Tinker
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Tinker
| Tinker | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 5.1.09 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Tinker - oprogramowanie chemiczne przeznaczone do prowadzenia symulacji metodami mechaniki molekularnej, ze specjalnymi funkcjami do analizy właściwości biopolimerów. Pakiet Tinker umożliwia prowadzenie optymalizacji geometrii układów, symulacji dynamiki molekularnej oraz analizę parametrów strukturalnych. W skład pakietu wchodzą standardowe pola siłowe, takie jak Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB), CHARMM (19, 22, 22/CMAP), Allinger MM (MM2-1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA), pole siłowe Merck Molecular (MMFF), Liam Dang's model oraz pole siłowe AMOEBA (2004, 2009, 2013).
Licencja
Pakiet jest darmowy, działający na licencji U.S. Copyright Law. Użytkownicy korzystający z Tinker zobowiązani są do podpisania licencji (http://dasher.wustl.edu/ffe/downloads/license.pdf) oraz przesłania jej na adres Dr. Jay W. Ponder Department of Chemistry, Box 1134 Washingt on University in Saint Louis One Brookings Drive Saint Louis, MO 6313 0 U.S.A
W przypadku użycia programu autorzy wymagają cytowania w publikacjach następujących prac:
- P. Ren, C. Wu and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 7, 3143-3161 (2011)
- M. J. Schnieders and J. W. Ponder, J. Chem. Theory Comput., 3, 2083-2097 (2007)
- P. Ren and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 107, 5933-5947 (2003)
- R. V. Pappu, R. K. Hart and J. W. Ponder, J. Phys. Chem. B, 102, 9725-9742 (1998)
- M. E. Hodsdon, J. W. Ponder and D. P. Cistola, J. Mol. Biol., 264, 585-602 (1996)
- C. E. Kundrot, J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 12, 402-409 (1991)
- J. W. Ponder and F. M. Richards, J. Comput. Chem., 8, 1016-1024 (1987)
Korzystanie w WCSS
Program skompilowany jest kompilatorem gfortran. Tinkera 5.1.09 jest odpowiednią wersją dla Molcasa 7.8.
- Uruchamianie
Przygotowanie środowiska i uruchomienie aplikacji:
> module load molcas/molcas78 > cd /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example/ > /usr/local/molcas/molcas78/tinker-5.1.09/example $ analyze water.xyz -k water.key e>$HOME/woda.out