wyjścia błędów w zależności od argumentu join:
    • oe - dołącza standardowe wyjście błędów do standardowego wyjścia
    • eo - dołącza standardowe wyjście do standardowego wyjścia błędów
    • n - rozłącza strumienie standardowego wyjścia od standardowego wyjścia błędów (domyślne)
  • -l resource_list - określa listę zasobów wymaganych przez zadanie i jednocześnie nakłada na zadanie takie limity.
  • -m mail_options - określa kiedy wysłać do użytkownika pocztę z informacją o zadaniu, gdzie opcje to: n - brak poczty; a - (domyślne) zadanie zostało "zabite"; b - zadanie zostało uruchomione; e - zadanie zakończyło się poprawnie.
  • -N name określa nazwę zadania (może mieć do 15 znaków i pierwszym znakiem musi być litera).
  • -o path określa ścieżkę dla strumienia standardowego wyjścia. Parametr path musi mieć format: [hostname:]path_name.
  • -q destination określa docelową kolejkę.
  • -S path_list określa interpreter, który ma przetworzyć skrypt uruchamiający zadanie. Jeśli interpreter nie zostanie podany, to użyty będzie shell startowy użytkownika.
  • -v variable_list określa listę zmiennych środowiskowych do przekazania zadaniu. Jest to lista elementów typu zmienna=wartość oddzielonych przecinkami.
  • -V eksportuje wszystkie bieżąco ustawione zmienne środowiskowe do zadania kolejkowanego poleceniem qsub.

Przykładowy skrypt OpenPBS

# Przykładowy skrypt OpenPBS. 

# interpreter skryptu: 
#PBS -S /bin/tcsh 

# wyślij pocztę gdy zadanie uruchomi się, zakończy lub zostanie 
# przerwane 
#PBS -m abe 

# ustaw limity: 1 CPU, 24 godziny czasu realnego, 2 godziny czasu CPU, 
# 100MB pamięci 
#PBS -l ncpus=1 
#PBS -l walltime=24:00:00,cput=2:00:00 
#PBS -l mem=100MB 

# nazwa zadania: 
#PBS -N my_simple_job 

rm my_simple_job.o* # skasuj poprzednio wygenerowane przez OpenPBS-a pliki 
rm my_simple_job.e* 
cd fortran # zmień katalog 
rm ./*.out                     # skasuj zbędne/przeszkadzające pliki 

f77 simple.f           # uruchom kompilację 
./a.out >> simple.out  # uruchom kompilat z przekierowaniem wyników


Przykłady wyników poleceń OpenPBS'a

wodor:~ $ qstat 

Job id          Name        User    Time Use S Queue 
--------------- ----------- ------- -------- - ------
1300.uklad.wcss startpp     user1    875:14:0 R normal 
1448.uklad.wcss g98_FlCS3b  user2    540:07:0 R normal 
1476.uklad.wcss g98_5r      user3    239:07:3 R normal 
1478.uklad.wcss g98_5t      user4    198:56:4 R normal   
1675.uklad.wcss g98_hfc.in  user5    0        Q normal 
1676.uklad.wcss g98_hfct.in user5    0        Q normal 
1677.uklad.wcss STDIN       user6    0        Q normal  

wodor:~ $ qstat -Q 

Queue  Max Tot Ena Str Que Run Hld Wat Trn Ext Type 
---------------- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --- --------- 
short   16   0 yes yes   0   0   0   0   0   0 Execution 
normal  16  19 yes yes   3  16   0   0   0   0 Execution 

wodor:~ $ qstat -a 

wodor.uklad.wcss.wroc.pl: 
                                                             Req'd Req'd   Elap 
Job ID          Username Queue    Jobname    SessID NDS TSK Memory Time S Time 
--------------- -------- -------- ---------- ------ --- --- ------ ----- - ----- 
1300.uklad.wcss user1     normal   startpp     30871  --   1     -- 900:0 R 875:1 
1448.uklad.wcss user2     normal   g98_FlCS3b   1914  --   1     -- 744:0 R 540:0 
1476.uklad.wcss user3     normal   g98_5r      10602  --   1     -- 744:0 R 239:0 
1478.uklad.wcss user4     normal   g98_5t      16815  --   1     -- 744:0 R 198:5 
1675.uklad.wcss user5     normal   g98_hfc.in     --  --   1     -- 744:0 Q    -- 
1676.uklad.wcss user5     normal   g98_hfct.i     --  --   1     -- 744:0 Q    -- 
1677.uklad.wcss user6     normal   STDIN          --  --   1     -- 744:0 Q    -- 

wodor:~ $ qstat -f 1677 

Job Id: 1677.uklad.wcss.wroc.pl 
   Job_Name = STDIN 
   Job_Owner = user6@uklad.wcss.wroc.pl 
   job_state = Q 
   queue = normal 
   server = uklad.wcss.wroc.pl 
   Checkpoint = u 
   ctime = Wed Jun 12 12:36:19 2002
   Error_Path = uklad.wcss.wroc.pl:/home/user6/STDIN.e1677 
   Hold_Types = n 
   Join_Path = n 
   Keep_Files = n 
   Mail_Points = a 
   mtime = Wed Jun 12 12:36:19 2002 
   Output_Path = uklad.wcss.wroc.pl:/home/user6/STDIN.o1677 
   Priority = 0 
   qtime = Wed Jun 12 12:36:19 2002 
   Rerunable = True 
   Resource_List.cput = 744:00:00 
   Resource_List.ncpus = 1 
   Resource_List.vmem = 800mb
   substate = 10 
   Variable_List = PBS_O_HOME=/home/user6,PBS_O_LANG=pl_PL, PBS_O_LOGNAME=user6, 
       PBS_O_PATH=.:/home/user6/bin:/sbin:/usr/sbin:/usr/local/sbin:/usr/X11 
       R6/bin:/usr/local/ifc/compiler50/ia32/bin:/usr/local/pgi/linux86/bin:/u 
       sr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/bin/X11:/usr/games, 
       PBS_O_MAIL=/var/mail/user6,PBS_O_SHELL=/bin/bash,
       PBS_O_HOST=uklad.wcss.wroc.pl,PBS_O_WORKDIR=/home/user6,
       PBS_O_QUEUE=normal 
       euser = user6 
       egroup = user6 
       queue_rank = 684 
       queue_type = E 
       etime = Wed Jun 12 12:36:19 2002 

wodor:~ $ qstat -B 

Server           Max Tot Que Run Hld Wat Trn Ext Status 
---------------- --- --- --- --- --- --- --- --- ---------- 
uklad.wcss.wroc.   0  19   3  16   0   0   0   0 Active



Zobacz też: Konfiguracja kolejek PBS, system kolejkowy, układ, gromada, tezro.

Systemy
kolejkowe 		PBSPro
Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=OpenPBS&oldid=3408”