GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m (szablon)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
{{zasobytab|logo=[[Grafika:gamess.png]]|serwery=[[Leo]]<br>[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:gamess.png]]|serwer=[[Supernova]]|wersja=2007.03.24-R6 |wersja2=2009.01.12-R1 |wersja3=2010.10.01-R1 |serwer2=[[Leo]] |wersja21=2005.07.27-R2 |wersja22=2006.09.07-R4}}
 
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
 
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
  

Wersja z 10:04, 3 wrz 2012

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

GAMESS
Plik:gamess.png
Serwer Wersja
Supernova 2007.03.24-R6
2009.01.12-R1
2010.10.01-R1
Leo 2005.07.27-R2
2006.09.07-R4
Kontakt
kdm@wcss.pl

GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

  • wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
  • wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
  • wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
  • wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
  • szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
Typ SCF= RHF ROHF UHf GVB MCSCF
energia CDP CDP CDP CDP CDP
gradienty analityczne CDP CDP CDP CDP CDP
numeryczny Hessian CDP CDP CDP CDP CDP
analityczny Hessian CDP CDP - CDP -
energia CI CDP CDP - CDP CDP
gradient CI CD - - - -
energia MP2 CDP CDP CDP - CP
gradient MP2 CDP - CD - -
energia CC CD - - - -
energia DFT CDP CDP CDP - -
gradient DFT CDP CDP CDP - -
energia MOPAC tak tak tak tak -
gradient MOPAC tak tak tak - -

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na serwerze Leo i klastrze Supernova.

Wstawianie zadań do kolejki
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]

Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu głównym konta użytkownika.

Leo

wersje: 2005.07.27-R2, 2006.09.07-R4.

Supernova

wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1, 2010.10.01-R1

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess-WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

  • INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
  • INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
  • TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
  • REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
  • PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
  • IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

Zobacz też