SCIGRESS
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < SCIGRESS
| SCIGRESS | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 3.1.4 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
SCIGRESS jest pakietem do modelowania molekularnego dedykowanym dla chemików i biochemików, tak eksperymentalnych jak i obliczeniowych. SCIGRESS pozwala na badanie i projektowanie szerokiego spektrum układów molekularnych: organicznych, nieorganicznych, polimerów, protein, metali, tlenków i ceramik.
Licencja
WCSS posiada 8 licencji na aplikacje klienckie oraz licencje na następujące moduły obliczeniowe:
| moduł | Local SCF | ZINDO | Fast Dock | Mechanics | CONFLEX | MO-G | Dynamics | MD-ME | DGauss | EHT | Phase | MO-S | Tabulator |
| procesy | 8 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 | 1 |
Liczba licencji oznacza liczbę jednocześnie działających aplikacji. Liczba instalacji oprogramowania może być dowolna.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Moduły obliczeniowe SCIGRESS zainstalowane są na klastrze Supernova. W celu pobrania klienta należy skontaktować się z administratorami KDM. Dostęp do serwera licencji możliwy jest z adresów politechnicznych. W przypadku konieczności skorzystania z niej z innego miejsca, należy skorzystać z politechnicznego serwera VPN. W celu uruchomienia zadań obliczeniowych na klastrze Supernova i skorzystania z licencjonowanych pakietów dostępnych na klastrze konieczne jest założenie konta na węźle obliczeniowym. Informacje dotyczące logowania na węzeł zostaną przekazane przez administratorów KDM. Klient jest dostępny w wersji na systemy Windows i Linux.
Instalacja klienta dla systemu Linux
1) Archiwum z instalatorem należy rozpakować na maszynie, na której klient ma zostać zainstalowany. Archiwum zawiera instalator SCIGRESS_Linux64_version.bin lub SCIGRESS_Linux32_version.bin oraz instrukcję instalacji SCIGRESSInstallationGuideForLinux.pdf.
2) W celu rozpoczęcia instalacji należy zmienić uprawnienia do pliku instalatora:
chmod 744 SCIGRESS_Linux64_version.bin
i uruchomić instalator:
sudo ./SCIGRESS_Linux64_version.bin
Następnie należy przeprowadzić procedurę instalacyjną zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.
3) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy skopiować plik licencji (license.lic) do katalogu /opt/SCIGRESS Suite/flexlm/. Dla prawidłowego działania serwera licencji proszę upewnić się, że w pliku /etc/hosts istnieje wpis z nazwą i adresem IP komputera, na którym zainstalowano klienta. Powinien to być właściwy adres IP komputera, nie 127.0.0.1.
4) Klienta uruchamia się poleceniem ./Workspace.sh w katalogu głównym klienta (domyślnie: /opt/SCIGRESS Suite).
Instalacja klienta dla systemu Windows
1) Archiwum zip z instalatorem należy rozpakować i uruchomić instalator. Następnie proszę postępować zgodnie z instrukcjami wyświetlanymi w instalatorze.
2) Po zakończeniu instalacji klient działa w wersji demonstracyjnej. Aby skorzystać z licencji na pełną wersję klienta należy uruchomić menadżera licencji (Start -> SCIGRESS Suite -> LicenseManager).
Następnie należy kliknąć przycisk Install. Po wyświetleniu komunikatu potwierdzającego zainstalowanie pliku menadżera można zamknąć.
3) Klienta uruchamia się klikająć Start -> SCIGRESS Suite -> SCIGRESS.
Konfiguracja dostępu do serwera obliczeniowego w kliencie
W kolejnym kroku w kliencie należy dodać zdalny serwer obliczeniowy SCIGRESS. W tym celu należy uruchomić klienta i otworzyć przykładowy projekt lub założyć nowy. W przypadku istniejącego wcześniej projektu należy dwukrotnie kliknąć na plik obiektu csf, tak żeby w menu głównym pojawiło się menu Experiment.
W menu Experiment należy wybrać Run i w karcie, która się pojawi kliknąć Select Server.
Następnie kliknąć przycisk Add i podać nazwę serwera obliczeniowego scigress.wcss.pl. Po kliknięciu OK proszę podać login i hasło do węzła obliczeniowego na klastrze Supernova przekazane przez administratorów KDM WCSS. W celu ustawienia tego serwera jako domyślnego serwera obliczeniowego proszę zaznaczyć Make the server default i kliknąć OK.
Po tej operacji powinno wyświetlić się okno z dostępnymi licencjami na moduły wchodzące w skład pakietu SCIGRESS na klastrze Supernova.
W tym momencie klient jest skonfigurowany do pracy z wykorzystaniem licencji dostępnych na klastrze.
W razie jakichkolwiek pytań prosimy o kontakt z administratorami KDM.