R

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R

R
noframe
Serwer Wersja
Bem 3.2.3
3.1.3
Kontakt
kdm@wcss.pl


GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.

R w WCSS

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

 > sub-r
Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)

Na przykład

> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Zainstalowane pakiety

Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:

installed.packages()

po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

R w sieci