Cfour

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby Nova

CFOUR (Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry) - pakiet programów do wykonywania obliczeń kwantowo-chemicznych metodami ab initio. Jego głównym atutem jest dokładne obliczenie energii atomowej i molekularnej, jak również właściwości za pomocą wielociałowego rachunku zaburzeń (MBPT), a w szczególności w połączeniu z metodą Coupled Cluster (CC) korelacji elektronowej.

Licencja

WCSS posiada licencję na pakiet w wersji Mainz-Austin-Budapest 2005.1.

Użytkownicy korzystający z programu zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści:

"CFOUR, Coupled-Cluster techniques for Computational Chemistry, a quantum-chemical program package by J.F. Stanton, J. Gauss, M.E. Harding, P.G. Szalay with contributions from A.A. Auer, R.J. Bartlett, U. Benedikt, C. Berger, D.E. Bernholdt, Y.J. Bomble, L. Cheng, O. Christiansen, M. Heckert, O. Heun, C. Huber, T.-C. Jagau, D. Jonsson, J. Jusélius, K. Klein, W.J. Lauderdale, D.A. Matthews, T. Metzroth, D.P. O'Neill, D.R. Price, E. Prochnow, K. Ruud, F. Schiffmann, W. Schwalbach, S. Stopkowicz, A. Tajti, J. Vázquez, F. Wang, J.D. Watts and the integral packages MOLECULE (J. Almlöf and P.R. Taylor), PROPS (P.R. Taylor), ABACUS (T. Helgaker, H.J. Aa. Jensen, P. Jørgensen, and J. Olsen), and ECP routines by A. V. Mitin and C. van Wüllen. For the current version, see http://www.cfour.de."

Korzystanie w WCSS

Cfour jest zainstalowany na klastrze Nova, w katalogu:

/usr/local/cfour_v1

Aby skorzystać z programu można skorzystać z gotowego skryptu sub-cfour dostępnego w domyślnej lokalizacji /usr/local/bin lub napisać własny skrypt.

Uruchamianie - skrypt domyślny

W domyślnej lokalizacji /usr/local/bin udostępniony jest skrypt sub-cfour uruchamiający obliczenia w kolejce PBS.

Sposób użycia:

> sub-cfour plik_zmat [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

• Parametry w nawiasach [ ] są opcjonalne.
• Domyślne wartości:
  • kolejka = normal
  • liczba_cpu = 1
  • pamiec_per_cpu_w_MB = 1800

!	Jeśli w bieżącej lokalizacji nie ma pliku GENBAS lub ECPDATA, to skrypt korzysta z plików domyślnych z katalogu instalacji.

!	Skrypt uruchamia polecenie xcfour. Pakiet dostarcza szeregu innych narzędzi, aby z nich skorzystać można skopiować powyższy skrypt i wprowadzić potrzebne modyfikacje.

Uruchamianie - własny skrypt

• Należy stworzyć samodzielnie skrypt, np. o nazwie woda.sh, przykład:

source /usr/local/Modules/3.2.7/init/bash
module load cfour
CURDIR=`pwd`
mkdir $SCRDIR/katalog-zadania
cd $SCRDIR/katalog-zadania
cp $CURDIR/zmatH2O ZMAT
ln -s $GENBAS GENBAS
xaces2 >& ${CURDIR}/wynik.out
cd $SCRDIR
rm -rf $SCRDIR/katalog-zadania

!	Zmienna SCRDIR ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na katalog roboczy użytkownika na węzłach obliczeniowych (obecnie /lustre/scratch/nazwa_użytkownika.)

!	Zmienna GENBAS ustawiana jest przez załadowanie modułu poleceniem 'module load cfour' i wskazuje na lokalizację pliku GENBAS w katalogu instalacji programu (dla wersji v1 jest to /usr/local/cfour_v1/basis/GENBAS. Zmienna ECPDATA wskazuje na analogiczny plik w katalogu instalacji.

• Nadać skryptowi prawa wykonywania:

> chmod +x woda.sh

• Wstawić skrypt do kolejki PBS:

> qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:epoch=hp ./woda.sh

• Skrypt z podaniem rozmiaru pamięci RAM dla zadania:

> qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:mem=2gb:epoch=hp ./woda.sh

• Obliczenia równoległe:

> qsub -N aces_woda -q short48h -l select=1:ncpus=2:mpiprocs=2:mem=4gb:epoch=hp ./woda.sh

!	Wyjaśnienia i więcej opcji systemu kolejkowania znajdują się w artykule PBS.

Do wykonania obliczeń równoległych należy dodać do pliku ZMAT komendy ABCDTYPE=AOBASIS oraz CC_PROG=ECC lub CC_PROG=VCC.

Przykładowy plik ZMAT:

Energia SO metoda CCSD
S
O 1 R

R=1.5*

*CFOUR(CALC=CCSD
BASIS=AUG-PV5Z
REF=UHF,MULT=3
CC_CONV=6
LINEQ_CONV=6
SCF_CONV=6
ABCDTYPE=AOBASIS,CC_PROG=ECC
MEMORY=200000000)

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu

Zobacz też

• Oprogramowanie KDM