Insight II: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 11: | Linia 11: | ||
===== Znane problemy ===== | ===== Znane problemy ===== | ||
| − | * | + | *Insight II 2005 |
:Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>. | :Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez <code>ssh -X tezro</code> wystarczy uruchomić polecenie <code>insight</code>). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej poleceniem <code>insight_2000.1 -X11</code>. | ||
| + | *Insight II 2000.1 | ||
| + | :Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11. | ||
==== Wstawianie zadań do kolejki ==== | ==== Wstawianie zadań do kolejki ==== | ||
Wersja z 10:57, 6 lip 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys
| Insight II | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Tezro | 2005 2000.1 4.00P+ |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Insight II - spadkowe oprogramowanie chemiczne firmy Accelrys, funkcjonalność Insight II została przeniesiona do nowszego produktu tej firmy: Discovery Studio. Oba, nierozwijane już pakiety Insight II i Cerius2, przeznaczone są do szeroko rozumianego modelowania molekularnego w środowisku 3D. Składają się ze zintegrowanego środowiska użytkownika oraz modułów pozwalających na modelowanie, modyfikowanie, wizualizację i analizę dużych układów biomolekularnych (np. białek, kwasów nukleinowych) oraz chemii i fizyki nowych materiałów, od modelowania homologii do projektowania katalizatorów. Dostępne tylko dla platformy SGI z możliwością pracy zdalnej via X11 lub GLX.
Uruchamianie aplikacji
Aplikacja w WCSS dostępna jest na komputerze Tezro z systemem kolejkowania PBS. Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki short. Program uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):
> insight (domyślnie wersja 2005) > insight_2000.1 > insight_400
Znane problemy
- Insight II 2005
- Odnotowane zostały problemy w przekierowaniu wyświetlania pakietu w wersji 2005 przez użycie opcji -X11. Użytkowników pracujących na stacjach z systemem Linux zachęcamy do zainstalowania i korzystania z GLX (wtedy po zalogowaniu przez
ssh -X tezrowystarczy uruchomić polecenieinsight). Pozostali użytkownicy mogą korzystać z poprzedniej wersji pakietu uruchamianej polecenieminsight_2000.1 -X11.
- Insight II 2000.1
- Podczas przekierowania wyświetlania z użyciem OpenGL mogą pojawić się problemy, zaleca się uruchamianie aplikacji z opcją -X11.
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.
Dokumentacja
Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6.
Insight II w sieci:
- Insight II - strona niedostępna, produkt został wycofany ze sprzedaży.
- Dokumentacja w języku polskim na stronie ICM
Zobacz też : Licencja i żetony
| Oprogramowanie naukowe |
Biovia | Discovery Studio ⋅ Materials Studio [ CASTEP ] |
|---|
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|