Amber: Różnice pomiędzy wersjami
Przejdź do nawigacji
Przejdź do wyszukiwania
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=Amber|logo=|serwer=[[Nova]]|wersja11=Amber 11|wersja12=AmberTools 1.5}} |
| − | '''Amber''' | + | '''Amber''' - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowane głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber11 wymagana jest instalacja AmberTools. |
| − | + | === Licencja === | |
| − | + | * Pola siłowe Amber są w domenie publicznej. | |
| − | + | * AmberTools udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL. | |
| + | * Amber11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement". | ||
| − | W skład | + | === Funkcjonalności === |
| − | *sander - podstawowy program pakietu | + | W skład '''Amber11''' wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to: |
| − | *pmemd - zmodyfikowana, | + | * sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF. |
| − | *nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych | + | * pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu <code>sander</code>. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU. |
| − | *LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł | + | * nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych. |
| − | *antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek | + | * LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł. |
| − | *ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników | + | * antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek. |
| − | *mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej | + | * ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników . |
| + | * mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej. | ||
| + | Na '''AmberTools''' (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi: | ||
| + | * NAB | ||
| + | * antechamber i MCPB | ||
| + | * tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera | ||
| + | * sqm | ||
| + | * pbsa | ||
| + | * 3D-RISM | ||
| + | * ptraj i cpptraj | ||
| + | * MMPBSA.py i amberlite | ||
| + | |||
| + | === Dokumentacja === | ||
| + | * [http://ambermd.org/doc11/Amber11.pdf Amber 11 Users' Manual] | ||
| + | * [http://ambermd.org/doc11/AmberTools.pdf AmberTools 1.5 Users' Manual] | ||
* [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | * [http://ambermd.org/ Strona domowa pakietu] | ||
| + | |||
{{Oprogramowanie}} | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
Wersja z 11:08, 16 cze 2011
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
| Amber | |
|---|---|
| Serwery | |
| {{{serwery}}} | |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl |
Amber - grupa narzędzi do modelowania molekularnego, stosowane głównie w przypadku makromolekuł biologicznych. W skład pakietu wchodzą pola siłowe Amber (z których korzysta wiele aplikacji liczących dynamikę molekularną), program Amber11 oraz narzędzia AmberTools. Pakietu AmberTools można używać niezależnie, natomiast do użycia programu Amber11 wymagana jest instalacja AmberTools.
Licencja
- Pola siłowe Amber są w domenie publicznej.
- AmberTools udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.
- Amber11 sprzedawany jest na zasadach określonych w "Amber 11 License Agreement".
Funkcjonalności
W skład Amber11 wchodzi około 50 programów, z których najczęściej używane to:
- sander - podstawowy program pakietu Amber11, wersja szeregowa, do przeprowadzania dynamiki molekularnej, liczenia PMF.
- pmemd - zmodyfikowana, zrównoleglona wersja programu
sander. W Amber od wersji 11 zaimplementowano możliwość korzystania z akceleracji obliczeń na GPU. - nmode - program do minimalizacji funkcji energii potencjalnej układu, przeprowadzania analiz wibracyjnych, poszukiwania stanów przejściowych.
- LEaP - interfejs graficzny do tworzenia plików parametrów, topologii, plików z koordynatami (.xyz) molekuł.
- antechamber - automatyzuje przygotowanie parametrów dla małych cząsteczek.
- ptraj - narzędzie do numerycznej analizy wyników .
- mm_pbsa - narzędzie do przetwarzania trajektorii dynamiki molekularnej.
Na AmberTools (w. 1.5) składa się zestaw narzędzi:
- NAB
- antechamber i MCPB
- tleap i sleap - przygotowanie symulacji dla Ambera
- sqm
- pbsa
- 3D-RISM
- ptraj i cpptraj
- MMPBSA.py i amberlite
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|