CPMD dla niewtajemniczonych: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 8 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | + | WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. '''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych'''. | |
| − | '''Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych''' | + | * '''Termin''': 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00 |
| + | * '''Miejsce''': sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław ([http://wcss.pl/?c=static_contact Położenie WCSS]) | ||
| + | * '''Prowadzący''': Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek | ||
| − | + | == Opis == | |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | ==Opis | ||
Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy. | Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy. | ||
| − | ==Wymagania | + | == Wymagania == |
Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux. | Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux. | ||
| + | Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy. Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne). W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK. | ||
| − | == | + | Materiały dla słuchaczy są dostępne jako plik /tmp/CPMD.zip klastra Supernova. |
| + | |||
| + | == Program ramowy == | ||
W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów. | W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów. | ||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | |||
| − | ===Część warsztatowa 1 | + | === Część seminaryjna 1 === |
| − | * przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego | + | * podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej |
| − | * uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS | + | * fale płaskie i pseudopotencjały |
| + | * jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą? | ||
| + | * kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie) | ||
| + | * czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?) | ||
| + | |||
| + | === Część warsztatowa 1 === | ||
| + | * przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego | ||
| + | * uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS | ||
| + | |||
| + | === Część seminaryjna 2 === | ||
| + | * zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi | ||
| + | * analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne | ||
| + | * dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu) | ||
| − | ===Część | + | === Część warsztatowa 2 === |
| − | * | + | * analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD) |
| − | |||
| − | |||
| − | + | [[Kategoria:Szkolenia]] | |
| − | |||
Aktualna wersja na dzień 11:46, 13 cze 2014
WCSS ma przyjemność zaprosić Państwa na szkolenie pt. Dynamika molekularna Cara-Parrinello dla niewtajemniczonych.
- Termin: 16 czerwca 2014 (poniedziałek), godz. 10:00-16:00
- Miejsce: sala 201, bud. D-21 PWr, Wrocław (Położenie WCSS)
- Prowadzący: Aneta Jezierska-Mazzarello, Jarosław Jan Panek
Opis
Dynamika molekularna Cara-Parrinello (CPMD) to schemat dynamiki molekularnej oferujący dostęp do skali czasowej jedynie rzędu dziesiątek – setek pikosekund, ale pozbawiony wad klasycznych pól siłowych opartych na parametryzacji. CPMD umożliwia m.in. badania mechanizmów reakcji, struktury roztworów, zachowania się układów z wiązaniami wodorowymi. Szkolenie zapozna uczestników z podstawami teoretycznymi metody CPMD i jej przykładowymi zastosowaniami, a także przedstawi sposoby konstruowania danych wejściowych dla programu CPMD (www.cpmd.org), wizualizacji i analizy wyników (m.in. za pomocą programu VMD – www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/). Omówione zostanie też uruchamianie zadań CPMD na komputerach WCSS. Z uwagi na podstawowy charakter szkolenia, zagadnienia metod alternatywnych do CPMD (dynamika Borna-Oppenheimera), hybrydowych (QM/MM) oraz przyspieszających przeszukanie przestrzeni fazowej (np. metadynamika) zostaną jedynie zasygnalizowane, bez szczegółowego wprowadzenia. Podobnie pominięte zostaną zagadnienia kompilacji kodu CPMD, zbyt zależne od konkretnych ustawień superkomputera / klastra, którym dysponują użytkownicy.
Wymagania
Wskazana podstawowa znajomość pojęć chemii obliczeniowej (teoria DFT, bazy funkcyjne), doświadczenie w prostych obliczeniach kwantowo-chemicznych (np. z programem Gaussian), podstawy manipulacji plikami w systemie Linux. Uczestnicy warsztatów powinni przynieść laptopy. Należy samodzielnie zainstalować VMD oraz program do łączenia / transferu danych (dla linuxa typowe komendy ssh, sftp; dla Windows - mp. putty jako klient SSH, winscp jako klient SFTP) i przetestować łączenie z własnym kontem na klastrze Supernova. Wykładowcy udostępnią archiwum przykładów, które trzeba będzie pobrać i rozpakować (na razie nie jest dostępne). W sali są sieci WiFi: EDUROAM, WCSS-GOSCIE i WCSS-GOSCIE-PSK.
Materiały dla słuchaczy są dostępne jako plik /tmp/CPMD.zip klastra Supernova.
Program ramowy
W zależności od zainteresowania uczestników oraz ograniczeń czasowych zastrzegamy sobie możliwość zmian w programie – przesunięć lub rezygnacji z pewnych fragmentów.
Część seminaryjna 1
- podstawy teoretyczne dynamiki CPMD: podobieństwa i różnice względem innych schematów dynamiki molekularnej
- fale płaskie i pseudopotencjały
- jak modelować fazę gazową, ciekłą i stałą?
- kontrolowanie parametrów przebiegu dynamiki (np. termostatowanie)
- czy tylko czyste DFT? (np. czy da się zastosować funkcjonały hybrydowe?)
Część warsztatowa 1
- przygotowanie danych wejściowych: od współrzędnych atomowych do pliku wejściowego
- uruchamianie obliczeń CPMD na komputerach WCSS
Część seminaryjna 2
- zastosowania dynamiki CPMD: układy z wiązaniami wodorowymi
- analiza wyników: parametry geometryczne, sygnatury oscylacyjne
- dalsze kroki w świat dynamiki – QM/MM, powierzchnie energii swobodnej (metadynamika, dynamika z więzami - krótkie zasygnalizowanie problemu)
Część warsztatowa 2
- analiza przykładowych trajektorii CPMD: parametry strukturalne, widma oscylacyjne, wizualizacja trajektorii (program VMD)