Hmmer

HMMR 3.0

HMMR - aplikacja do skanowanie bibliotek białek w poszukiwaniu homologów, porównywania i nakładania sekwencji aminokwasowych. Zaimplementowano w niej dyskretny model Markownikowa.

W porównaniu do BLAST, FASTA oraz innych starszych metod bazujących na archaicznych systemach liczenia punktów za dopasowanie(alligment score), HMMR wydaje się być bardziej dokładny, zdolny do wykrycia sekwencji homologicznych białek u organizmów będących w dość znacznym dystansie filogenetycznym.

Wersja 3.0, w przeciwieństwie do starszych, wolniejszych wersji, cechuje sie wydajnościa porównywalną z algorytmem BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).

Opis wg.strony domowej HMMER