Kompilacja aplikacji równoległych

< Podręcznik użytkownika KDM < Kompilacja aplikacji równoległych

Znakomita większość oprogramowania na klastrze zainstalowana jest tak, aby korzystała z któregoś z protokołów wymiany informacji między procesami (mpi, OpenMP, PVM). Podczas kompilacji rónoległych aplikacji należy odnieść się, odpowiednio konfigurując srodowisko systemowe, do bibliotek wspomnianych wyżej protokołów.

Na przykład, linkowanie z bibliotekami mvapich2 (jedna z implementacji standardu mpi-2) budowanymi intelowskimi kompilatorami można uczynić na dwa sposoby:

• przy pomocy wrapera na kompilator

module load mvapich2/1.5.1p1
mvapich2/1.5.1p1
echo $PATH
/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/
which mpif90
/usr/local/mpi/intel/mvapich2-1.5.1p1-intel_composerxe-2011.1.107/bin/mpif90

Wraper mpif90 odpowiednio ustawia flagi kopmilatora ifort (standard - fortran90), tak aby aplikacja korzystała z komunikacji międzyprocesowej.

• ręcznie ustawiając odpowiednie flagi

Na klastrze Supernova zainstalowano wiele bibliotek implementujących standardy mpi, mpi-2 oraz OpenMP przy użyciu pakietów kompilatorów opensource`owych (gcc) oraz dostarczonych od intela.

Na przykład.

• openmpi/1.4.3
• openmpi/1.4.3-intel_10.1
• openmpi/1.4.3_gcc412
• openmpi/1.4.3_gcc453
• mvapich2/1.5.1p1
• mvapich2/1.6
• mvapich2/1.6_gcc

Odpowiednie ustawienie środowiska pracy polega na:

• załadowaniu modułu dla wybranego kompilatora np.

module load intel/12.0 
intel/12.0 load complete

• załadowaniu odpowiednich bibiliotek mpi-owych np.

 module load mvapich2/1.5.1p1
 mvapich2/1.5.1p1 load complete
Należy pamiętać, aby biblioteki mpi-owe zostały zbudowane wersją kompilatora, na kŧórą wskazują
 zmienne środowiskowe.

• załadowabnie innych bibliotek wymaganych przez kompilowaną aplikację, na przykład matematycznych:

module load mkl/12.0.1.107
mkl/12.0.1.107 load complete