CPMD

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CPMD

CPMD
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.15.3, 4.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

CPMD (ang. Car-Parrinello Molecular Dynamics) - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

Informacje ogólne

CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu MPI i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:

  • Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
  • przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
  • układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
  • symetria punktowa i przestrzenna,
  • optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
  • dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
  • dynamika molekularna typu path intagral,
  • response functions,
  • stany wzbudzone,
  • własności elektronowe.

CPMD w WCSS

CPMD dostępny jest na klastrze Bem w wersjach 3.15.3 (domyślna) oraz 4.1.

Zalecenia ogólne
  • Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych /home. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach /scratch.
  • Prosimy nie używać polecenia qdel do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie EXIT i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:
touch EXIT
  • Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach /usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu sub-cpmd (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:
export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/
  • Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

Bem

wersja: 3.15.3


Wstawianie zadań CPMD do systemu kolejkowego PBS odbywa się przez wywołanie skryptu sub-cpmd (lokalizacja: /usr/local/bin//usr/local/bin/sub-cpmd).

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

>sub-cpmd
Usage: /usr/local/bin/sub-cpmd input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-s pseudopotentials_path (default /usr/local/cpmd/intel-15.0/3.15.3/PPLIBNEW)

Na przykład

> sub-cpmd test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 -s $HOME/potencjal

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwagi
  • Skrypt uruchamia domyślną wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem .out.
  • Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku /lustre/scratch/, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.
  • Plik wyników tworzony jest na dysku /home/. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku /home/ jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji.

CPMD w sieci

Bibliografia

  • Jorge Kohanoff: Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

Zobacz też: