GAMESS

Z KdmWiki
Skocz do: nawigacji, wyszukiwania

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS

GAMESS
Gamess.png
Serwer Wersja
Bem 2016.08.18-R1
2014.12.05-R1
Kontakt
kdm@wcss.pl


GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.

Informacje ogólne

Niektóre z możliwości programu to:

  • wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
  • wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
  • wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
  • wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
  • szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.

Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.

Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
Typ SCF= RHF ROHF UHf GVB MCSCF
energia CDP CDP CDP CDP CDP
gradienty analityczne CDP CDP CDP CDP CDP
numeryczny Hessian CDP CDP CDP CDP CDP
analityczny Hessian CDP CDP - CDP -
energia CI CDP CDP - CDP CDP
gradient CI CD - - - -
energia MP2 CDP CDP CDP - CP
gradient MP2 CDP - CD - -
energia CC CD - - - -
energia DFT CDP CDP CDP - -
gradient DFT CDP CDP CDP - -
energia MOPAC tak tak tak tak -
gradient MOPAC tak tak tak - -

Legenda:

C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)

D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)

P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)

GAMESS w WCSS

Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Bem.

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

> sub-gamess
Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 2)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-b external basis set path

Na przykład

> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.

GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.

Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess/WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:

  • INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
  • INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
  • TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
  • REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
  • PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
  • IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny

GAMESS w sieci

Zobacz też