OpenBabel: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 17: | Linia 17: | ||
'''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki | '''Obchiral''' - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki | ||
| − | obchiral filename | + | obchiral filename |
'''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery | '''Obconformer''' -generuje niskoenergetyczne konformery | ||
| − | obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename | + | obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename |
'''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | '''Obenergy'''- oblicza energię cząsteczki | ||
| Linia 26: | Linia 26: | ||
'''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | '''Obfit''' - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS | ||
| − | obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile | + | obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile |
'''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. | '''Obgen''' - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo. | ||
| − | obgen filename | + | obgen filename |
'''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych | '''Obgrep''' - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych | ||
| − | obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename | + | obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename |
'''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły | '''Obminimize''' - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły | ||
| − | obminimize [OPTIONS] filename | + | obminimize [OPTIONS] filename |
'''Obprobe''' - | '''Obprobe''' - | ||
'''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów | '''Obrotamer''' - generuje współrzędne konformerów/rotamerów | ||
| − | obrotamer filename | + | obrotamer filename |
'''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. | '''Obrotate''' - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. | ||
W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły. | W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły. | ||
| − | obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle | + | obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle |
Opis wg. [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel] | Opis wg. [http://openbabel.org/wiki/Category:Guides podręcznika OpenBabel] | ||
Wersja z 10:55, 4 sie 2010
Open Babel.
Zbior aplikacji do modelowania molekularnego w którego skład wchodzą:
- babel
- obchiral
- obconformer
- obenergy
- obfit
- obgen
- obgrep
- obminimize
- obprobe
- obrotamer
- obrotate
Babel - konwerter plików, lista formatów
Obchiral - wyświetla informacje na temat chiralności cząsteczki
obchiral filename
Obconformer -generuje niskoenergetyczne konformery
obconformer <# of test conformers> <# of optimization steps> filename
Obenergy- oblicza energię cząsteczki
obenergy [-h] [-ff forcefield] [-v] [filename]
Obfit - nakłada cząsteczki na sibie wg. wzoru SMARTS
obfit SMARTS-pattern fixed-file outfile
Obgen - wylicza wspołrzędne kartezjańskie cząsteczki, a następnie liczy jej energię stosując zadane pole siłowe oraz wybiera optymalny konformer (o najniższej energii) wg. metody Monte Carlo.
obgen filename
Obgrep - narzędzie do przeszukiwania wieloczasteczkowych plików (SMILES,SDF) lub baz danych
obgrep [OPTIONS] SMARTS-pattern filename
Obminimize - minimalizuję energię, optymalizuję geomtrię molekuły
obminimize [OPTIONS] filename
Obprobe -
Obrotamer - generuje współrzędne konformerów/rotamerów
obrotamer filename
Obrotate - podobnie jak obrotamer, z tą różnicą, że można zafixować cześć kątów dwusciennych. W ten sposób można generowąć rotamery/konformery fragmentów molekuły.
obrotate SMARTS-pattern filename atom1 atom2 atom3 atom4 angle
Opis wg. podręcznika OpenBabel