Supernova
(Przekierowano z Nova)
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
< Podręcznik użytkownika KDM < Maszyny obliczeniowe < Supernova
| ! | Przerwa serwisowa klastra: 13 sierpnia - 21 sierpnia 2015 |
| Supernova |
|---|
 |
| Kontakt |
| kdm@wcss.pl |
Supernova - klaster zainstalowany w WCSS, włączony w infrastruktury obliczeniowe EGI i PL-Grid. Architektura wszystkich komputerów to x86_64 (Intel Core micro Architecture, EM64T).
Elementy klastra:
- węzeł dostępowy (supernova.wcss.pl, sn.wcss.pl),
- węzeł do archiwizacji (archiwum.wcss.pl)
- 2 węzły serwisowe
- 4 węzły usługowe (darkmass/SE i dwarf/CE, endor/QCG, lalande/UNICORE),
- 423 węzły obliczeniowe,
- sieć obliczeniowa - Infiniband DDR (II i III), Infiniband QDR (pomiędzy węzłami IV i Lustre)
- sieć zarządzania - gigabit ethernet.
Zasoby obliczeniowe klastra:
- 5168 rdzeni obliczeniowych,
- >10,4 TB pamięci operacyjnej (2GB/rdzeń, 4GB/rdzeń)
- ~525 TB przestrzeni dyskowej (40 TB NFS + 485 TB Lustre),
- komunikacja pomiędzy węzłami klastra: przepływność 20 lub 40 Gbps (w zależności od klasy węzła), opóźnienia < 5 us.
Zestawienie
| klaster : | supernova.wcss.wroc.pl | ||||
| przestrzeń home : | NFS 10TB | ||||
| przestrzeń scratch : | Lustre | ||||
| system operacyjny : | ScientificLinux | ||||
| moc obliczeniowa : | 67,54 TFLOPS | ||||
| węzły : | obliczeniowe generacji II (2) | obliczeniowe generacji III (14) | obliczeniowe generacji IV (404) | GPU (3) | |
| CPU : | Intel Xeon E5345 2.33 GHz (Core-based "Clovertown", 65 nm) |
Intel Xeon L5420 2.5 GHz (Core-based "Harpertown", 45 nm) |
Intel Xeon X5650 2.67 GHz (Nehalem-based Westmere-EP, 32 nm) |
AMD Opteron 6274(6200 series, 32nm) | |
| liczba CPU : | 8(2x quad-core) | 8(2x quad-core) | 12(2x six-core) | 64(4x sixteen-core) | |
| cache L1/L2/L3 : | 128KB/8MB/- | 256KB/12MB/- | 64KB/1536KB/12MB | 48KB/1000KB/16MB | |
| pamięć : | 16GB | 16GB | 24GB | 256GB | |
| uwagi : | dyski lokalne + lustre | dyski lokalne + lustre | lustre | dyski lokalne + lustre + 2x Tesla M2075(448 rdzeni, 6GB pamięci) |
Oprogramowanie
- Aplikacje
Abaqus, ABINIT, Accelrys, Amber, ANSYS, ANSYS CFX, ANSYS Fluent, APBS, AutoDock, AutoDock Vina, Cfour, CPMD, CRYSTAL09, Dalton, FDS-SMV, GAMESS, Gaussian, Gromacs, Hmmer, LAMMPS, Materials Studio, Mathematica, Matlab, Meep, MOLCAS, Molden, Molpro, MOPAC, NAMD, NWChem, OpenFOAM, Orca, R, Siesta, TURBOMOLE, Xaim, aplikacje własne użytkowników.
- Kompilatory
- Biblioteki i narzędzia
- MVAPICH2,
- MPIEXEC,
- OpenMPI
- MKL (/opt/intel/mkl/WERSJA/lib/em64t/),
- GotoBLAS2 (/usr/local/GotoBLAS2/),
- ATLAS (/usr/local/atlas/)
- HDF
- Python + SciPy + NumPy
- CUDA
- ...
- System kolejkowania
RSA key fingerprint
d5:85:f7:5a:92:9b:72:7d:d3:74:67:ab:e4:46:28:e9
Zalecenia
- na dysku /home wprowadzone zostały kwoty dyskowe: limit miękki 20GB, limit twardy 40GB, limit czasowy 7 dni; sprawdzenie stanu:
quota
opis systemu kwot:
man quota
- zainstalowane zostały nowe kompilatory Intela oraz nowa biblioteka MKL; oprogramowanie korzystające ze starych bibliotek może nie uruchamiać się lub pracować nieoptymalnie - wymagana jest rekompilacja;
- oprogramowanie zrównoleglone w standardzie MPI musi zostać przekompilowane, aby mogło korzystać z sieci Infiniband; domyślna implementacja MPI to MVAPICH2;
- zadania MPI uruchamiane poprzez sieć Ethernet a nie Infiniband będą zabijane bez ostrzeżenia - sieć Ethernet jest dedykowana dla NFS;
- zadania MPI należy uruchamiać poprzez narzędzie MPIEXEC a nie mpirun;
- oprogramowanie zrównoleglone w innym standardzie niż MPI musi zostać przekonfigurowane - prosimy o kontakt użytkowników takich aplikacji;
- zalecenia dotyczące współdzielonego dysku scratch - Lustre.
Zobacz też
| Maszyny obliczeniowe | Bem ⋅ Klaster kampusowy |
|---|