Biovia

Z KdmWiki
Wersja Wikiask (dyskusja) z dnia 10:47, 21 lip 2008

(różn.) ← poprzednia wersja | przejdź do aktualnej wersji (różn.) | następna wersja → (różn.)
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Accelrys (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Pakiety

Niektóre z dostępnych pakietów:

Ze względów technicznych i ekonomicznych WCSS nie udostępnia obecnie pakietu Discovery Studio.

Licencja krajowa

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Accelrys udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2007/2008 są dostępne na stronie:

Użytkownicy WCSS w ramach licencji krajowej mają dostęp do 4 żetonów MSI_TokenR.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS tylko zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta). Ze względu na wysoki koszt licencji Accelrys nie jest możliwe wykonywanie w WCSS czasochłonnych obliczeń, których wyniki nie będą publikowane, np. służących wyłącznie do zrealizowania pracy dyplomowej. Natomiast do zajęć dydaktycznych należy używać licencji edukacyjnej - w tej sprawie prowadzący zajęcia powinni kontaktować się z ICM, WCSS jedynie udostępnia komputer.

Osoby zainteresowane przedłużeniem licencji na rok akademicki 2007/2008 mogą zapoznać się z listą proponowanych przez WCSS modułów a także dopisać nazwy modułów.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Accelrys zobowiązane są do wypełnienia ankiety i wysłania jej pod adres: accelrys@icm.edu.pl

Publikacje

Z powodu planowanej podwyżki cen licencji w roku 2007/2008 uprzejmie prosimy o dokumentowanie w WCSS wszystkich publikacji, w których wykorzystano licencję krajową Accelrys. Kopie publikacji z roku 2006 należy dostarczyć do WCSS wraz z rocznym sprawozdaniem, natomiast publikacje z pierwszego półrocza 2007 do 30 czerwca. Liczba zakupionych licencji będzie ściśle związana z liczbą publikacji. Autorzy publikacji będą mieli pierwszeństwo w dostępie do licencji.

Prosimy o informacje o programach, które mogą przynajmniej częściowo zastąpić produkty Accelrys.

Accelrys w WCSS

W WCSS pakiety firmy Accelrys dostępne są na serwerach Tezro (2 procesory, katalogi instalacji /usr/local/MSI/) i Leo (2 procesory). Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione dwa podstawowe warunki:

  1. Połączenie sieciowe między Tezro/Leo a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne.
  2. Dostępna jest dostateczna ilość żetonów (ang. token) do uruchomienia pakietu/modułu.

W ramach licencji krajowej, WCSS ma zarezerwowane 4 żetony. Cała licencja krajowa obejmuje 124 żetony. Żeton przyznawany jest użytkownikowi na czas sesji z jednym z pakietów. Jeżeli wszystkie żetony są w danej chwili wykorzystywane przez użytkowników, kolejny użytkownik musi czekać aż przynajmniej jeden żeton zostanie zwolniony. Niektóre moduły pakietów Accelrysa wymagają dodatkowego żetonu (lub żetonów), dlatego mogą być niedostępne do momentu jego (ich) uzyskania. Po zakończeniu interaktywnej pracy należy zamknąć sesję, żeby zwolnić żeton(y). Bezczynne procesy będą kasowane przez administratorów bez uprzedzenia, a użytkownicy systematycznie blokujący żetony mogą stracić prawo do korzystania z pakietu Accelrys.

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Accelrys. Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Accelrys lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

W związku z drastycznym wzrostem kosztu licencji Accelrys, we wrześniu każdego roku - przed kolejną decyzją o przedłużeniu licencji - zostanie przeprowadzona analiza wyników. Użytkownicy Accelrysa, którzy planują dłuższe wakacje lub staż, powinni dostarczyć przed wyjazdem kopie artykułów, które ukażą sie po dniu 1 lutego danego roku a także swoje oczekiwania odnośnie licencji.

Uprzejmie prosimy o informacje o oprogramowaniu, które może (częściowo) zastąpić pakiety Accelrys (kontakt).


Uruchamianie aplikacji

Obliczenia testowe należy wstawiać do kolejki shortMSI lub short. Poszczególne programy uruchamia się używając jednej z komend (lokalizacja: /usr/local/bin):


> cerius2         (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> quanta          (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> quanta2000   
> catalyst       (domyślnie najnowsza wersja pakietu) 
> catalyst_480 

Ponieważ powyższe pakiety wykorzystują do wizualizacji bibliotekę DGL (ang. Distributed Graphic Library, zamknięta wersja OpenGL opracowana przez SGI), aby uruchamiać programy zdalnie, trzeba używać komputera SGI jako maszyny klienckiej lub posłużyć się przy uruchamianiu programu opcją -X11, która wymusi wykorzystanie graficznych bibliotek systemu X-Window. Więcej informacji znajduje się w artykule o przekierowaniu wyświetlania.

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania należy uruchamiać posługując się poleceniem PBS qsub, bliżej omówionym w artykule System kolejkowania.

Dokumentacja

Dokumentacja w formie książkowej dostępna jest w WCSS, pok. 6. WCSS posiada także dostęp do dokumentacji najnowszych wersji produktów w postaci elektronicznej (pdf), aby z nich skorzystać prosimy o kontakt z administratorami.

Accelrys w sieci:


Zobacz też: Oprogramowanie KDM