Amber: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 7: | Linia 7: | ||
Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools. | Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools. | ||
| − | W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch | + | W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęściej używane to: |
*sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF | *sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF | ||
| − | *pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w | + | *pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU |
| − | nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych | + | *nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych |
*LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł | *LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł | ||
*antechamber - | *antechamber - | ||
*ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników | *ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników | ||
| − | mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej | + | *mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej |
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | * [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | ||
Wersja z 15:01, 3 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
|
Amber Termin AMBER w kontekście modelowania molekularnego nawiązuje do dwóch rzeczy. Pierwsza, pola siłowe AMBER, z którch korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną. Druga to grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowana głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład AMBER wchodzą AMBER11 oraz AmberTools.Pakietu AmberTools można używać niezależnie. Odwrotna sytuacja nie jest możliwa, AMBER11 wymaga instalacji AmberTools.
W skład AMBER11 wchodzi około 50 programów, z którch najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu AMBER11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF
- pmemd - zmodyfikowana wersja programu "sander", zoptymalizowana pod względem zrównoleglenia, w AMBER od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń przez GPU
- nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, .xyz molekuł
- antechamber -
- ptraj - narzędzie do analizy wyników wyników
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|