OpenBabel: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 23: | Linia 23: | ||
'''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | '''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | ||
| − | obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename] | + | obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename] |
'''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | '''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | ||
Wersja z 10:54, 4 sie 2010
Open Babel.
Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą:
- babel
- obchiral
- obconformer
- obenergy
- obfit
- obgen
- obgrep
- obminimize
- obprobe
- obrotamer
- obrotate
Babel - konwerter plików, lista formatów
Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki obchiral filename
Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename
Obenergy- oblicza energię cząsteczki
obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename]
Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. obgen filename
Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename
Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły obminimize [OPTIONS] filename
Obprobe -
Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów obrotamer filename
Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły. obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
Opis wg. podręcznika OpenBabel