CASTEP

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie naukowe < Accelrys < Materials Studio

Zasoby Leo

CASTEP jest dostępny na Leo w ramach pakietu Materials Studio i licencji krajowej POLAND COUNTRYWIDE LICENSE.

Przykladowe uruchomienie zadania wsadowego w programie CASTEP. Skrypt zostal wygenerowany automatycznie przy użyciu klienta windows. Pliki z danymi zostały umieszczone w katalogu /scratch/$USER/zadanie1 .

#!/bin/sh -f

 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/license/data/lic_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/license/data/lic_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/ -s sh`
 fi
 if [ -f /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/bin/ms_setup.sh ]; then
   eval `/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/share/bin/ms_setup.sh \
         /usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/ -s sh`
 fi

JOB_SCRATCH=/scratch/$USER/zadanie1
PBS_TMPDIR="$TMPDIR"
TMPDIR="$JOB_SCRATCH/tmp"
export PBS_TMPDIR TMPDIR 
cd $JOB_SCRATCH
mkdir -p $TMPDIR
/usr/local/Accelrys/MaterialsStudio4.0/CASTEP/bin/castepexe.exe zadanie1 2> std_err.txt

Skrypt nalezy zapisac w pliku (np. skrypt.sh) i wstawić do kolejki poleceniem

qsub -V -N ''nazwa_zadania'' -q ''nazwa_kolejki'' skrypt.sh

Pliki wejsciowe, czyli zadanie1.cell oraz zadanie1.param nalezy umiescic w katalogu /scratch/$USER/zadanie1 Zadania z pakietu Accelrys nalezy wstawiac na Leo do kolejki accelrys

Literatura

• First principles methods using CASTEP