NAMD: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
m (1 wersja) |
|||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | {{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}} | ||
| − | '''NAMD''' (''NAnoscale Molecular Dynamics'') | + | '''NAMD''' (''NAnoscale Molecular Dynamics'') |
| − | |||
| − | |||
| − | |||
== Korzystanie w WCSS == | == Korzystanie w WCSS == | ||
| − | NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła | + | NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze [[Nova]], w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu: |
/usr/local/namd2 | /usr/local/namd2 | ||
== Licencja == | == Licencja == | ||
| − | Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku license.txt (/usr/local/namd2/license.txt). | + | Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku <code>license.txt</code> (<code>/usr/local/namd2/license.txt</code>). |
| − | * W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy | + | * W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst: |
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in | NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in | ||
| Linia 29: | Linia 26: | ||
| − | + | == Dokumentacja == | |
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu] | * [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/ Strona domowa pakietu] | ||
* [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika] | * [http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.7b1/ug/ Podręcznik użytkownika] | ||
Wersja z 08:40, 8 paź 2010
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
NAMD (NAnoscale Molecular Dynamics)
Korzystanie w WCSS
NAMD w wersji 2.7b1 z 23 marca 2009 zainstalowany jest na klastrze Nova, w wersji równoległej, wykorzystującej do 8-miu CPU w obrębie jednego węzła. Zlokalizowany jest w katalogu:
/usr/local/namd2
Licencja
Aby móc korzystać z NAMD należy zapoznać się z licencją, która znajduje się w katalogu domowym NAMD w pliku license.txt (/usr/local/namd2/license.txt).
- W publikacjach powstałych z wykorzystaniem tego programu należy zamieścić tekst:
NAMD was developed by the Theoretical and Computational Biophysics Group in the Beckman Institute for Advanced Science and Technology at the University of Illinois at Urbana-Champaign.
- oraz podać w bibliografii:
James C. Phillips, Rosemary Braun, Wei Wang, James Gumbart, Emad Tajkhorshid, Elizabeth Villa, Christophe Chipot, Robert D. Skeel, Laxmikant Kale, and Klaus Schulten. Scalable molecular dynamics with NAMD. Journal of Computational Chemistry, 26:1781-1802, 2005.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|