Supernova: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 14:16, 16 mar 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe

{{{nazwa}}}
[[Plik: Klaster Nova \|250px\|noframe\|center]]
Kontakt
nova @ kdm.wcss.wroc.pl

Nova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w struktury projektu EGEE i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).

Elementy klastra:

węzeł dostępowy (nova),
dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
328 węzłów obliczeniowych (wn001 - wn328),
sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
sieć zarządzania - gigabit ethernet.

Zasoby obliczeniowe klastra:

2016 rdzeni obliczeniowych,
~4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń)
~100 TB przestrzeni dyskowej (dyski lokalne + Lustre),
komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.

Zestawienie

klaster :
moc obliczeniowa :
węzły :
CPU :
liczba CPU :
cache :
pamięć :
dysk /home :
dysk /scratch :
system operacyjny :

nova.wcss.wroc.pl
19 TFLOPS
dostępowy
Intel Xeon 3GHz
2x dual-core
4MB
16GB
500GB
-
ScientificLinux

obliczeniowe (328)
Intel Xeon 2.33/2.4/2.5 GHz
1 lub 2x quad-core
4MB
2GB/core
-
160GB/node + Lustre
ScientificLinux

Oprogramowanie

Aplikacje

Abaqus, ACES2, Autodock, CAMFR, CPMD, FDS-SMV ,GAMESS, Gaussian, LAMMPS, Meep, MOLCAS, Molpro, Matlab, NWChem, R, TURBOMOLE aplikacje własne użytkowników.

Kompilatory

GNU GCC, Intel, PGI

Biblioteki

MVAPICH1,
MVAPICH2,
MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
GotoBLAS (/usr/local/lib/),
ATLAS 3.8.3 (/usr/local/atlas-3.8.3)
...

Narzedzia

MPIEXEC

System kolejkowania

PBS

RSA key fingerprint

d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9

Zalecenia

na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 25GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:

quota

opis systemu kwot:

man quota

zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;

oprogramowanie zrównoleglone w standardze MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH1;

zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband bądą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;

zadania MPI należy uruchamiac poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;

oprogramowanie zrównoleglone w innym standardze niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkownikow takich aplikacji;

zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre

Zobacz też

Maszyny obliczeniowe	Bem ⋅ Klaster kampusowy

@@ Linia 80: / Linia 80: @@
 ===Zalecenia===
-* na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 8GB, limit twardy 10GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
+* na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 25GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
-  repquota -a
+  quota
 opis systemu kwot:
   man quota