https://kdm.wcss.pl/w/api.php?action=feedcontributions&user=Mateuszj&feedformat=atomKdmWiki - Wkład użytkownika [pl]2024-03-29T13:18:07ZWkład użytkownikaMediaWiki 1.35.2https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS&diff=6239ANSYS2022-08-16T12:48:53Z<p>Mateuszj: Zmiana linków na aktualne do ICM</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS |logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=21.1, 19.0, 18.2 (wybrane pakiety)|serwer3=[[Klaster kampusowy]] |wersja31=17.2 (wybrane pakiety)|serwer4=Do pobrania |wersja41=17.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Mechanical|Mechanical]], [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}<br />
'''ANSYS''' - płatne oprogramowanie do m.in. obliczeń strukturalnych i dynamiki płynów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' ('''7 sztuk'''). Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań'''. Od 1 lipca 2016 dostępny jest pakiet SpaceClaim.<br />
<br />
Studenci mogą bezpłatnie korzystać z wersji studenckiej ANSYS <br />
:http://www.ansys.com/student<br />
<br />
== Dostępne pakiety ==<br />
W ramach licencji dostępnych jest szereg pakietów ([http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table pełna lista na stronie producenta]), w tym:<br />
*[[ANSYS Mechanical]]<br />
**[[ANSYS Maxwell]]<br />
**[[ANSYS HFSS]]<br />
*[[ANSYS CFD]]<br />
** [[ANSYS Fluent]]<br />
** [[ANSYS CFX]]<br />
** [[ANSYS ICEM CFD]]<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze Bem ==<br />
Dostęp do poleceń <br />
runwb2<br />
launcher<br />
launcherWERSJA<br />
jest możliwy po załadowaniu modułu:<br />
module load ansys/19.0<br />
Prace należy prowadzić w ramach zadania [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS|interaktywnego]] z przekierowaniem [[Logowanie|wyświetlania]].<br />
<br />
== Uruchomienie na własnym komputerze ==<br />
Aby zainstalować ANSYS na własnym komputerze, trzeba mieć konto KDM WCSS.<br />
Wersja dystrybucyjna jest dostępna na [[Serwer_FTP|serwerze FTP]].<br />
Należy skonfigurować <br />
[[Korzystanie_z_VPN|połączenie vpn]].<br />
<br />
<br />
<br />
Adresy i porty serwera licencji dostępne są na stronie<br />
https://kdm.icm.edu.pl/Licencje_krajowe/ansys_konfiguracja<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ansys.com Serwis producenta]<br />
* [https://kdm.icm.edu.pl/Licencje_krajowe/ansys_przykladowe_zadanie ANSYS przykładowe zadanie]<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table Lista pakietów dostępnych w ramach licencji ''Academic Multiphysics Campus Solution'' na stronie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TURBOMOLE&diff=6238TURBOMOLE2022-07-05T11:59:05Z<p>Mateuszj: zmiana strony forum</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.5, 7.3, 7.1.1, 7.0|wersja2='''6.6''', 6.3|wersja3=5.10}}<br />
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.<br />
<br />
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==<br />
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.<br />
<br />
;Sposób użycia:<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-turbomole<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:<br />
<pre><br />
aoforce egrad grad mdprep proper rimp2 thirdruecker<br />
atbandbta eigerf gradruecker moloch radless riper thirdsammel<br />
bsseenergy escf gradsammel mpgrad rdgrad rirpa tm2molden<br />
ccsdf12 evib haga mpshift relax ruecker uff<br />
cosmoprep fdetools hessruecker odft ricc2 sammler vibration<br />
define freeh hesssammel pnoccsd ricctools sdg woelfling<br />
dscf frog intense promowa ridft statpt write_plv <br />
</pre><br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]<br />
* [https://forum.turbomole.org/ Forum użytkowników TURBOMOLE]<br />
* [https://doi.org/10.1063/5.0004635 TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020)]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6237Orca2022-04-20T08:52:31Z<p>Mateuszj: Przywrócenie wersji ORCA 4</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=4.2.1|wersja2=4.1.1|wersja3=4.0.1|wersja4=4.0.0|wersja5=3.0.3}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6236Orca2022-04-20T08:50:57Z<p>Mateuszj: Anulowanie wersji 6216 autorstwa Mateuszj (dyskusja)</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.0.0|wersja2=4.2.1, 4.1.1, 4.0.1, 4.0.0|wersja3='''3.0.3'''}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 5.* 4.* należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Lista_aplikacji&diff=6234Szablon:Lista aplikacji2021-12-10T12:07:10Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div>[[Abaqus]] '''&sdot;''' [[ABINIT]] '''&sdot;''' [[ADF]] '''&sdot;''' [[Amber]] '''&sdot;''' [[ANSYS]] [&nbsp;[[ANSYS CFD]]: &nbsp;[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[AutoDock]] '''&sdot;''' [[BAGEL]] '''&sdot;''' [[Beast]] '''&sdot;''' [[Biovia]] [&nbsp;[[Materials Studio]], [[Discovery Studio]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Cfour]] '''&sdot;''' [[Comsol]] '''&sdot;''' [[CP2K]] '''&sdot;''' [[CPMD]] '''&sdot;''' [[CRYSTAL]] '''&sdot;''' [[Dalton]] '''&sdot;''' [[Dask]] '''&sdot;''' [[DIRAC]] '''&sdot;''' [[FDS-SMV]] '''&sdot;''' [[GAMESS]] '''&sdot;''' [[Gaussian]] '''&sdot;''' [[Gromacs]] '''&sdot;''' [[IDL]] '''&sdot;''' [[Lumerical]] [&nbsp;[[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Mathcad]] '''&sdot;''' [[Mathematica]]'''&sdot;''' [[Matlab]] '''&sdot;''' [[Molcas]] '''&sdot;''' [[Molden]] '''&sdot;''' [[Molpro]] '''&sdot;''' [[MOPAC]] '''&sdot;''' [[NAMD]] '''&sdot;''' [[NBO]] '''&sdot;''' [[NWChem]] '''&sdot;''' [[OpenFOAM]] '''&sdot;''' [[OpenMolcas]] '''&sdot;''' [[Orca]] '''&sdot;''' [[Quantum ESPRESSO]] '''&sdot;''' [[R]] '''&sdot;''' [[Rosetta]] '''&sdot;''' [[SIESTA]] '''&sdot;''' [[Tinker]] '''&sdot;''' [[TURBOMOLE]] '''&sdot;''' [[VASP]] '''&sdot;''' [[VMD]] '''&sdot;''' [[WIEN2k]] <noinclude><br />
[[Kategoria:Szablony]]<br />
</noinclude></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6233Szablon:Nowości2021-12-10T12:06:14Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div>* 2021.04.30 [[ANSYS|Ansys-21.1]]<br />
* 2021.04.15 [[CRYSTAL|CRYSTAL17-1.0.2]]<br />
* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CRYSTAL&diff=6232CRYSTAL2021-12-10T12:04:36Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Crystal|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=CRYSTAL09 2.0.1|wersja2=CRYSTAL17 1.0.2}}<br />
'''CRYSTAL''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].<br />
<br />
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).<br />
<br />
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:<br />
* widma wibracyjne,<br />
* strukturę elektronową,<br />
* właściwości magnetyczne,<br />
* właściwości dielektryczne.<br />
<br />
'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
sub-crystal17-1.0.2<br />
<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
'''Informacje o wykorzystaniu'''<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
; Zobacz też:<br />
* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://tutorials.crystalsolutions.eu/ Tutorial CRYSTAL17]<br />
* [https://www.crystal.unito.it/Manuals/crystal17.pdf Dokumentacja CRYSTAL17]<br />
* [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1360 Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CRYSTAL&diff=6231CRYSTAL2021-12-10T12:04:16Z<p>Mateuszj: Dodanie opisu o wersji CRYSTAL17</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Crystal|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=CRYSTAL09 2.0.1|wersja2=CRYSTAL17 1.0.2}}<br />
'''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].<br />
<br />
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).<br />
<br />
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:<br />
* widma wibracyjne,<br />
* strukturę elektronową,<br />
* właściwości magnetyczne,<br />
* właściwości dielektryczne.<br />
<br />
'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
sub-crystal17-1.0.2<br />
<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
'''Informacje o wykorzystaniu'''<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
; Zobacz też:<br />
* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://tutorials.crystalsolutions.eu/ Tutorial CRYSTAL17]<br />
* [https://www.crystal.unito.it/Manuals/crystal17.pdf Dokumentacja CRYSTAL17]<br />
* [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1360 Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CRYSTAL09&diff=6230CRYSTAL092021-12-10T10:59:57Z<p>Mateuszj: Mateuszj przeniósł stronę CRYSTAL09 do CRYSTAL: nowa wersja CRYSTAL17</p>
<hr />
<div>#PATRZ [[CRYSTAL]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=CRYSTAL&diff=6229CRYSTAL2021-12-10T10:59:57Z<p>Mateuszj: Mateuszj przeniósł stronę CRYSTAL09 do CRYSTAL: nowa wersja CRYSTAL17</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL09</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Crystal09|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=2.0.1}}<br />
'''CRYSTAL09''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się sześć wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz CRYSTAL09. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].<br />
<br />
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).<br />
<br />
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:<br />
* widma wibracyjne,<br />
* strukturę elektronową,<br />
* właściwości magnetyczne,<br />
* właściwości dielektryczne.<br />
<br />
'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal09 (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-crystal09<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-crystal09 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-crystal09 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
'''Informacje o wykorzystaniu'''<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
; Zobacz też:<br />
* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu]<br />
<br />
{{Oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS_CFD&diff=6226ANSYS CFD2021-10-27T07:14:55Z<p>Mateuszj: /* Instalacja na własnym komputerze */ Nowe porty serwera licencji</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS CFD</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS CFD|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=18.2 | serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}<br />
'''ANSYS CFD''' - oprogramowanie firmy ANSYS przeznaczone do obliczeniowej mechaniki płynów, na które składa się solver [[ANSYS Fluent|Fluent]], solver [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]] i środowisko ''Workbench 2''.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' (7 sztuk) i 10 licencji HPC. Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań''' działających równocześnie, każde na maksymalnie 4 rdzenie z możliwością dodania do 10 rdzeni z puli HPC.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Pakiet programów ANSYS CFD jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna i badawcza).<br />
Sposób ustawienia środowiska i uruchamiania wybranych modułów CFD opisany jest na stronach:<br />
* [[ANSYS Fluent]]<br />
* [[ANSYS CFX]]<br />
* [[ANSYS ICEM CFD]]<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Instalacja na własnym komputerze ==<br />
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta/CFX/ICEM CFD (wersja badawcza) na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami.<br />
<br />
Jeśli ta możliwość zostanie potwierdzona należy:<br />
<br />
* Pobrać ze wskazanego miejsca i zainstalować pakiet ANSYS na wybraną architekturę;<br />
* Nawiązać połączenie '''VPN WCSS''' zgodnie z [[Korzystanie z VPN|instrukcją]];<br />
* Podczas instalacji podać w oknie konfiguracji licencji:<br />
** ANSYS Licensing Interconnect port number - '''2325'''<br />
** ANSYS FLEXlm port number - '''1055'''<br />
** serwer licencji - '''ansys.licencja.icm.edu.pl'''<br />
<br />
Połączenie z VPN WCSS powinno być każdorazowo nawiązywane przed i pozostawać aktywne podczas korzystania z aplikacji.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+CFD Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/ANSYS Informacje o licencji krajowej]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6219Psi42021-07-16T12:13:32Z<p>Mateuszj: /* Dokumentacja */</p>
<hr />
<div>{{uwaga2|Strona w budowie}} <br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.2.1'''|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
*[https://psicode.org/psi4manual/master/index.html Psi4 Manual]<br />
*[https://psicode.org/psi4manual/master/index_tutorials.html Psi4 Tutorial]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6218Psi42021-07-16T12:13:24Z<p>Mateuszj: /* Dokumentacja */</p>
<hr />
<div>{{uwaga2|Strona w budowie}} <br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.2.1'''|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
*[https://psicode.org/psi4manual/master/index.html Psi4 Manual<br />
*[https://psicode.org/psi4manual/master/index_tutorials.html Psi4 Tutorial]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6216Orca2021-07-12T12:03:22Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.0.0|wersja2=4.2.1, 4.1.1, 4.0.1, 4.0.0|wersja3='''3.0.3'''}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 5 lub 4 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6215Orca2021-07-12T12:03:05Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.0.0|wersja2=4.2.1, 4.1.1, 4.0.1, 4.0.0|wersja3='''3.0.3'''}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 5.* 4.* należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6214Szablon:Nowości2021-07-12T12:02:17Z<p>Mateuszj: Nowy moduł orca 5.0.0</p>
<hr />
<div>* 2021.07.12 [[Orca|Orca-5.0.0]]<br />
* 2021.04.30 [[ANSYS|Ansys-21.1]]<br />
* 2021.04.15 Crystal17<br />
* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6213Orca2021-07-12T12:01:13Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.0.0|wersja2=4.2.1, 4.1.1, 4.0.1, 4.0.0|wersja3='''3.0.3'''}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Orca&diff=6212Orca2021-07-12T12:00:20Z<p>Mateuszj: Nowy moduł orca 5.0.0</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Orca</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Orca|logo=[[Plik:orca.jpg|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.0.0|wersja2=4.2.1, 4.1.1, 4.0.1, 4.0.0|wersja3=3.0.3}}<br />
'''Orca''' - oprogramowanie chemiczne do obliczeń metodą ''ab initio'', DFT i półempiryczne SCF-MO.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Orca jest udostępniana przez Max-Planck-Institute for Chemical Energy Conversion, Muelheim an der Ruhr na licencji własnej. Zgodnie z tą licencją użytkownicy WCSS mogą korzystać z pakietu na komputerach WCSS, w celach naukowych. Wykorzystanie w celach komercyjnych jest zabronione.<br />
<br />
'''''Aby móc korzystać z programu Orca 4.1.1 lub 4.0.1 lub 4.0.0 należy zarejestrować się na oficjalnej stronie internetowej (https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/portal), zaakceptować warunki nowej licencji (zobacz [https://cec.mpg.de/orcadownload/index.php treść licencji]) i przesłać na adres kdm@wcss.pl potwierdzenie jej posiadania.'''''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następującej pracy:<br/> '''''Neese, F.; "Software update: the ORCA program system, version 4.0" WIREs Comput Mol Sci 2017, e1327. doi: 10.1002/wcms.1327'''''<br />
<br />
Manual podaje, które artykuły należy cytować w związku z wykorzystaniem konkretnych metod.<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-orca (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
>sub-orca <br />
Usage: /usr/local/bin/sub-orca input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-orca test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:<br />
<br />
> '''qsub -I''' -l walltime=06:00:00 -l software=Orca_3.0.3<br />
<br />
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:<br />
> '''module load orca''' (dla wersji domyślnej)<br />
> module load orca/3.0.3<br />
<br />
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia <code>orca</code> i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.<br />
<br />
Dla obliczeń sekwencyjnych wystarczy wywołać program (z przekierowaniem wyników do pliku):<br />
> orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
Orca posiada równoległą implementację części modułów, opartą o OpenMPI. <br />
* Dla wersji 3.0.3 są to:<br />
:SCF, SCFGRAD, CASSCF / NEVPT2, MDCI (Coupled-Cluster), CPSCF, CIS/TDDFT, MP2 and RI-MP2 (including gradient), EPRNMR, SOC, ROCIS, PC, MRCI, Numerical Gradients and Frequencies.<br />
<br />
Aby uruchomić program równolegle, należy w pliku wejściowym podać liczbę żądanych rdzeni. Można to zrobić na dwa sposoby (przykłady dla 4 rdzeni):<br />
<br />
! PAL4<br />
(dopuszczalne są wartości od PAL2 do PAL8)<br />
<br />
lub<br />
<br />
%pal nprocs 4<br />
end <br />
<br />
Wstawiając zadanie skryptem <code>sub-orca</code> należy podać taką samą liczbę rdzeni jako parametr wywołania skryptu. Trzeba pamiętać o zadeklarowaniu odpowiedniego rozmiaru pamięci, np. dla 4 rdzeni:<br />
> sub-orca plik_wejsciowy -p 4 -m 7200<br />
<br />
Wywołując program dla obliczeń równoległych w zadaniu interaktywnym lub w swoim skrypcie, należy podać jego pełną lokalizację. Lokalizacja plików wykonywalnych jest dostępna pod zmienną <code>ORCA_ROOT</code> ustawianą przez moduł:<br />
> module load orca<br />
> $ORCA_ROOT/orca plik_wejsciowy >& plik_wyjsciowy.out &<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/ Strona domowa programu]<br />
* [https://orcaforum.kofo.mpg.de/app.php/help/faq FAQ] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS&diff=6209ANSYS2021-04-30T12:18:10Z<p>Mateuszj: /* Uruchamianie na klastrze Bem */</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS |logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=21.1, 19.0, 18.2 (wybrane pakiety)|serwer3=[[Klaster kampusowy]] |wersja31=17.2 (wybrane pakiety)|serwer4=Do pobrania |wersja41=17.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Mechanical|Mechanical]], [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}<br />
'''ANSYS''' - płatne oprogramowanie do m.in. obliczeń strukturalnych i dynamiki płynów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' ('''7 sztuk'''). Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań'''. Od 1 lipca 2016 dostępny jest pakiet SpaceClaim.<br />
<br />
Studenci mogą bezpłatnie korzystać z wersji studenckiej ANSYS <br />
:http://www.ansys.com/student<br />
<br />
== Dostępne pakiety ==<br />
W ramach licencji dostępnych jest szereg pakietów ([http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table pełna lista na stronie producenta]), w tym:<br />
*[[ANSYS Mechanical]]<br />
**[[ANSYS Maxwell]]<br />
**[[ANSYS HFSS]]<br />
*[[ANSYS CFD]]<br />
** [[ANSYS Fluent]]<br />
** [[ANSYS CFX]]<br />
** [[ANSYS ICEM CFD]]<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze Bem ==<br />
Dostęp do poleceń <br />
runwb2<br />
launcher<br />
launcherWERSJA<br />
jest możliwy po załadowaniu modułu:<br />
module load ansys/19.0<br />
Prace należy prowadzić w ramach zadania [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS|interaktywnego]] z przekierowaniem [[Logowanie|wyświetlania]].<br />
<br />
== Uruchomienie na własnym komputerze ==<br />
Aby zainstalować ANSYS na własnym komputerze, trzeba mieć konto KDM WCSS.<br />
Wersja dystrybucyjna jest dostępna na [[Serwer_FTP|serwerze FTP]].<br />
Należy skonfigurować <br />
[[Korzystanie_z_VPN|połączenie vpn]].<br />
<br />
<br />
<br />
Adresy i porty serwera licencji dostępne są na stronie<br />
https://kdm.icm.edu.pl/Licencje_krajowe/ansys/<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ansys.com Serwis producenta]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/ANSYS Informacje o licencji krajowej]<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table Lista pakietów dostępnych w ramach licencji ''Academic Multiphysics Campus Solution'' na stronie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS_CFX&diff=6208ANSYS CFX2021-04-30T12:15:10Z<p>Mateuszj: Nowa wersja ANSYS 2021 R1</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS CFX</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS CFX|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]]|wersja=21.1 |wersja2=19.0, 19.5 |wersja3=18.2 |serwer2=[[Supernova]] |wersja21=16.2 |wersja22=15.0 |wersja23=14.5 |wersja24=13.0| serwer3=[[Klaster kampusowy]] |wersja32=13.0 |wersja31=14.5 |serwer4=Do pobrania |wersja41=16.2}}<br />
'''ANSYS CFX''' - solver CFX jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS Fluent|Fluent]] i środowisko ''Workbench 2''.<br />
<br />
Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
CFX jest częścią pakietu [[ANSYS CFD]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
CFX jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).<br />
<br />
=== Bem ===<br />
CFX zainstalowany jest w wersji sekwencyjnej i równoległej w katalogu: <code>/usr/local/ansys_inc/WERSJA/CFX/ </code><br />
<br />
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki należy korzystać z gotowych skryptów:<br />
sub-cfx-18.2 <br />
Uzycie: /usr/local/bin/sub-cfx-18.2 [opcje] plik.def<br />
gdzie opcje to:<br />
-n liczba_rdzeni (domyslnie 1)<br />
-m ilosc_pamieci_na_rdzen_w_MB (domyslnie 1800)<br />
-o ilosc_pamieci_dla_pierwszego_rdzenia (brak domyslnej wartosci, uzywane tylko gdy liczba rdzeni > 1)<br />
-i plik_cont.res<br />
-q kolejka (domyslnie main)<br />
-w walltime (domyslnie 504 h)<br />
<br />
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowaniem wyświetlania]], uruchomić [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie zadania interaktywnego|zadanie interaktywne]] i wydać polecenie:<br />
> module load cfx/18.2<br />
> runwb2<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu]. Następnie można założyć rezerwację pakietu w wersji dydaktycznej (ANSYS v.13.0) lub badawczej (ANSYS v.14.5).<br />
<br />
== Instalacja na własnym komputerze ==<br />
Istnieje możliwość zainstalowania CFX (wersja badawcza) na swoim komputerze. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami ([[kontakt]]).<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+CFX Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS_Fluent&diff=6207ANSYS Fluent2021-04-30T12:14:13Z<p>Mateuszj: Nowa wersja ANSYS 2021 R1</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS Fluent</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS Fluent|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=21.1, 19.5, 19.0, 18.2 |serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2 }}<br />
'''ANSYS Fluent''' - oprogramowanie do obliczeniowej mechaniki płynów. Od 2010 r. solver Fluent jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS CFX|CFX]] i środowisko ''Workbench 2''.<br />
<br />
Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Fluent jest częścią pakietu [[ANSYS|Ansys Academic Multiphysics Campus Solution]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
ANSYS Fluent jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).<br />
<br />
=== Bem ===<br />
Fluent jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Bem]]. Aby ustawić środowisko aplikacji należy załadować moduł poleceniem:<br />
$ module load fluent/19.0<br />
<br />
<!--<br />
==== Inicjalizacja licencji ====<br />
'''Uwaga:''' Przed pierwszym uruchomieniem aplikacji każdy użytkownik musi mieć ustawione środowisko do pobierania licencji. Może zwrócić się z prośbą do administratorów o ustawienie środowiska lub zrobić to samodzielnie. Wystarczy po zalogowaniu się na swoje konto, uruchomić program ANSYSLIC_ADMIN Utility:<br />
ssh -X supernova.wcss.wroc.pl<br />
/usr/local/ansys_inc/shared_files/licensing/lic_admin/anslic_admin<br />
Następnie należy wybrać opcję "Set License Preferences for User", a w kolejnym oknie wersję oprogramowania. W następnym oknie w sekcji "Global Settings" należy zaznaczyć opcję "Use Academic Licenses", i po zaznaczeniu (kliknięciu) pliku licencji na liście dostępnych licencji, wcisnąć przycisk "OK". <br />
--><br />
==== Uruchamianie aplikacji ====<br />
Fluent może działać w trybie interaktywnym lub wsadowym. Zalecane jest, aby trybu interaktywnego używać do zdefiniowania modelu, krótkich testów oraz postprocessingu, natomiast obliczenia przeprowadzać wsadowo. Tryb wsadowy wymaga przygotowania pliku z danymi modelu i poleceniami programu, co można wykonać z poziomu GUI.<br />
<br />
===== Interfejs graficzny =====<br />
Aby skorzystać z GUI Fluenta na klastrze Bem należy:<br />
# Zalogować się na serwer z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowanie wyświetlania]]<br />
#: <pre> > ssh -X login@bem.wcss.pl</pre><br />
# Uruchomić zadanie interaktywne w systemie kolejkowania (najlepiej w kolejce short6h, która ma wysoki priorytet, więc zadanie uruchomi się możliwie najszybciej)<br />
#: <pre> > qsub -X -I -l software=Fluent -l walltime=6:00:00</pre><br />
# Ustawić środowisko<br />
#: <pre> > module load fluent/19.0</pre><br />
# Uruchomić aplikację lub środowisko Workbench<br />
#: <pre> > fluent</pre><br />
#:Jako argumenty polecenia można podać z jaką dokładnością mają być przeprowadzane obliczenia (domyślnie pojedyncza precyzja, możliwe jest ustawienie podwójnej precyzji - <code>dp</code>) oraz wymiar przestrzenny modelu (<code>2d, 3d</code>). <br />
#:<br />
#:Przykład: Uruchomienie Fluenta z podwójną precyzją i modelem w 3D:<br />
#: <pre>> fluent 3ddp</pre><br />
<br />
===== Interfejs tekstowy =====<br />
Aby skorzystać z interfejsu tekstowego w trybie konwersacyjnym należy uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g<br />
<br />
Można wówczas wybrać precyzję obliczeń i wymiar przestrzenny modelu, lub podać te parametry od razu przy wywołaniu polecenia. <br />
<br />
Przykład: Uruchomienie konsoli Fluenta z pojedynczą precyzją i modelem w 2D:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g 2d<br />
<br />
Z konsoli wychodzi się poleceniem <code>exit</code>.<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki na klastrze BEM można korzystać z gotowych skryptów:<br />
<pre>sub-fluent-19.0<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-fluent-19.0 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-a arch (default - 2d, possible values: 2d 3d 2ddp 3ddp)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)</pre><br />
<br />
<br />
Zadania są uruchamiane przez skrypt bez grafiki. Zadania równoległe działają z wykorzystaniem sieci Infiniband.<br />
<br />
===== Środowisko Workbench =====<br />
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z przekierowaniem wyświetlania, uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> runwb2<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu usługi].<br />
<br />
Następnie można założyć rezerwację na wersję dydaktyczną programu (v.13) lub badawczą (v.14.5).<br />
<br />
== Instalacja na własnym komputerze ==<br />
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami. <br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
Dokumentacja Fluenta jest dostępna po wykonaniu polecenia na BEM:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> fluent -help<br />
<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+Fluent Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS&diff=6206ANSYS2021-04-30T12:13:55Z<p>Mateuszj: Nowa wersja ANSYS 2021 R1</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ANSYS</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS |logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=21.1, 19.0, 18.2 (wybrane pakiety)|serwer3=[[Klaster kampusowy]] |wersja31=17.2 (wybrane pakiety)|serwer4=Do pobrania |wersja41=17.2.0 |składowe=Pakiety|lista=[[ANSYS Mechanical|Mechanical]], [[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], Workbench 2, [[ANSYS ICEM CFD|ICEM CFD]], i inne}}<br />
'''ANSYS''' - płatne oprogramowanie do m.in. obliczeń strukturalnych i dynamiki płynów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
W ramach licencji krajowej, koordynowanej przez ICM, WCSS udostępnia od 1 lipca 2015 r. licencje '''badawcze''': ''ANSYS Academic Multiphysics Campus Solution'' ('''7 sztuk'''). Licencja WCSS pozwala więc na uruchomienie maksymalnie '''7 zadań'''. Od 1 lipca 2016 dostępny jest pakiet SpaceClaim.<br />
<br />
Studenci mogą bezpłatnie korzystać z wersji studenckiej ANSYS <br />
:http://www.ansys.com/student<br />
<br />
== Dostępne pakiety ==<br />
W ramach licencji dostępnych jest szereg pakietów ([http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table pełna lista na stronie producenta]), w tym:<br />
*[[ANSYS Mechanical]]<br />
**[[ANSYS Maxwell]]<br />
**[[ANSYS HFSS]]<br />
*[[ANSYS CFD]]<br />
** [[ANSYS Fluent]]<br />
** [[ANSYS CFX]]<br />
** [[ANSYS ICEM CFD]]<br />
<br />
== Uruchamianie na klastrze Bem ==<br />
Dostęp do poleceń <br />
runwb2<br />
lancher<br />
launcherWERSJA<br />
jest możliwy po załadowaniu modułu:<br />
module load ansys/19.0<br />
Prace należy prowadzić w ramach zadania [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS|interaktywnego]] z przekierowaniem [[Logowanie|wyświetlania]].<br />
<br />
== Uruchomienie na własnym komputerze ==<br />
Aby zainstalować ANSYS na własnym komputerze, trzeba mieć konto KDM WCSS.<br />
Wersja dystrybucyjna jest dostępna na [[Serwer_FTP|serwerze FTP]].<br />
Należy skonfigurować <br />
[[Korzystanie_z_VPN|połączenie vpn]].<br />
<br />
<br />
<br />
Adresy i porty serwera licencji dostępne są na stronie<br />
https://kdm.icm.edu.pl/Licencje_krajowe/ansys/<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.ansys.com Serwis producenta]<br />
* [http://www.icm.edu.pl/kdm/ANSYS Informacje o licencji krajowej]<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Academic/Academic-Product-Features-Table Lista pakietów dostępnych w ramach licencji ''Academic Multiphysics Campus Solution'' na stronie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6205Szablon:Nowości2021-04-30T12:13:30Z<p>Mateuszj: Nowa wersja ANSYS 2021 R1</p>
<hr />
<div>* 2021.04.30 [[ANSYS|Ansys-21.1]]<br />
* 2021.04.15 Crystal17<br />
* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2<br />
* 2021.03.17 xTB-6.4.0<br />
* 2021.03.15 .Net-core-3.0.0<br />
* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Abaqus&diff=6204Abaqus2021-04-26T13:19:19Z<p>Mateuszj: /* Uruchamianie zadań w kolejce */ Zmiana w skrypcie sub</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < ABAQUS</small><br />
<br />
{{aplikacja|nazwa=Abaqus|logo=[[Plik:Ablogo.jpg|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017|wersja2=6.14-2|serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja21=6.14-AP|serwer3=Do pobrania|wersja31=6.14-AP |kontakt=kdm@wcss.pl}}<br />
<br />
'''ABAQUS''' (Abaqus Unified FEA) - pakiet komercyjny dostarczany przez Dassault Systemes, służący do analizy nieliniowej układów z wykorzystaniem metody elementów skończonych w zakresie skomplikowanych badań inżynierskich. Stosowany jest w zagadnieniach mechaniki ciała stałego i płynów oraz do oceny wytrzymałościowej elementów maszyn i konstrukcji z uwzględnieniem obciążenia, temperatury, punktów łączeń, ewentualnych zderzeń i innych warunków środowiskowych. ABAQUS używany jest z powodzeniem podczas badań sejsmicznych i geotechnicznych, w akustyce, w przemyśle samochodowym, itp.<br />
<br />
W styczniu 2015 została zainstalowana wersja '''6.14-AP'''. Od tego dnia starsze wersje nie są dostępne, dotyczy to także dokumentacji.<br />
<br />
Od lutego 2017 dostępna jest również wersja '''2017'''.<br />
<br />
== Informacje ogólne ==<br />
ABAQUS jest obecnie własnością firmy SIMULIA, należącej do Dassault Systèmes. Pakiet dostępny jest na wielu platformach sprzętowych.<br />
<br />
Pakiet ma budowę modułową, co pozwala na dosyć swobodną konfigurację całości w zależności od specyfiki zastosowań. Użytkownik ma ponadto możliwość dopisywania własnych procedur. Podstawowe moduły biblioteczne to:<br />
<br />
*'''ABAQUS/Standard'''<br />
:Jest to moduł ogólnego przeznaczenia do przeprowadzania analiz metodą elementów skończonych. Zawiera wszystkie procedury analizy poza dynamiczną analizą nieliniową stosującą całkowanie równań ruchu metodą jawną. Pakiet napisany jest w języku Fortran. Jego pierwsza wersja powstała w 1978 roku.<br />
*'''ABAQUS/Explicit'''<br />
:Moduł przeznaczony do rozwiązywania zagadnień dynamicznych z użyciem metody jawnej całkowania równań ruchu. Stosowany do analiz przy ekstremalnych obciążeniach mechanicznych, siłowych lub termicznych.<br />
*'''ABAQUS/CAE'''<br />
:CAE (ang. ''Complete ABAQUS Environment'') dostarcza prostego i spójnego interfejsu do tworzenia, zlecania, monitorowania i przetwarzania wyników otrzymanych z symulacji ABAQUS/Standard i ABAQUS/Explicit. Łączy w sobie funkcjonalność preprocesora ABAQUS/Pre i postprocesora ABAQUS/Post ze starszych wersji ABAQUSa.<br />
:Pakiet CAE podzielony jest na moduły, z których każdy definiuje logiczny aspekt procesu tworzenia i analizowania modelu, np. definiowanie geometrii, definiowanie własności materiału. Każdy moduł posiada swój własny zestaw kluczy, parametrów i danych służących do utworzenia pliku wejściowego (z rozszerzeniem <code>.inp</code>) dla modułu obliczeniowego (Standard lub Explicit). Moduł obliczeniowy (ang. ''solver'') czyta plik wejściowy, dokonuje obliczeń podczas których wysyła informacje do CAE pozwalające śledzić postępy, na końcu umieszcza rezultaty w bazie wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>). Wyniki zapisane w bazie można wczytać do CAE i dalej przetwarzać. Jeżeli przewidywany czas obliczeń jest zbyt długi należy opuścić środowisko CAE po utworzeniu pliku wejściowego i posłużyć się poleceniem <code>abaqus</code> do zlecenia obliczeń. Po zakończeniu symulacji można uruchomić CAE ponownie i wczytać bazę modelu (plik z rozszerzeniem <code>.cae</code>) i bazę wyników (plik z rozszerzeniem <code>.odb</code>) w celu wizualizacji układu.<br />
[[Plik:Image001.gif|right|380px|thumb|Tryby równoległej pracy Abaqusa]]<br />
Abaqus umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybach MPI i wątków (threads). Schemat prezentuje możliwe tryby równoległej pracy Abaqusa dla różnych jego modułów.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Licencje zakupione przez WCSS są dostępne '''wyłącznie do badań'''.<br />
*Do nauki można otrzymać wersję Abaqus Student Edition <br />
http://www.budsoft.com.pl/abaqusFEA/abaqus-dla-studentow<br />
*Do obliczeń komercyjnych należy zakupić odpowiednią licencję z własnych środków.<br />
<br />
WCSS posiada '''45''' tokenów licencyjnych współdzielonych przez pakiety Standard, Explicit, Foundation, Aqua, Design, CFD, AMS, Euler Lagrange, Multiphysics, CSE, Cosim Acusolve, Cosim Direct. Tokeny są współdzielone przez wszystkich użytkowników ABAQUSa w WCSS.<br />
<br />
Każde zadanie ABAQUSa zabiera 5 tokenów licencji oraz 1 token za każdy dodatkowy procesor, tak więc można np. uruchomić alternatywnie:<br />
<br />
* 9 zadań jednoprocesorowych: 9*5 tokenów = 45 tokenów, 9 CPU<br />
* 4 zadania 7-procesorowe: 4*(5+6) = 44 tokeny, 28 CPU<br />
<br />
Innym ograniczeniem jest liczba licencji CAE, w 2020 roku jest to '''5'''.<br />
<br />
Liczbę dostępnych tokenów można sprawdzić wykonując polecenie na serwerze z zainstalowanym pakietem:<br />
<br />
> abaqus licensing -ru<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Umowa Użytkownika Akademickiego ===<br />
Użytkownik licencji Abaqus podpisuje Umowę Użytkownika Akademickiego (będącą załącznikiem A do Umowy Licencyjnej). Tekst oryginalny w języku angielskim, dostępne jest polskie tłumaczenie.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
W [[WCSS]] ABAQUS dostępny jest na klastrze [[Bem]] oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]]. Zaleca się, aby obliczenia długotrwałe uruchamiać na Bemie.<br />
<br />
<br />
Najlepszym sposobem na korzystanie z interfejsu graficznego programu ABAQUS jest zalogowanie się za pomocą protokołu NX na maszynę ui.wcss.pl. Służy do tego klient [[Jak korzystać z NoMachine|NoMachine]].<br />
<br />
=== Bem ===<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja 6.14-2 oraz 2017. Instalacja umożliwia równoległe wykonywanie obliczeń w trybie wątków (threads) oraz uruchomienie interfejsu graficznego CAE.<br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne:<br />
> qsub -X -I -l walltime=4:00:00<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Obliczeniowe zadania pakietu ABAQUS należy uruchamiać korzystając z dostępnego skryptu sub-abaqus-6.14 <br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
sub-abaqus<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-abaqus input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-p cores (default - 1)<br />
-m memory (in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
sub-abaqus test.inp -q main -p 2 -m 4000 -w 2<br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach, wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
Jeśli istnieje potrzeba wstawienia zadania do kolejki własnym skryptem poprzez polecenie '''qsub''', to bezwzględnie należy ustawić wymaganą liczbę licencji (Feature: abaqus), przykład dla 4 licencji:<br />
> qsub -l abaqus=4 <pozostałe opcje dla qsub><br />
<br />
===== Środowisko i praca interaktywna =====<br />
Na klastrze Bem interfejs graficzny CAE można uruchomić w kolejce jako zadanie interaktywne.<br />
<br />
Do uruchomiania aplikacji w zadaniu interaktywnym służą następujące polecenia:<br />
> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -N Abaqus_6.14-2<br />
> module load abaqus<br />
> abaqus cae<br />
<br />
Krótki opis jak wywoływać polecenia ABAQUSa dostępny jest po wydaniu komendy:<br />
> abaqus help<br />
<br />
<br />
Jak uzyskać informacje o kolejkach dostępnych na klastrze Bem opisano w artykule [[Konfiguracja kolejek PBS]].<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu].<br />
<br />
== Korzystanie na własnym komputerze ==<br />
Zarejestrowany użytkownik WCSS może zainstalować oprogramowanie Abaqus na własnym komputerze i zdalnie korzystać z licencji udostępnianej przez WCSS. Dostęp do serwera licencji możliwy jest poprzez system [[Korzystanie z VPN|VPN]]. Pliki instalacyjne można pobrać z [[Serwer_FTP|serwera FTP]]<br />
<br />
=== Dostęp do serwera licencji ===<br />
Podczas instalacji jako adres serwera licencji należy podać:<br />
<br />
'''27000@licencje.kdm.wcss.pl'''<br />
<br />
Gdyby zachodziła konieczność zmiany tej informacji już po instalacji programu, to można to zrobić edytując plik '''abaqus_v6.env''', który należy wyszukać w katalogu instalacji (dokładna lokalizacja może być różna dla różnych wersji). Adres serwera licencji podany jest tam jako wartość parametru '''abaquslm_license_file''', np.<br />
<br />
'''abaquslm_license_file="27000@licencje.kdm.wcss.pl"'''<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.3ds.com Strona domowa Dassault Systemes]<br />
* [http://www.3ds.com/products/simulia/portfolio/abaqus/overview/ Opis produktu na stronie producenta]<br />
* [http://www.budsoft.com.pl/ Strona przedstawiciela ABAQUSa w Polsce]<br />
<br />
=== Publikacje wprowadzające do MES ===<br />
* Wiesław Śródka, "[http://www.dbc.wroc.pl/Content/970/srodka.pdf Trzy lekcje metody elementów skończonych: materiały pomocnicze do przedmiotu wytrzymałość materiałów]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2004.<br />
* E. Rusiński, J. Czmochowski, T. Smolnicki, "[http://www.dbc.wroc.pl/dlibra/docmetadata?id=462 Zaawansowana metoda elementów skończonych w konstrukcjach nośnych]", Oficyna Wydawnicza Politechniki Wrocławskiej, Wrocław 2000.<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6194Szablon:Nowości2021-03-23T13:32:19Z<p>Mateuszj: Nowe wersja xTB 6.4.0</p>
<hr />
<div>* 2021.03.22 CUDA-Toolkit-10.2<br />
* 2021.03.17 xTB-6.4.0<br />
* 2021.03.15 .Net-core-3.0.0<br />
* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS_Fluent&diff=6193ANSYS Fluent2021-03-22T13:18:42Z<p>Mateuszj: /* Interfejs graficzny */</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS Fluent</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS Fluent|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=19.5, 19.0, 18.2 |serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2 }}<br />
'''ANSYS Fluent''' - oprogramowanie do obliczeniowej mechaniki płynów. Od 2010 r. solver Fluent jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS CFX|CFX]] i środowisko ''Workbench 2''.<br />
<br />
Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Fluent jest częścią pakietu [[ANSYS|Ansys Academic Multiphysics Campus Solution]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
ANSYS Fluent jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).<br />
<br />
=== Bem ===<br />
Fluent jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Bem]]. Aby ustawić środowisko aplikacji należy załadować moduł poleceniem:<br />
$ module load fluent/19.0<br />
<br />
<!--<br />
==== Inicjalizacja licencji ====<br />
'''Uwaga:''' Przed pierwszym uruchomieniem aplikacji każdy użytkownik musi mieć ustawione środowisko do pobierania licencji. Może zwrócić się z prośbą do administratorów o ustawienie środowiska lub zrobić to samodzielnie. Wystarczy po zalogowaniu się na swoje konto, uruchomić program ANSYSLIC_ADMIN Utility:<br />
ssh -X supernova.wcss.wroc.pl<br />
/usr/local/ansys_inc/shared_files/licensing/lic_admin/anslic_admin<br />
Następnie należy wybrać opcję "Set License Preferences for User", a w kolejnym oknie wersję oprogramowania. W następnym oknie w sekcji "Global Settings" należy zaznaczyć opcję "Use Academic Licenses", i po zaznaczeniu (kliknięciu) pliku licencji na liście dostępnych licencji, wcisnąć przycisk "OK". <br />
--><br />
==== Uruchamianie aplikacji ====<br />
Fluent może działać w trybie interaktywnym lub wsadowym. Zalecane jest, aby trybu interaktywnego używać do zdefiniowania modelu, krótkich testów oraz postprocessingu, natomiast obliczenia przeprowadzać wsadowo. Tryb wsadowy wymaga przygotowania pliku z danymi modelu i poleceniami programu, co można wykonać z poziomu GUI.<br />
<br />
===== Interfejs graficzny =====<br />
Aby skorzystać z GUI Fluenta na klastrze Bem należy:<br />
# Zalogować się na serwer z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowanie wyświetlania]]<br />
#: <pre> > ssh -X login@bem.wcss.pl</pre><br />
# Uruchomić zadanie interaktywne w systemie kolejkowania (najlepiej w kolejce short6h, która ma wysoki priorytet, więc zadanie uruchomi się możliwie najszybciej)<br />
#: <pre> > qsub -X -I -l software=Fluent -l walltime=6:00:00</pre><br />
# Ustawić środowisko<br />
#: <pre> > module load fluent/19.0</pre><br />
# Uruchomić aplikację lub środowisko Workbench<br />
#: <pre> > fluent</pre><br />
#:Jako argumenty polecenia można podać z jaką dokładnością mają być przeprowadzane obliczenia (domyślnie pojedyncza precyzja, możliwe jest ustawienie podwójnej precyzji - <code>dp</code>) oraz wymiar przestrzenny modelu (<code>2d, 3d</code>). <br />
#:<br />
#:Przykład: Uruchomienie Fluenta z podwójną precyzją i modelem w 3D:<br />
#: <pre>> fluent 3ddp</pre><br />
<br />
===== Interfejs tekstowy =====<br />
Aby skorzystać z interfejsu tekstowego w trybie konwersacyjnym należy uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g<br />
<br />
Można wówczas wybrać precyzję obliczeń i wymiar przestrzenny modelu, lub podać te parametry od razu przy wywołaniu polecenia. <br />
<br />
Przykład: Uruchomienie konsoli Fluenta z pojedynczą precyzją i modelem w 2D:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g 2d<br />
<br />
Z konsoli wychodzi się poleceniem <code>exit</code>.<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki na klastrze BEM można korzystać z gotowych skryptów:<br />
<pre>sub-fluent-19.0<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-fluent-19.0 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-a arch (default - 2d, possible values: 2d 3d 2ddp 3ddp)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)</pre><br />
<br />
<br />
Zadania są uruchamiane przez skrypt bez grafiki. Zadania równoległe działają z wykorzystaniem sieci Infiniband.<br />
<br />
===== Środowisko Workbench =====<br />
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z przekierowaniem wyświetlania, uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> runwb2<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu usługi].<br />
<br />
Następnie można założyć rezerwację na wersję dydaktyczną programu (v.13) lub badawczą (v.14.5).<br />
<br />
== Instalacja na własnym komputerze ==<br />
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami. <br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
Dokumentacja Fluenta jest dostępna po wykonaniu polecenia na BEM:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> fluent -help<br />
<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+Fluent Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=ANSYS_Fluent&diff=6192ANSYS Fluent2021-03-22T13:17:58Z<p>Mateuszj: /* Interfejs graficzny */</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < [[ANSYS CFD]] < ANSYS Fluent</small><br />
{{aplikacja|nazwa=ANSYS Fluent|logo=[[Plik:Ansys_logo.gif]]|serwer=[[Bem]] |wersja=19.5, 19.0, 18.2 |serwer2=[[Klaster kampusowy]] |wersja22=13.0 |wersja21=14.5 |serwer3=Do pobrania |wersja31=16.2 }}<br />
'''ANSYS Fluent''' - oprogramowanie do obliczeniowej mechaniki płynów. Od 2010 r. solver Fluent jest częścią pakietu ''[[ANSYS CFD|Ansys Academic Research CFD]]'', który zawiera także solver [[ANSYS CFX|CFX]] i środowisko ''Workbench 2''.<br />
<br />
Użytkownicy ANSYS CFD mają obowiązek złożyć do dnia 15 czerwca każdego roku sprawozdania z wykorzystania oprogramowania w przeciągu ostatniego roku.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Fluent jest częścią pakietu [[ANSYS|Ansys Academic Multiphysics Campus Solution]], gdzie opisana jest licencja i dostępna liczba żetonów.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
ANSYS Fluent jest zainstalowany na klastrze [[Bem]] (wersja badawcza) oraz na [[klaster kampusowy|klastrze kampusowym PLATON U3]] (wersja edukacyjna).<br />
<br />
=== Bem ===<br />
Fluent jest zainstalowany w wersji równoległej na klastrze [[Bem]]. Aby ustawić środowisko aplikacji należy załadować moduł poleceniem:<br />
$ module load fluent/19.0<br />
<br />
<!--<br />
==== Inicjalizacja licencji ====<br />
'''Uwaga:''' Przed pierwszym uruchomieniem aplikacji każdy użytkownik musi mieć ustawione środowisko do pobierania licencji. Może zwrócić się z prośbą do administratorów o ustawienie środowiska lub zrobić to samodzielnie. Wystarczy po zalogowaniu się na swoje konto, uruchomić program ANSYSLIC_ADMIN Utility:<br />
ssh -X supernova.wcss.wroc.pl<br />
/usr/local/ansys_inc/shared_files/licensing/lic_admin/anslic_admin<br />
Następnie należy wybrać opcję "Set License Preferences for User", a w kolejnym oknie wersję oprogramowania. W następnym oknie w sekcji "Global Settings" należy zaznaczyć opcję "Use Academic Licenses", i po zaznaczeniu (kliknięciu) pliku licencji na liście dostępnych licencji, wcisnąć przycisk "OK". <br />
--><br />
==== Uruchamianie aplikacji ====<br />
Fluent może działać w trybie interaktywnym lub wsadowym. Zalecane jest, aby trybu interaktywnego używać do zdefiniowania modelu, krótkich testów oraz postprocessingu, natomiast obliczenia przeprowadzać wsadowo. Tryb wsadowy wymaga przygotowania pliku z danymi modelu i poleceniami programu, co można wykonać z poziomu GUI.<br />
<br />
===== Interfejs graficzny =====<br />
Aby skorzystać z GUI Fluenta na klastrze Bem należy:<br />
# Zalogować się na serwer z [[przekierowanie wyświetlania|przekierowanie wyświetlania]]<br />
#: <pre> > ssh -X login@bem.wcss.pl</pre><br />
# Uruchomić zadanie interaktywne w systemie kolejkowania (najlepiej w kolejce short6h, która ma wysoki priorytet, więc zadanie uruchomi się możliwie najszybciej)<br />
#: <pre> > qsub -X -I -l software=Fluent </pre><br />
# Ustawić środowisko<br />
#: <pre> > module load fluent/19.0</pre><br />
# Uruchomić aplikację lub środowisko Workbench<br />
#: <pre> > fluent</pre><br />
#:Jako argumenty polecenia można podać z jaką dokładnością mają być przeprowadzane obliczenia (domyślnie pojedyncza precyzja, możliwe jest ustawienie podwójnej precyzji - <code>dp</code>) oraz wymiar przestrzenny modelu (<code>2d, 3d</code>). <br />
#:<br />
#:Przykład: Uruchomienie Fluenta z podwójną precyzją i modelem w 3D:<br />
#: <pre>> fluent 3ddp</pre><br />
<br />
===== Interfejs tekstowy =====<br />
Aby skorzystać z interfejsu tekstowego w trybie konwersacyjnym należy uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g<br />
<br />
Można wówczas wybrać precyzję obliczeń i wymiar przestrzenny modelu, lub podać te parametry od razu przy wywołaniu polecenia. <br />
<br />
Przykład: Uruchomienie konsoli Fluenta z pojedynczą precyzją i modelem w 2D:<br />
> module load fluent/19.0<br />
> fluent -g 2d<br />
<br />
Z konsoli wychodzi się poleceniem <code>exit</code>.<br />
<br />
===== Uruchamianie zadań w kolejce =====<br />
Do wstawiania zadań obliczeniowych do kolejki na klastrze BEM można korzystać z gotowych skryptów:<br />
<pre>sub-fluent-19.0<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-fluent-19.0 input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-a arch (default - 2d, possible values: 2d 3d 2ddp 3ddp)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)</pre><br />
<br />
<br />
Zadania są uruchamiane przez skrypt bez grafiki. Zadania równoległe działają z wykorzystaniem sieci Infiniband.<br />
<br />
===== Środowisko Workbench =====<br />
Aby skorzystać z graficznego środowiska Workbench należy zalogować się na klaster z przekierowaniem wyświetlania, uruchomić zadanie interaktywne i wydać polecenie:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> runwb2<br />
<br />
=== Klaster kampusowy ===<br />
Aby korzystać z aplikacji w infrastrukturze PLATON U3 w WCSS wymagana jest rejestracja w [https://wcss.cloud.pionier.net.pl/ portalu usługi].<br />
<br />
Następnie można założyć rezerwację na wersję dydaktyczną programu (v.13) lub badawczą (v.14.5).<br />
<br />
== Instalacja na własnym komputerze ==<br />
Istnieje możliwość zainstalowania Fluenta na swoim komputerze w celu pracy nad przygotowywaniem modelów do dalszych obliczeń wsadowych. Należy w tej sprawie skontaktować się z administratorami. <br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
Dokumentacja Fluenta jest dostępna po wykonaniu polecenia na BEM:<br />
> module load fluent/18.2<br />
> fluent -help<br />
<br />
* [http://www.ansys.com/Products/Simulation+Technology/Fluid+Dynamics/ANSYS+Fluent Strona produktu] w [http://www.ansys.com serwisie producenta]<br />
<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Psi4&diff=6189Psi42021-03-15T10:06:10Z<p>Mateuszj: Zmiana szerokości loga</p>
<hr />
<div>{{uwaga2|Strona w budowie}} <br />
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Psi4</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Psi4|logo=[[Plik:psi4.png|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.2.1'''|wersja2=0.3}}<br />
'''Psi4''' - PSI4 to pakiet programów do chemii kwantowej ''ab inito'' o otwartym kodzie źródłowym, przeznaczony do wydajnych, bardzo dokładnych symulacji różnych właściwości molekularnych.<br />
== Licencja ==<br />
--<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
--<br />
<br />
{{Podziękowanie WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
<br />
=== Wstawianie zadań do kolejki ===<br />
--<br />
<br />
=== Środowisko i praca interaktywna ===<br />
--<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Zadania równoległe ===<br />
--<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
--<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6188Szablon:Nowości2021-03-15T09:49:27Z<p>Mateuszj: Nowy QuantumESPRESSO-6.6</p>
<hr />
<div>* 2021.03.15 [[Quantum_ESPRESSO|QuantumESPRESSO-6.6]]<br />
* 2021.03.04 [[CP2K|CP2K-8.1]]<br />
* 2021.03.04 [[Abinit|Abinit-9.2.1]]<br />
* 2021.03.03 [[Psi4|Psi4-1.2.1]]<br />
* 2021.03.02 [[Orca|Orca-4.2.1]]<br />
* 2021.02.24 [[Python|Python-3.8.6]]<br />
* 2021.02.24 [[GCC|GCC-10.2.0]]<br />
* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&diff=6187Quantum ESPRESSO2021-03-15T09:46:32Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Quantum ESPRESSO</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Quantum ESPRESSO|logo=[[Plik:logo_qe.jpg|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.4.0|wersja2=6.2.1|wersja3='''6.3'''|wersja4=6.4.1|wersja5=6.6|}}<br />
'''QE''' (''Quantum ESPRESSO'') - zintegrowany pakiet Open Source do obliczeń struktury elektronowej i modelowania materiałów w nanoskali. Opiera się na teorii funkcjonału gęstości, falach płaskich i pseudopotencjach.<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępne są różne wersje QE.<br />
<br />
Po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]], np.:<br />
<br />
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=Quantum_ESPRESSO_6.4.1<br />
<br />
należy załadować jeden z wybranych modułów w powłoce:<br />
> module load espresso/5.4.0-intel16.0<br />
> module load espresso/5.4.0-yambo-intel16.0<br />
> module load espresso/6.2.1<br />
> module load espresso/6.3-gcc7.4.0<br />
> module load QuantumESPRESSO/6.4.1-intel-2019a<br />
> module load QuantumESPRESSO/6.6-foss-2020b<br />
<br />
Po załadowaniu modułu należy wywołać jeden wielu z programów wykonywalnych (poniższe są dostępne w wersji 6.4.1):<br />
<br />
PWscf (pw.x)<br />
PHonon (ph.x, dynmat.x)<br />
PWneb (neb.x)<br />
PWCOND (pwcond.x)<br />
CP (cp.x)<br />
TurboTDDFT (turbo_lanczos.x, turbo_spectrum.x, turbo_davidson.x, turbo_eels.x)<br />
XSpectra (xspectra.x)<br />
atomic (ld1.x)<br />
hp.x<br />
<br />
Postprocessings :<br />
<br />
pp.x<br />
dos.x<br />
bands.x<br />
projwfc.x<br />
molecularpdos.x<br />
cppp.x<br />
pw_export.x<br />
ppacf.x<br />
<br />
bezpośrednio po nazwie programu:<br />
<br />
pw.x < file.in<br />
<br />
<br />
lub w sposób zrównoleglony np.:<br />
<br />
mpirun -np x pw.x -i file.in<br />
<br />
gdzie:<br />
<br />
x - liczba zrównoleglanych procesów<br />
<br />
file.in - plik inputowy<br />
<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;QE w sieci<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/ Strona domowa pakietu QE]<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual Dokumentacja on-line]<br />
*[https://gitlab.com/QEF/q-e Kod programu QE]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Nowo%C5%9Bci&diff=6160Szablon:Nowości2021-02-12T12:59:15Z<p>Mateuszj: Nowy OpenFOAM/v1912</p>
<hr />
<div>* 2021.02.12 [[OpenFOAM|OpenFOAM/v1912]]<br />
* 2021.02.11 [[TensorFlow|TensorFlow-2.4.1]]<br />
* 2021.02.09 [[CP2K|cp2k-8.1]]<br />
* 2021.02.09 Log start</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=OpenFOAM&diff=6159OpenFOAM2021-02-12T12:57:42Z<p>Mateuszj: Nowa wersja v1912</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < OpenFOAM</small><br />
{{aplikacja|nazwa=OpenFOAM|logo=[[Plik:OpenfoamLogo.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2.1.1|wersja2=v1612+|wersja3=v1912}}<br />
'''OpenFOAM''' (''Open Field Operation and Manipulation'') - pakiet oprogramowania przeznaczony do symulacji dynamiki płynów (CFD).<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu można skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce (w zależności od wersji):<br />
module load openfoam/2.1.1-gcc4.7.4<br />
module load openfoam/v1612+-gcc5.2.0<br />
module load OpenFOAM/v1912-foss-2019b<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;OpenFOAM w sieci<br />
*[https://www.openfoam.com/ Strona domowa pakietu OpenFOAM]<br />
*[https://www.openfoam.com/documentation/ Dokumentacja on-line]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=DIRAC&diff=6143DIRAC2020-10-27T12:04:35Z<p>Mateuszj: Dodanie nowe wersji Dirac 19.0</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC</small><br />
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=19.0|wersja2='''18.0'''|wersja3=17.0|wersja4=16.0}}<br />
<br />
'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.<br />
<br />
Pełna nazwa to „'''P'''rogram for '''A'''tomic and '''M'''olecular '''D'''irect '''I'''terative '''R'''elativistic '''A'''ll-electron '''C'''alculations”, w skrócie PAM&nbsp;DIRAC.<br />
<br />
Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM&nbsp;DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Licencja ==<br />
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.<br />
<br />
Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].<br />
<br />
Licencja przyznana dla [[WCSS]]:<br />
* No. of users: more than 20<br />
* Licence type: Site<br />
* '''Program use''': Academic<br />
<br />
Dla wersji '''18.0''', '''19.0''' nie jest to wymagane.<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
DIRAC dostępny jest na klastrze [[Bem]] w katalogu ''/usr/local/dirac/'' w wersjach:<br />
* 16.0 (wersja równoległa)<br />
* 17.0 (wersja szeregowa)<br />
* 18.0 (wersja równoległa)<br />
* 19.0 (wersja szeregowa)<br />
<br />
=== Środowisko ===<br />
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:<br />
> module load dirac<font color="green">/wybrana_wersja</font><br />
<br />
=== Jak korzystać ===<br />
Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:<br />
> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz<br />
gdzie:<br />
--inp=INP_FILE Dirac input file containing the job directives [*.inp]<br />
--mol=MOL_FILE file containing the basis set and geometry<br />
--noarch do not create a tgz archive [default: create it]<br />
<br />
Lista dostępnych opcji:<br />
> pam-dirac --help<br />
<br />
=== Przykładowy skrypt PBS ===<br />
<br />
<pre><br />
#!/bin/bash<br />
#PBS -q main<br />
#PBS -l walltime=1:00:00<br />
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB<br />
#PBS -l software=DIRAC_18<br />
#PBS -m be<br />
#PBS -N HF_HI<br />
<br />
module load dirac/18.0-gcc7.4.0<br />
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR<br />
cd $PBS_O_WORKDIR<br />
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt<br />
</pre><br />
Po wykonaniu polecenia ''qsub ./skrypt.sh'' wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:<br />
* HF_HI_sorep.out<br />
* HF_HI_sorep.tgz<br />
* HF_HI...achilles.txt<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]<br />
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Forum użytkowników PAM DIRAC]<br />
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-19/#tutorials-and-walkthrus Tutorial dla początkujących]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]<br />
<br />
<small>[[#top|Na górę strony]]</small></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=FDS-SMV&diff=6142FDS-SMV2020-10-26T11:52:39Z<p>Mateuszj: Nowa wersja 6.7.X</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small><br />
{{aplikacja|nazwa=FDS-SMV|logo=[[Plik:fds-smv_logo.gif]]|serwer=[[Bem]]|wersja=6.3.2|wersja2=6.5.3|wersja3=6.7.0|wersja4=6.7.5}}<br />
<br />
'''Fire Dynamics Simulator''' - to program do symulacji pożaru i rozprzestrzeniania się dymu. '''Smokeview''' jest aplikacją do wizualizacji wyników symulacji FDS.<br />
<br />
=== FDS w WCSS ===<br />
<br />
Pakiet FDS jest darmowy. Zainstalowany jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/fds-smv/.<br />
<br />
;Uruchamianie <br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-fds lub sub-fds-WERSJA<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-fds<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-fds-6.5.3 input.fds [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-fds-6.5.3 test.fds -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
=== Dokumentacja ===<br />
;Strona oficjalna FDS w sieci<br />
* http://www.fire.nist.gov/fds/<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Meep&diff=6141Meep2020-10-20T09:35:15Z<p>Mateuszj: Dodanie linku do tutorialu</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Meep</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Meep|logo=[[Plik:Meep-banner.png|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.3}}<br />
'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'') - darmowe oprogramowanie do przeprowadzania symulacji elektromagnetycznych metodą różnic skończonych w dziedzinie czasu (FDTD). Stosowany do analizy zjawisk związanych z propagacją fal elektromagnetycznych np. w optyce, elektronice czy telekomunikacji.<br />
<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja Meep v1.3.<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
module load Meep/1.3-foss-2016a<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
Należy zacytować:<br />
A. Oskooi, D. Roundy, M. Ibanescu, P. Bermel, J.D. Joannopoulos, and S.G. Johnson, MEEP: A flexible free-software package for electromagnetic simulations by the FDTD method, Computer Physics Communications, Vol. 181, pp. 687-702, 2010.<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;Meep w sieci<br />
*[http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php?title=Meep Strona domowa pakietu Meep]<br />
*[https://meep.readthedocs.io/en/latest/ Dokumentacja on-line]<br />
*[https://meep.readthedocs.io/en/latest/Scheme_Tutorials/Basics/ Tutorial]<br />
*[https://github.com/NanoComp/meep/ Kod źródłowy]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Meep&diff=6140Meep2020-10-20T09:31:41Z<p>Mateuszj: Dodanie modułu Meep 1.3 na BEM</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Meep</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Meep|logo=[[Plik:Meep-banner.png|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=1.3}}<br />
'''Meep''' (''MIT Electromagnetic Equation Propagation'') - darmowe oprogramowanie do przeprowadzania symulacji elektromagnetycznych metodą różnic skończonych w dziedzinie czasu (FDTD). Stosowany do analizy zjawisk związanych z propagacją fal elektromagnetycznych np. w optyce, elektronice czy telekomunikacji.<br />
<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja Meep v1.3.<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
module load Meep/1.3-foss-2016a<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
Należy zacytować:<br />
A. Oskooi, D. Roundy, M. Ibanescu, P. Bermel, J.D. Joannopoulos, and S.G. Johnson, MEEP: A flexible free-software package for electromagnetic simulations by the FDTD method, Computer Physics Communications, Vol. 181, pp. 687-702, 2010.<br />
<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;Meep w sieci<br />
*[http://ab-initio.mit.edu/wiki/index.php?title=Meep Strona domowa pakietu Meep]<br />
*[https://meep.readthedocs.io/en/latest/ Dokumentacja on-line]<br />
*[https://github.com/NanoComp/meep/ Kod źródłowy]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:Meep-banner.png&diff=6139Plik:Meep-banner.png2020-10-20T09:30:09Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Dask&diff=6138Dask2020-10-13T13:13:43Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Dask</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Dask|logo=[[Plik:dask_horizontal_no_pad.png|100px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2.3.0}}<br />
'''Dask''' (''Dask natively scales Python'') - pakiet zapewnia zaawansowaną równoległość do analiz, umożliwiając wydajność na dużą skalę dla ulubionych narzędzi.<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja Dask 2.3.0.<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
module load dask/2.3.0-foss-2019a-Python-3.7.2<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;Dask w sieci<br />
*[https://dask.org/ Strona domowa pakietu Dask]<br />
*[https://docs.dask.org/en/latest/ Dokumentacja on-line]<br />
*[https://github.com/dask/dask-tutorial Tutorial]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Lista_aplikacji&diff=6137Szablon:Lista aplikacji2020-10-13T13:02:05Z<p>Mateuszj: Dodanie informacji o pakiecie Dask</p>
<hr />
<div>[[Abaqus]] '''&sdot;''' [[ABINIT]] '''&sdot;''' [[ADF]] '''&sdot;''' [[Amber]] '''&sdot;''' [[ANSYS]] [&nbsp;[[ANSYS CFD]]: &nbsp;[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[AutoDock]] '''&sdot;''' [[BAGEL]] '''&sdot;''' [[Beast]] '''&sdot;''' [[Biovia]] [&nbsp;[[Materials Studio]], [[Discovery Studio]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Cfour]] '''&sdot;''' [[Comsol]] '''&sdot;''' [[CP2K]] '''&sdot;''' [[CPMD]] '''&sdot;''' [[CRYSTAL09]] '''&sdot;''' [[Dalton]] '''&sdot;''' [[Dask]] '''&sdot;''' [[DIRAC]] '''&sdot;''' [[FDS-SMV]] '''&sdot;''' [[GAMESS]] '''&sdot;''' [[Gaussian]] '''&sdot;''' [[Gromacs]] '''&sdot;''' [[IDL]] '''&sdot;''' [[Lumerical]] [&nbsp;[[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Mathcad]] '''&sdot;''' [[Mathematica]]'''&sdot;''' [[Matlab]] '''&sdot;''' [[Molcas]] '''&sdot;''' [[Molden]] '''&sdot;''' [[Molpro]] '''&sdot;''' [[MOPAC]] '''&sdot;''' [[NAMD]] '''&sdot;''' [[NBO]] '''&sdot;''' [[NWChem]] '''&sdot;''' [[OpenFOAM]] '''&sdot;''' [[OpenMolcas]] '''&sdot;''' [[Orca]] '''&sdot;''' [[Quantum ESPRESSO]] '''&sdot;''' [[R]] '''&sdot;''' [[Rosetta]] '''&sdot;''' [[SIESTA]] '''&sdot;''' [[Tinker]] '''&sdot;''' [[TURBOMOLE]] '''&sdot;''' [[VASP]] '''&sdot;''' [[VMD]] '''&sdot;''' [[WIEN2k]] <noinclude><br />
[[Kategoria:Szablony]]<br />
</noinclude></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Lista_aplikacji&diff=6136Szablon:Lista aplikacji2020-10-13T13:01:33Z<p>Mateuszj: Dodanie informacji o pakiecie Dask</p>
<hr />
<div>[[Abaqus]] '''&sdot;''' [[ABINIT]] '''&sdot;''' [[ADF]] '''&sdot;''' [[Amber]] '''&sdot;''' [[ANSYS]] [&nbsp;[[ANSYS CFD]]: &nbsp;[[ANSYS Fluent|Fluent]], [[ANSYS CFX|CFX]], [[ANSYS ICEM CFD|ICEM]]; [[ANSYS Mechanical|Mechanical]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[AutoDock]] '''&sdot;''' [[BAGEL]] '''&sdot;''' [[Beast]] '''&sdot;''' [[Biovia]] [&nbsp;[[Materials Studio]], [[Discovery Studio]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Cfour]] '''&sdot;''' [[Comsol]] '''&sdot;''' [[CP2K]] '''&sdot;''' [[CPMD]] '''&sdot;''' [[CRYSTAL09]] '''&sdot;''' [[Dalton]] '''&sdot;''' [[DIRAC]] '''&sdot;''' [[Dask]] '''&sdot;''' [[FDS-SMV]] '''&sdot;''' [[GAMESS]] '''&sdot;''' [[Gaussian]] '''&sdot;''' [[Gromacs]] '''&sdot;''' [[IDL]] '''&sdot;''' [[Lumerical]] [&nbsp;[[Lumerical FDTD|FDTD]], [[Lumerical MODE|MODE]]&nbsp;] '''&sdot;''' [[Mathcad]] '''&sdot;''' [[Mathematica]]'''&sdot;''' [[Matlab]] '''&sdot;''' [[Molcas]] '''&sdot;''' [[Molden]] '''&sdot;''' [[Molpro]] '''&sdot;''' [[MOPAC]] '''&sdot;''' [[NAMD]] '''&sdot;''' [[NBO]] '''&sdot;''' [[NWChem]] '''&sdot;''' [[OpenFOAM]] '''&sdot;''' [[OpenMolcas]] '''&sdot;''' [[Orca]] '''&sdot;''' [[Quantum ESPRESSO]] '''&sdot;''' [[R]] '''&sdot;''' [[Rosetta]] '''&sdot;''' [[SIESTA]] '''&sdot;''' [[Tinker]] '''&sdot;''' [[TURBOMOLE]] '''&sdot;''' [[VASP]] '''&sdot;''' [[VMD]] '''&sdot;''' [[WIEN2k]] <noinclude><br />
[[Kategoria:Szablony]]<br />
</noinclude></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Dask&diff=6135Dask2020-10-13T12:59:15Z<p>Mateuszj: Stworzenie wpisu o pakiecie Dask</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < BAGEL</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Dask|logo=[[Plik:dask_horizontal_no_pad.png|100px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2.3.0}}<br />
'''Dask''' (''Dask natively scales Python'') - pakiet zapewnia zaawansowaną równoległość do analiz, umożliwiając wydajność na dużą skalę dla ulubionych narzędzi.<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja Dask 2.3.0.<br />
<br />
Do prostego ustawiania środowiska programu należy skorzystać z mechanizmu modułów.<br />
Załadowanie modułu w powłoce:<br />
module load dask/2.3.0-foss-2019a-Python-3.7.2<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;Dask w sieci<br />
*[https://dask.org/ Strona domowa pakietu Dask]<br />
*[https://docs.dask.org/en/latest/ Dokumentacja on-line]<br />
*[https://github.com/dask/dask-tutorial Tutorial]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Plik:dask_horizontal_no_pad.png&diff=6134Plik:dask horizontal no pad.png2020-10-13T12:58:07Z<p>Mateuszj: Dask - logo</p>
<hr />
<div>Dask - logo</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&diff=6126Quantum ESPRESSO2020-09-18T06:53:08Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Quantum ESPRESSO</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Quantum ESPRESSO|logo=[[Plik:logo_qe.jpg|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.4.0|wersja2=6.2.1|wersja3='''6.3'''|wersja4=6.4.1|wersja5=6.6|}}<br />
'''QE''' (''Quantum ESPRESSO'') - zintegrowany pakiet Open Source do obliczeń struktury elektronowej i modelowania materiałów w nanoskali. Opiera się na teorii funkcjonału gęstości, falach płaskich i pseudopotencjach.<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępne są różne wersje QE.<br />
<br />
Po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]], np.:<br />
<br />
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=Quantum_ESPRESSO_6.4.1<br />
<br />
należy załadować jeden z wybranych modułów w powłoce:<br />
> module load espresso/5.4.0-intel16.0<br />
> module load espresso/5.4.0-yambo-intel16.0<br />
> module load espresso/6.2.1<br />
> module load espresso/6.3-gcc7.4.0<br />
> module load QuantumESPRESSO/6.4.1-intel-2019a<br />
> module load espresso/6.6-gcc7.4.0<br />
<br />
Po załadowaniu modułu należy wywołać jeden wielu z programów wykonywalnych (poniższe są dostępne w wersji 6.4.1):<br />
<br />
PWscf (pw.x)<br />
PHonon (ph.x, dynmat.x)<br />
PWneb (neb.x)<br />
PWCOND (pwcond.x)<br />
CP (cp.x)<br />
TurboTDDFT (turbo_lanczos.x, turbo_spectrum.x, turbo_davidson.x, turbo_eels.x)<br />
XSpectra (xspectra.x)<br />
atomic (ld1.x)<br />
hp.x<br />
<br />
Postprocessings :<br />
<br />
pp.x<br />
dos.x<br />
bands.x<br />
projwfc.x<br />
molecularpdos.x<br />
cppp.x<br />
pw_export.x<br />
ppacf.x<br />
<br />
bezpośrednio po nazwie programu:<br />
<br />
pw.x < file.in<br />
<br />
<br />
lub w sposób zrównoleglony np.:<br />
<br />
mpirun -np x pw.x -i file.in<br />
<br />
gdzie:<br />
<br />
x - liczba zrównoleglanych procesów<br />
<br />
file.in - plik inputowy<br />
<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;QE w sieci<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/ Strona domowa pakietu QE]<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual Dokumentacja on-line]<br />
*[https://gitlab.com/QEF/q-e Kod programu QE]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Quantum_ESPRESSO&diff=6125Quantum ESPRESSO2020-09-18T06:52:13Z<p>Mateuszj: Nowa wersja 6.6</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < BAGEL</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Quantum ESPRESSO|logo=[[Plik:logo_qe.jpg|200px|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.4.0|wersja2=6.2.1|wersja3='''6.3'''|wersja4=6.4.1|wersja5=6.6|}}<br />
'''QE''' (''Quantum ESPRESSO'') - zintegrowany pakiet Open Source do obliczeń struktury elektronowej i modelowania materiałów w nanoskali. Opiera się na teorii funkcjonału gęstości, falach płaskich i pseudopotencjach.<br />
<br />
Na klastrze [[Bem]] dostępne są różne wersje QE.<br />
<br />
Po uruchomieniu [[Jak_korzystać_z_kolejek_PBS#Uruchomienie_zadania_interaktywnego|zadania interaktywnego]], np.:<br />
<br />
qsub -I -l walltime=6:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=2048MB -l software=Quantum_ESPRESSO_6.4.1<br />
<br />
należy załadować jeden z wybranych modułów w powłoce:<br />
> module load espresso/5.4.0-intel16.0<br />
> module load espresso/5.4.0-yambo-intel16.0<br />
> module load espresso/6.2.1<br />
> module load espresso/6.3-gcc7.4.0<br />
> module load QuantumESPRESSO/6.4.1-intel-2019a<br />
> module load espresso/6.6-gcc7.4.0<br />
<br />
Po załadowaniu modułu należy wywołać jeden wielu z programów wykonywalnych (poniższe są dostępne w wersji 6.4.1):<br />
<br />
PWscf (pw.x)<br />
PHonon (ph.x, dynmat.x)<br />
PWneb (neb.x)<br />
PWCOND (pwcond.x)<br />
CP (cp.x)<br />
TurboTDDFT (turbo_lanczos.x, turbo_spectrum.x, turbo_davidson.x, turbo_eels.x)<br />
XSpectra (xspectra.x)<br />
atomic (ld1.x)<br />
hp.x<br />
<br />
Postprocessings :<br />
<br />
pp.x<br />
dos.x<br />
bands.x<br />
projwfc.x<br />
molecularpdos.x<br />
cppp.x<br />
pw_export.x<br />
ppacf.x<br />
<br />
bezpośrednio po nazwie programu:<br />
<br />
pw.x < file.in<br />
<br />
<br />
lub w sposób zrównoleglony np.:<br />
<br />
mpirun -np x pw.x -i file.in<br />
<br />
gdzie:<br />
<br />
x - liczba zrównoleglanych procesów<br />
<br />
file.in - plik inputowy<br />
<br />
<br />
;Informacje o wykorzystaniu<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
;QE w sieci<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/ Strona domowa pakietu QE]<br />
*[https://www.quantum-espresso.org/resources/users-manual Dokumentacja on-line]<br />
*[https://gitlab.com/QEF/q-e Kod programu QE]<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Szablon:Lista_niewspieranych_aplikacji&diff=6124Szablon:Lista niewspieranych aplikacji2020-09-16T08:09:14Z<p>Mateuszj: dodanie mumax</p>
<hr />
<div>[[APBS]] '''&sdot;''' [[AutoDock Vina]] '''&sdot;''' [[CAMFR]] '''&sdot;''' [[Cerius2]] '''&sdot;''' [[Charmm]] '''&sdot;''' [[CRYSCOR]] '''&sdot;''' [[FreeFEM]] '''&sdot;''' [[Hmmer]] '''&sdot;''' [[Insight II]] '''&sdot;''' [[LAMMPS]] '''&sdot;''' [[Meep]] '''&sdot;''' [[MPB]] '''&sdot;''' [[MRCC]] '''&sdot;''' [[MSC]] [&nbsp;{{lista msc}}&nbsp;] '''&sdot;''' [[mumax]] '''&sdot;''' [[OpenBabel]] '''&sdot;''' [[ProtoMol]] '''&sdot;'''[[Tripos Sybyl]] '''&sdot;'''[[Xaim]]<noinclude><br />
[[Kategoria:Szablony]]<br />
</noinclude></div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Dalton&diff=6123Dalton2020-09-08T11:51:45Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Dalton</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Dalton|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja='''2015'''|wersja2=2018|wersja3=2020}} <br />
'''Dalton''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka (HF), wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego (MCSCF), metody sprzężonych klasterów (CCS, CC2, CCSD, CCSD(T), CC3, jak również MP2) oraz teorię funkcjonału gęstości (DFT). W najnowszej wersji Daltona (2013) zaimplementowane zostały m.in. takie funkcjonalności jak: dekompozycja Choleskiego dla metody sprzężonych klasterów, empiryczne poprawki na dyspersję w metodach DFT (DFT-D2, DFT-D3 and DFT-D3BJ czy też model dyskretnego rozpuszczalnika (Polarizable Embedding). <br />
<br />
== Licencja ==<br />
WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2015.<br />
<br />
* Użytkownicy korzystający z '''Daltona 2015''' zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: <br />
<br />
:''K. Aidas, C. Angeli, K. L. Bak, V. Bakken, R. Bast, L. Boman, O. Christiansen, R. Cimiraglia, S. Coriani, P. Dahle, E. K. Dalskov, U. Ekström, T. Enevoldsen, J. J. Eriksen, P. Ettenhuber, B. Fernández, L. Ferrighi, H. Fliegl, L. Frediani, K. Hald, A. Halkier, C. Hättig, H. Heiberg, T. Helgaker, A. C. Hennum, H. Hettema, E. Hjertenæs, S. Høst, I.-M. Høyvik, M. F. Iozzi, B. Jansik, H. J. Aa. Jensen, D. Jonsson, P. Jørgensen, J. Kauczor, S. Kirpekar, T. Kjærgaard, W. Klopper, S. Knecht, R. Kobayashi, H. Koch, J. Kongsted, A. Krapp, K. Kristensen, A. Ligabue, O. B. Lutnæs, J. I. Melo, K. V. Mikkelsen, R. H. Myhre, C. Neiss, C. B. Nielsen, P. Norman, J. Olsen, J. M. H. Olsen, A. Osted, M. J. Packer, F. Pawlowski, T. B. Pedersen, P. F. Provasi, S. Reine, Z. Rinkevicius, T. A. Ruden, K. Ruud, V. Rybkin, P. Salek, C. C. M. Samson, A. Sánchez de Merás, T. Saue, S. P. A. Sauer, B. Schimmelpfennig, K. Sneskov, A. H. Steindal, K. O. Sylvester-Hvid, P. R. Taylor, A. M. Teale, E. I. Tellgren, D. P. Tew, A. J. Thorvaldsen, L. Thøgersen, O. Vahtras, M. A. Watson, D. J. D. Wilson, M. Ziolkowski, and H. Ågren, "The Dalton quantum chemistry program system", WIREs Comput. Mol. Sci. (doi: 10.1002/wcms.1172)''<br />
<br />
oraz <br />
<br />
:''"Dalton, a molecular electronic structure program, Release DALTON2015.0 (2015), see http://daltonprogram.org."''<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
== Korzystanie w WCSS ==<br />
Dalton zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w katalogu: /usr/local/dalton<br />
<br />
=== Uruchamianie ===<br />
; Praca w trybie interaktywnym <br />
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego, np:<br />
> qsub -I -l -l walltime=06:00:00 -l software=Dalton<br />
<br />
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:<br />
> module load dalton (dla wersji domyślnej)<br />
> module load dalton/2015-intel13.1<br />
<br />
Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik '''.dal''') oraz danych (plik '''.mol'''). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików <code>calc.dal</code> i <code>h2o.mol</code>:<br />
> dalton calc h2o<br />
<br />
Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. calc_h2o.dal i calc_h2o.mol, program można uruchomić następująco:<br />
> dalton calc_h2o<br />
<br />
; Wstawianie do kolejki<br />
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia sub-dalton (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-dalton<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-dalton file.dal file.mol [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-dalton test.dal geo.mol -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
;Obliczenia równoległe<br />
<br />
Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.<br />
<br />
Przykładowy plik .dal<br />
**DALTON INPUT<br />
.OPTIMIZE<br />
'''.PARALLEL'''<br />
**WAVE FUNCTION<br />
.DFT<br />
B3LYP<br />
**END OF INPUT<br />
<br />
Przykładowy plik .mol<br />
BASIS<br />
cc-pVTZ<br />
arbitrary text in here<br />
arbitrary text in here<br />
Atomtypes=1<br />
Charge=1.0 Atoms=2<br />
H 0.0 0.0 0.0<br />
H 0.0 0.0 2.0<br />
<br />
Warto zauważyć, że implementacja paradygmatu master/slave w Daltonie sprawia, że proces główny (master) wykonuje fragmenty sekwencyjne programu i odpowiada za rozdział zadań między procesy slave, dlatego wykonuje niewiele obliczeń w porównaniu z procesami slave.<br />
<br />
== Wyniki testów ==<br />
Program został przetestowany zestawem testów dostarczanych razem ze źródłami. Wszystkie testy wykonały się poprawnie.<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html Strona domowa pakietu]<br />
* [http://www.scalalife.eu/content/dalton-1 Porady odnośnie uruchamiania Daltona w ScalaLife Competence center] <br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Cfour&diff=6115Cfour2020-07-29T11:58:37Z<p>Mateuszj: link</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Cfour</small><br />
{{aplikacja|nazwa=CFOUR|logo=[[Plik:Cfour.gif|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''1.0'''|wersja2=2.1}}<br />
<br />
'''CFOUR''' (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.<br />
<br />
== Licencja ==<br />
WCSS posiada licencję na pakiet w wersji Mainz-Austin-Budapest Version 1.0 (June 2010).<br />
<br />
Użytkownicy korzystający z programu zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: <br />
<br />
"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."<br />
<br />
Prace powstałe w wyniku wykorzystania zrównoleglonej wersji "CFOUR" muszą cytować artykuł:<br />
"M.E. Harding, T. Metzroth, J. Gauss, and A.A. Auer, J. Chem. Theor.<br />
Comp. 4, 64 (2008)"<br />
<br />
=== Informacje o wykorzystaniu ===<br />
{{Podziękowanie_WCSS}}<br />
<br />
; Korzystanie w WCSS<br />
Cfour jest zainstalowany na klastrze [[Bem]], w katalogu:<br />
/usr/local/cfour<br />
<br />
Aby skorzystać z programu można użyć gotowego skryptu <code>sub-cfour</code> dostępnego w domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> lub napisać własny skrypt.<br />
<br />
; Uruchamianie - skrypt domyślny<br />
W domyślnej lokalizacji <code>/usr/local/bin</code> udostępniony jest skrypt '''<code>sub-cfour</code>''' uruchamiający obliczenia w kolejce [[PBS]] (uruchamiana jest wersja domyślna). <br />
<br />
Uruchomienie skryptu sub-cfour bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
> sub-cfour<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-cfour input_file [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504) <br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-cfour test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
{{uwaga2|Jeśli w bieżącej lokalizacji nie ma pliku GENBAS lub ECPDATA, to skrypt pobiera je z katalogu instalacji.}}<br />
{{uwaga2|Skrypt uruchamia polecenie '''xcfour'''. Pakiet dostarcza szeregu innych narzędzi, aby z nich skorzystać można skopiować powyższy skrypt i wprowadzić potrzebne modyfikacje.}}<br />
<br />
<br />
; Uruchamianie - własny skrypt<br />
*Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład: <br />
source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash<br />
module load cfour<br />
CURDIR=`pwd`<br />
mkdir $TMPDIR/katalog-zadania<br />
cd $TMPDIR/katalog-zadania<br />
cp $CURDIR/zmatH2O ZMAT<br />
ln -s $GENBAS GENBAS<br />
xaces2 >& ${CURDIR}/wynik.out<br />
cd $TMPDIR<br />
rm -rf $TMPDIR/katalog-zadania<br />
<br />
{{uwaga2|Zmienna '''TMPDIR''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na katalog roboczy użytkownika na węzłach obliczeniowych (obecnie /lustre/scratch/tmp/identyfikator_zadania.)}}<br />
{{uwaga2|Zmienna '''GENBAS''' ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na lokalizację pliku GENBAS w katalogu instalacji programu (dla wersji v1 jest to /usr/local/cfour_v1/basis/GENBAS. Zmienna ECPDATA wskazuje na analogiczny plik w katalogu instalacji.}}<br />
<br />
*Nadać skryptowi prawa wykonywania:<br />
> chmod +x woda.sh<br />
<br />
*Wstawić skrypt do kolejki PBS: <br />
> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1 ./woda.sh<br />
<br />
*Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:<br />
> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:mem=2gb ./woda.sh<br />
<br />
*Obliczenia uruchamiane na dwóch rdzeniach:<br />
> qsub -N aces_woda -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb ./woda.sh<br />
<br />
{{uwaga2|Wyjaśnienia i więcej opcji systemu kolejkowania znajdują się w artykule [[PBS]].}}<br />
<br />
Do wykonania obliczeń równoległych należy dodać do pliku ZMAT komendy ABCDTYPE=AOBASIS oraz CC_PROG=ECC lub CC_PROG=VCC.<br />
<br />
Przykładowy plik ZMAT:<br />
Energia SO metoda CCSD<br />
S<br />
O 1 R<br />
<br />
R=1.5*<br />
<br />
*CFOUR(CALC=CCSD<br />
BASIS=AUG-PV5Z<br />
REF=UHF,MULT=3<br />
CC_CONV=6<br />
LINEQ_CONV=6<br />
SCF_CONV=6<br />
ABCDTYPE=AOBASIS,CC_PROG=ECC<br />
MEMORY=200000000)<br />
<br />
==Dokumentacja==<br />
* [http://www.cfour.de/ Strona domowa pakietu]<br />
* [http://slater.chemie.uni-mainz.de/cfour/index.php?n=Main.Manual Dokumentacja]<br />
<br />
== Zobacz też ==<br />
* [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TURBOMOLE&diff=6114TURBOMOLE2020-07-29T10:42:53Z<p>Mateuszj: nowa wersja 7.5</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.5, 7.3, 7.1.1, 7.0|wersja2='''6.6''', 6.3|wersja3=5.10}}<br />
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.<br />
<br />
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==<br />
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.<br />
<br />
;Sposób użycia:<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-turbomole<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:<br />
<pre><br />
aoforce egrad grad mdprep proper rimp2 thirdruecker<br />
atbandbta eigerf gradruecker moloch radless riper thirdsammel<br />
bsseenergy escf gradsammel mpgrad rdgrad rirpa tm2molden<br />
ccsdf12 evib haga mpshift relax ruecker uff<br />
cosmoprep fdetools hessruecker odft ricc2 sammler vibration<br />
define freeh hesssammel pnoccsd ricctools sdg woelfling<br />
dscf frog intense promowa ridft statpt write_plv <br />
</pre><br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]<br />
* [http://www.turbo-forum.com/ Forum użytkowników TURBOMOLE]<br />
* [https://doi.org/10.1063/5.0004635 TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020)]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=TURBOMOLE&diff=6113TURBOMOLE2020-07-28T10:51:31Z<p>Mateuszj: /* Dokumentacja */ Nowy artykuł J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020);</p>
<hr />
<div><small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Turbomole</small><br />
{{aplikacja|nazwa=Turbomole|logo=|serwer=[[Bem]]|wersja=7.3|wersja2=7.1.1|wersja3=7.0|wersja4='''6.6'''|wersja5=6.3|wersja5=5.10}}<br />
'''TURBOMOLE''' - komercyjny pakiet kwantowo-chemiczny do badania struktury elektronowej układów (molekuł, kompleksów molekularnych oraz układów periodycznych) z wykorzystaniem zarówno metod ab initio, jak i metod bazujących na teorii funkcjonału gęstości (metody DFT). Pakiet ten implementuje wiele algorytmów z zakresu chemii kwantowej.<br />
<br />
== Korzystanie z Turbomole w WCSS ==<br />
Pakiet TURBOMOLE zainstalowany jest na klastrze [[Bem]] w drzewie /usr/local/turbomole/.<br />
<br />
;Sposób użycia:<br />
<br />
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.<br />
<br />
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-turbomoole (uruchamia domyślną wersję programu)<br />
<br />
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:<br />
<br />
> sub-turbomole<br />
Usage: /usr/local/bin/sub-turbomole program_name [parameters]<br />
Parameters:<br />
-q queue (default - main)<br />
-n nodes (default - 1)<br />
-p cores (per node, default - 1)<br />
-m memory (per node, in MB, default - 2000)<br />
-w walltime (in hours, default - 504)<br />
-i "program_parameter1 program_parameter2 ..." (list of program parameters)<br />
<br />
Gdzie:<br />
* <code><program_name></code> to jeden paremetr z listy:<br />
<pre><br />
aoforce egrad grad mdprep proper rimp2 thirdruecker<br />
atbandbta eigerf gradruecker moloch radless riper thirdsammel<br />
bsseenergy escf gradsammel mpgrad rdgrad rirpa tm2molden<br />
ccsdf12 evib haga mpshift relax ruecker uff<br />
cosmoprep fdetools hessruecker odft ricc2 sammler vibration<br />
define freeh hesssammel pnoccsd ricctools sdg woelfling<br />
dscf frog intense promowa ridft statpt write_plv <br />
</pre><br />
<br />
Na przykład<br />
<br />
> sub-turbomole ricc2 -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 <br />
<br />
Zadanie ricc2 uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.<br />
<br />
<br />
'''Uwaga'''<br />
<br />
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).<br />
<br />
{{uwaga|'''Pliki tymczasowe.''' TURBOMOLE tworzy niektóre pliki tymczasowe np. twoint1 w katalogu domowym. Zapis do katalogu domowego jest kilkukrotnie wolniejszy niż do scratch. Dlatego ważne jest, aby zmienić odpowiednie ścieżki w pliku control. np. twoint1 w katalogu roboczym zadania $TMPDIR }}<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?<br />
<br />
== Dokumentacja ==<br />
* [http://www.turbomole.com/ Strona domowa pakietu TURBOMOLE]<br />
* [http://www.turbo-forum.com/ Forum użytkowników TURBOMOLE]<br />
* [https://doi.org/10.1063/5.0004635 TURBOMOLE: Modular program suite for ab initio quantum-chemical and condensed-matter simulations J. Chem. Phys. 152, 184107 (2020)]<br />
<br />
<br />
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]<br />
<br />
{{oprogramowanie}}<br />
[[Kategoria:Oprogramowanie]]<br />
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]]</div>Mateuszjhttps://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=EasyBuild&diff=6112EasyBuild2020-07-24T12:21:03Z<p>Mateuszj: </p>
<hr />
<div>EasyBuild to oprogramowanie służące do kompilacji oprogramowania i szkielet instalacyjny pozwalający zarządzać (naukowym) oprogramowaniem w KDM, który umożliwia zarządzanie w efektywny sposób.<br />
<br />
=Przygotowanie środowiska pracy=<br />
<br />
=Proces budowania pakietów=<br />
<br />
=Przykład użycia=<br />
Chcę zainstalować pakiet: ''AES''<br />
<br />
Mam dostęp do BEM i zlecam zadanie interaktywne:<br />
qsub -I -l walltime=6:0:0 -l software=AES<br />
Sprawadzam dostępność modułu: ''AES''<br />
module avail AES<br />
Jeżeli nie ma to ładuję moduł:<br />
module load EasyBuild<br />
Sprawdzam dostępne oprogramowanie do instalacji<br />
eb -S AES<br />
Wybieram jeden z dostępnych: ''ASE-3.19.0-intel-2019b-Python-3.7.4.eb''<br />
Sprawdzam wymagane zależności pakietów oraz ich wersje:<br />
eb ASE-3.19.0-intel-2019b-Python-3.7.4.eb -D<br />
Próbuję zainstalować<br />
eb ASE-3.19.0-intel-2019b-Python-3.7.4.eb -r<br />
<br />
<br />
=Dokumentacja=<br />
https://easybuild.readthedocs.io/en/latest/</div>Mateuszj