Tekst źródłowy strony AutoDock Vina

===AutoDock Vina===

Program wykorzytywany do dokowania molekulanego oraz screeningu układów białko-ligand.
Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie 
możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości
uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).

[ilustracje]

{|
| [[File:Speed_autodock_vs_vina.png|thumb| upright=2|Średni czas w minutach na statystyczny kompleks. 2 x Intel Xeon @ 2.66 (2 x 4 rdzenie).]]
| [[File:Rmsd_autodock_vina.png|thumb|upright=1.81|Porównanie jakości wyników AutoDock 4.0.x względem AutoDock Vina.]]
|}


'''Przypływ danych - w każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.''' 

Przygotowanie pliku wsadowego w '''MGLTools''' (*.PDBQT).
*przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
*przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacynych)

Przeprowadzenie obliczeń w '''AutoDock Vina'''.

*AutoDock Vina uruchamiamy skryptem sub-autodock-vina

Interpretacja wyników w '''PyMOL'''.

 

Szczegóły na stronie projektu http://vina.scripps.edu/ oraz w : 
"O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function,
efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"

W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, autor prosi cytować ww. artykuł.

Cytowania
{{Reflist| <ref name="A"><\ref>}}