Supernova: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 23: | Linia 23: | ||
===Zestawienie=== | ===Zestawienie=== | ||
{|style="vertical-align: top;" | {|style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|klaster : ||'''nova.wcss.wroc.pl''' | + | |align="right"|klaster : ||'''nova.wcss.wroc.pl''' || || || |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|przestrzeń home :||NFS 10TB | + | |align="right"|przestrzeń home :||NFS 10TB || || || |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|przestrzeń scratch :||[[Lustre]] | + | |align="right"|przestrzeń scratch :||[[Lustre]] || || || |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|system operacyjny :||ScientificLinux | + | |align="right"|system operacyjny :||ScientificLinux || || || |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|moc obliczeniowa :||''' | + | |align="right"|moc obliczeniowa :||'''67,54 TFLOPS''' || || || |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|węzły :||'''dostępowy | + | |align="right"|węzły :||'''dostępowy'''|| '''obliczeniowe generacji II (136)'''||'''obliczeniowe generacji III (40)''' ||'''obliczeniowe generacji IV (404)''' |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
| − | |align="right"|CPU : ||Intel Xeon 5160 3GHz | + | |align="right"|CPU : ||Intel Xeon 5160 3GHz ||Intel Xeon E5345 2.33 GHz || Intel Xeon L5420 2.5 GHz ||Intel Xeon X5650 2.67 GHz |
|-style="vertical-align: top;" | |-style="vertical-align: top;" | ||
|align="right"|liczba CPU : | |align="right"|liczba CPU : | ||
|2x dual-core | |2x dual-core | ||
| − | |||
|2x quad-core | |2x quad-core | ||
|2x quad-core | |2x quad-core | ||
| Linia 46: | Linia 45: | ||
|align="right"|cache L2 : | |align="right"|cache L2 : | ||
|4MB | |4MB | ||
| − | |||
|8MB | |8MB | ||
|12MB | |12MB | ||
| Linia 53: | Linia 51: | ||
|align="right"|pamięć : | |align="right"|pamięć : | ||
|16GB | |16GB | ||
| − | |||
|16GB | |16GB | ||
|16GB | |16GB | ||
| Linia 59: | Linia 56: | ||
|- | |- | ||
|} | |} | ||
| − | |||
===Oprogramowanie=== | ===Oprogramowanie=== | ||
Wersja z 12:45, 28 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe
| ! | Klaster Nova jest w trakcie rozbudowy. Lista dostępnych aplikacji jest sukcesywnie uzupełniania. |
| Nova |
|---|
 |
| Kontakt |
| nova @ kdm.wcss.wroc.pl |
Nova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).
Elementy klastra:
- węzeł dostępowy (nova),
- dwa węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE),
- 732 węzły obliczeniowe (wn001 - wn732),
- sieć obliczeniowa - Infiniband DDR fat-tree full-cbb,
- sieć zarządzania - gigabit ethernet.
Zasoby obliczeniowe klastra:
- 6864 rdzeni obliczeniowych,
- >13 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń)
- ~100 TB przestrzeni dyskowej (NFS + Lustre),
- komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20Gbps, opóźnienia < 5 us.
Zestawienie
| klaster : | nova.wcss.wroc.pl | |||
| przestrzeń home : | NFS 10TB | |||
| przestrzeń scratch : | Lustre | |||
| system operacyjny : | ScientificLinux | |||
| moc obliczeniowa : | 67,54 TFLOPS | |||
| węzły : | dostępowy | obliczeniowe generacji II (136) | obliczeniowe generacji III (40) | obliczeniowe generacji IV (404) |
| CPU : | Intel Xeon 5160 3GHz | Intel Xeon E5345 2.33 GHz | Intel Xeon L5420 2.5 GHz | Intel Xeon X5650 2.67 GHz |
| liczba CPU : | 2x dual-core | 2x quad-core | 2x quad-core | 2x six-core |
| cache L2 : | 4MB | 8MB | 12MB | 12MB |
| pamięć : | 16GB | 16GB | 16GB | 24GB |
Oprogramowanie
- Aplikacje
ABINIT, ANSYS Fluent, Amber, APBS, Autodock, CAMFR, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, R, TURBOMOLE, aplikacje własne użytkowników.
- Kompilatory
- Biblioteki i narzędzia
- MVAPICH2,
- MPIEXEC
- MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
- GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
- ATLAS (/usr/local/atlas/)
- HDF
- Python + SciPy + NumPy
- ...
- System kolejkowania
RSA key fingerprint
d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9
Zalecenia
- na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 25GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
quota
opis systemu kwot:
man quota
- zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;
- oprogramowanie zrównoleglone w standardze MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH1;
- zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband bądą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;
- zadania MPI należy uruchamiac poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;
- oprogramowanie zrównoleglone w innym standardze niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkownikow takich aplikacji;
- zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre
Zobacz też
- Jak korzystać z kolejek?
- Maszyny obliczeniowe
- Przekierowanie wyświetlania
- Programy badawcze
- Galeria zdjęć (Nova)
- Galeria zdjęć z uruchomienia
| Maszyny obliczeniowe | Bem ⋅ Klaster kampusowy |
|---|