Virtualenv

Virtualenv jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.

Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
 module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt)

 virtualenv $HOME/projekt

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

 source $HOME/projekt/bin/activate

Jak wyłączyć środowisko wirtualne

Użyj polecenia

 deactivate

Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym

Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.

Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona

 qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb
 module load python

Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)

 virtualenv $HOME/cif2cell

Uruchom utworzone środowisko wirtualne

 source $HOME/cif2cell/bin/activate

Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)

 pip install PyCIFRW

Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.

W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu

 tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz
 cd cif2cell-1.2.10

oraz uruchom polecenie

 python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell

W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.

Aby użyć zainstalowanego oprogramowania cif2cell należy wykonać polecenie

 $HOME/cif2cell/bin/cif2cell