Supernova

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Supernova

Supernova
noframe
Kontakt
kdm@wcss.pl

Supernova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Elementy klastra:

  • węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl, sn.wcss.pl),
  • węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)
  • 2 węzły serwisowe
  • 4 węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE, endor/QCG, lalande/UNICORE),
  • 423 węzły obliczeniowe,
  • sieć obliczeniowa - Infiniband DDR (II i III), Infiniband QDR (pomiędzy węzłami IV i Lustre)
  • sieć zarządzania - gigabit ethernet.

Zasoby obliczeniowe klastra:

  • 5168 rdzeni obliczeniowych,
  • >10,4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń, 4GB/rdzeń)
  • ~525 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 485 TB Lustre),
  • komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20 lub 40 Gbps (w zależności od klasy węzła), opóźnienia < 5 us.


Zestawienie

klaster : supernova.wcss.wroc.pl
przestrzeń home : NFS 10TB
przestrzeń scratch : Lustre
system operacyjny : ScientificLinux
moc obliczeniowa : 67,54 TFLOPS
węzły : obliczeniowe generacji II (2) obliczeniowe generacji III (14) obliczeniowe generacji IV (404) GPU (3)
CPU : Intel Xeon E5345 2.33 GHz
(Core-based "Clovertown", 65 nm)
Intel Xeon L5420 2.5 GHz
(Core-based "Harpertown", 45 nm)
Intel Xeon X5650 2.67 GHz
(Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm)
AMD Opteron 6274(6200 series, 32nm)
liczba CPU : 8(2x quad-core) 8(2x quad-core) 12(2x six-core) 64(4x sixteen-core)
cache L1/L2/L3 : 128KB/8MB/- 256KB/12MB/- 64KB/1536KB/12MB 48KB/1000KB/16MB
pamięć : 16GB 16GB 24GB 256GB
uwagi : dyski lokalne + lustre dyski lokalne + lustre lustre dyski lokalne + lustre + 2x Tesla M2075(448 rdzeni, 6GB pamięci)

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ABINIT, Accelrys, Amber, ANSYS, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, APBS, AutoDock, AutoDock Vina, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Mathematica, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, Orca, R, Siesta, TURBOMOLE, Xaim, aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI, nvcc

Biblioteki i narzędzia
  • MVAPICH2,
  • MPIEXEC,
  • OpenMPI
  • MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
  • GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
  • ATLAS (/usr/local/atlas/)
  • HDF
  • Python + SciPy + NumPy
  • CUDA
  • ...
System kolejkowania

PBSPro

RSA key fingerprint

d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9

Zalecenia

  • na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 40GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
quota

opis systemu kwot:

man quota
  • zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;
  • oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH2;
  • zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;
  • zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;
  • oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;
  • zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre.

Zobacz też