CRYSTAL
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL
| Crystal | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | CRYSTAL09 2.0.1 CRYSTAL17 1.0.2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
CRYSTAL - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.
Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:
- widma wibracyjne,
- strukturę elektronową,
- właściwości magnetyczne,
- właściwości dielektryczne.
Uruchamianie na klastrze Bem
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
sub-crystal17-1.0.2 Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)
Na przykład
sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
- Zobacz też
- Strona domowa pakietu
- Tutorial CRYSTAL17
- Dokumentacja CRYSTAL17
- Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|