MOLCAS

Z KdmWiki
(Przekierowano z Molcas)
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molcas

Molcas
Molcas.jpg
Serwer Wersja
Bem 8.0 i 7.9
Kontakt
kdm@wcss.pl

Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.

Korzystanie w WCSS

Na klastrze Bem dostępna jest wersja 7.9 i 8.0. Wersja starsza jest wersją deweloperską. Obie wersje są dostępne wyłącznie dla użytkowników posiadających własną licencję programu Molcas.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."


Instalacja własnej licencji

Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog .Molcas (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji license.dat.

> cd
> mkdir .Molcas
> cp license.dat .Molcas/
Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molcas (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-molcas
Usage: /usr/local/bin/sub-molcas input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład

> sub-molcas test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga
  • Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  • Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?


Dokumentacja

Molcas w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM