APBS: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
(→APBS) |
|||
| Linia 4: | Linia 4: | ||
== APBS == | == APBS == | ||
| + | ''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę własciwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. | ||
| + | |||
| + | Aplikacja m.in. służy do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w zjonizowanym środowisku. | ||
| + | |||
| + | Rejony zastosowań: | ||
| + | |||
| + | * symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko | ||
| + | |||
| + | * symulacja z uwzględniniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika | ||
| + | |||
| + | * kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji | ||
| + | |||
| + | * miareczkowanie białek | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Wersja z 12:53, 17 cze 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
APBS - oprogramowanie
APBS
APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę własciwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych.
Aplikacja m.in. służy do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w zjonizowanym środowisku.
Rejony zastosowań:
- symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko
- symulacja z uwzględniniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika
- kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji
- miareczkowanie białek