OpenBabel: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < OpenBabel</small> | |
| − | + | '''OpenBabel''' - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia: | |
#babel | #babel | ||
#obchiral | #obchiral | ||
| Linia 17: | Linia 17: | ||
'''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki | '''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki | ||
| − | obchiral filename | + | obchiral filename |
'''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery | '''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery | ||
| − | obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename | + | obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename |
'''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | '''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | ||
| Linia 26: | Linia 26: | ||
'''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | '''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | ||
| − | obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile | + | obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile |
'''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. | '''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. | ||
| − | obgen filename | + | obgen filename |
'''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych | '''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych | ||
| − | obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename | + | obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename |
'''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły | '''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły | ||
| − | obminimize [OPTIONS] filename | + | obminimize [OPTIONS] filename |
| − | '''Obprobe''' - | + | '''Obprobe''' - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego [[MMFF94]]. |
| + | obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename | ||
| + | |||
| + | '''Obprop''' - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.) | ||
| + | |||
| + | przykładowy output | ||
| + | name [''Name''] | ||
| + | formula [''Formula''] | ||
| + | mol_weight [''Molecular Weight''] | ||
| + | exact_mass [''Isotopic Mass''] | ||
| + | canonical_SMILES [''String''] | ||
| + | num_atoms [''Number''] | ||
| + | num_bonds [''Number''] | ||
| + | num_residues [''Number''] | ||
| + | sequence [''Residue Sequence''] | ||
| + | num_rings [''Number of Rings'' ''(by SSSR)''] | ||
| + | logP [''Number'' ''(octanol-water partition)''] | ||
| + | PSA [''Number ''(topological polar surface area)''] | ||
| + | MR [''Number'' ''(molar refractivity)''] | ||
'''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów | '''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów | ||
| − | obrotamer filename | + | obrotamer filename |
'''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. | '''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. | ||
| − | W ten sposób można | + | W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły. |
| − | obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle | + | obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle |
| + | |||
| + | === Dokumentacja === | ||
| + | # Opis wg [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel]. | ||
| − | + | [[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]] | |
Aktualna wersja na dzień 14:09, 2 wrz 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < OpenBabel
OpenBabel - zbiór aplikacji do modelowania molekularnego. W skład pakietu wchodzą narzędzia:
- babel
- obchiral
- obconformer
- obenergy
- obfit
- obgen
- obgrep
- obminimize
- obprobe
- obrotamer
- obrotate
Babel - konwerter plików, lista formatów
Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki
obchiral filename
Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery
obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename
Obenergy- oblicza energię cząsteczki
obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename]
Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS
obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.
obgen filename
Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych
obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename
Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły
obminimize [OPTIONS] filename
Obprobe - generuje siatkę powinowactwa atomu o zadanym typie i ładunku względem molekuły, w ten sposób, że liczy energię odziaływań elektrostatycznych miedzy atomem (typ, ładunek), a czasteczką. Korzysta z pola siłowego MMFF94.
obprobe [OPTIONS] atom type partial charge filename
Obprop - wyświetla podstawowe informacje o czasteczce (masa, ładunek, liczba wiązań itd.)
przykładowy output
name [Name] formula [Formula] mol_weight [Molecular Weight] exact_mass [Isotopic Mass] canonical_SMILES [String] num_atoms [Number] num_bonds [Number] num_residues [Number] sequence [Residue Sequence] num_rings [Number of Rings (by SSSR)] logP [Number (octanol-water partition)] PSA [Number (topological polar surface area)] MR [Number (molar refractivity)]
Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów
obrotamer filename
Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generować rotamery/konformery fragmentów molekuły.
obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
Dokumentacja
- Opis wg podręcznika OpenBabel.