Biovia

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Biovia

Biovia
Biovia-logo.png
Serwery
Bem
Klaster kampusowy
Do samodzielnej instalacji
Pakiety
Materials Studio
Discovery Studio
Kontakt
kdm@wcss.pl

Biovia (do 1 czerwca 2001 MSI, Molecular Simulations Inc., następnie do 2014 r. Accelrys Inc.) - firma będąca jednym z największych dostawców oprogramowania naukowego z dziedziny modelowania molekularnego. Udostępnia oprogramowanie na platformy UNIX oraz PC/Windows.

Niektóre z dostępnych pakietów: Materials Studio (np. CASTEP), Discovery Studio (np. Charmm).

Spadkowe produkty, które nie są już rozwijane: Insight II, Cerius2, Catalyst po wycofaniu z użytku komputera Tezro nie są już dostępne w WCSS. Quanta została wycofana ze sprzedaży.

Licencja krajowa

Obecnie (październik 2017 r.) nie funkcjonuje licencja krajowa. Zainteresowani mogą kupić licencję od producenta lub czekać na zakup licencji WCSS.

Zasady korzystania

Krajową licencję na produkty firmy Biovia (d. Accelrys) udostępnia ICM. Informacje o licencji na rok akademicki 2015/2016 są dostępne na stronie:

WCSS płaci za wykorzystanie licencji, dlatego prosimy o oszczędne korzystanie z niej. Jeżeli zespół zamierza intensywnie wykorzystywać produkty Biovia, to prosimy o ewentualne uwzględnienie kosztu odpowiedniej części tej licencji w planowanym projekcie.

Z akademickiej licencji krajowej mogą korzystać w WCSS zespoły badawcze (kierownik może włączyć do zespołu np. zaawansowanego studenta) wyłącznie w celach naukowych.

Zajęcia dydaktyczne

Licencja krajowa umożliwia także korzystanie z oprogramowania do zajęć dydaktycznych - pozwala na uruchomienie 15 kopii tego samego modułu. Prowadzący zajęcia powinni skontaktować się z ICM i ustalić harmonogram zajęć.

Obowiązkowa ankieta

Osoby, które korzystają z oprogramowania Biovia zobowiązane są do wypełnienia ankiety, dostępnej on-line na stronach ICM: Ankieta uczestnika licencji krajowej oprogramowania Accelrys. (Ankieta jest aktualizowana)

Serwer licencji

Jeśli użytkownik instaluje oprogramowanie na własnym komputerze należy ustawić połączenie ze zdalnym serwerem licencji:

  • serwer: licenses2.icm.edu.pl
  • port: 1715

Pierwsze uruchomienie programu MS lub DS wywoła administratora licencji i pozwoli na konfigurację serwera licencji.

Stopień wykorzystania licencji krajowej można sprawdzić logując się na klaster Supernova i wykonując polecenia:

export LM_LICENSE_FILE=1715@licenses2.icm.edu.pl
module load lmutil/11.10.1
lmutil lmstat -a | less

Informacja o wykorzystaniu

Uprzejmie przypominamy o konieczności zamieszczania w artykułach informacji o wykorzystaniu krajowej licencji Biovia (d. Accelrys). Oryginalne sformułowanie umowy brzmi:

"To acknowledge use of the country-wide license in every scientific paper where the software in the Country wide license is used".

Uprzejmie przypominamy, że do końca stycznia każdego roku kierownicy grantów powinni dostarczyć do WCSS sprawozdania, w tym kopie artykułów, w których wykorzystano oprogramowanie Biovia lub wyjaśnienie dlaczego, mimo wykorzystania licencji, takie publikacje nie powstały.

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Korzystanie w WCSS

WCSS udostępnia zarejestrowanym użytkownikom pakiety firmy Biovia na klastrze Bem (Materials Studio), klastrze kampusowym (Materials Studio, Discovery Studio) oraz do samodzielnej instalacji na własnym komputerze. Użytkownicy zainteresowani korzystaniem z pakietów lub pobraniem plików instalacyjnych proszeni są o kontakt z administratorami.

Aby praca z pakietami była możliwa (zarówno zdalna jak i lokalna) muszą być spełnione następujące warunki:

  1. Połączenie między komputerem użytkownika a serwerem VPN w WCSS jest nawiązane (zobacz instrukcję jak korzystać z VPN);
  2. Połączenie sieciowe między serwerem VPN w WCSS a serwerem licencji w ICM (Warszawa) jest aktywne;
  3. Dostępna jest dostateczna liczba licencji do uruchomienia pakietu/modułu.

Więcej na stronach pakietów:

Dokumentacja

Zobacz też: Oprogramowanie KDM