GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami
(→Nova) |
(→Nova) |
||
| Linia 136: | Linia 136: | ||
=== [[Nova]] === | === [[Nova]] === | ||
| − | wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1 | + | wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1, 2010.10.01-R1 |
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | ||
Wersja z 12:32, 9 gru 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Plik:gamess.png | ||
|
GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
Informacje ogólne
Niektóre z możliwości programu to:
- wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
- wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
- wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
- wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
- szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.
Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.
- Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
| Typ SCF= | RHF | ROHF | UHf | GVB | MCSCF |
| energia | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| gradienty analityczne | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| numeryczny Hessian | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| analityczny Hessian | CDP | CDP | - | CDP | - |
| energia CI | CDP | CDP | - | CDP | CDP |
| gradient CI | CD | - | - | - | - |
| energia MP2 | CDP | CDP | CDP | - | CP |
| gradient MP2 | CDP | - | CD | - | - |
| energia CC | CD | - | - | - | - |
| energia DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| gradient DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| energia MOPAC | tak | tak | tak | tak | - |
| gradient MOPAC | tak | tak | tak | - | - |
Legenda:
C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)
D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)
P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)
GAMESS w WCSS
Pakiet GAMESS jest dostępny na serwerze Leo i klastrze Nova.
- Wstawianie zadań do kolejki
sub-gamess plik.inp [kolejka] [liczba-procesorow]
Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu głównym konta użytkownika.
Leo
wersje: 2005.07.27-R2, 2006.09.07-R4.
Nova
wersje: 2007.03.24-R6, 2009.01.12-R1, 2010.10.01-R1
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.
Dokumentacja
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess-WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:
- INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
- INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
- TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
- REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
- PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
- IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny
GAMESS w sieci
Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|