Molden

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molden

Molden
Molden.gif
Serwer Wersja
Bem 5.2
Kontakt
kdm@wcss.pl


Molden - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.

Główne zastosowania
  • Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
  • Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
  • Animacja ścieżki reakcji.
  • Zaawansowany edytor Z-Matrix.
Uruchomienie programu Molden
  • Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine Instrukcja
  • Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> molden


Praca interaktywna

Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:

> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software Molden/5.2

Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:

> module load molden (dla wersji domyślnej)
> molden/5.2-gcc4.9.2

Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:

> molden
Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Molden w sieci

Zobacz też : oprogramowanie KDM