Molden: Różnice pomiędzy wersjami
m (1 wersja) |
|||
| (Nie pokazano 12 wersji utworzonych przez 6 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molden </small> |
| − | [[ | + | |
| + | {{aplikacja|nazwa=Molden|logo=[[Plik:Molden.gif]]|serwer=[[Bem]]|wersja=5.2 }} | ||
| + | |||
'''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych. | '''Molden''' - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych. | ||
| + | |||
| + | ;Główne zastosowania: | ||
| + | * Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro. | ||
| + | * Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej. | ||
| + | * Animacja ścieżki reakcji. | ||
| + | * Zaawansowany edytor Z-Matrix. | ||
| + | |||
| + | ;Uruchomienie programu Molden: | ||
| + | |||
| + | * Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine [http://kdm.wcss.wroc.pl/wiki/Jak_korzysta%C4%87_z_NoMachine Instrukcja] | ||
| + | *Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy: | ||
| + | > molden | ||
| + | |||
| + | |||
| + | ;Praca interaktywna: | ||
| + | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | ||
| + | |||
| + | > '''qsub -I -X''' -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software Molden/5.2 | ||
| + | |||
| + | Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | ||
| + | > '''module load molden''' (dla wersji domyślnej) | ||
| + | > molden/5.2-gcc4.9.2 | ||
| + | |||
| + | Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego: | ||
| + | > molden | ||
| + | |||
| + | ;Informacje o wykorzystaniu | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
;Molden w sieci | ;Molden w sieci | ||
| − | *http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html | + | * http://www.cmbi.ru.nl/molden/molden.html |
'''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]] | '''Zobacz też''' : [[oprogramowanie KDM]] | ||
Aktualna wersja na dzień 15:06, 23 lut 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molden
| Molden | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 5.2 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Molden - program do pre- i postprocessingu struktur molekularnych.
- Główne zastosowania
- Czytanie outputu z programów chemicznych takich jak Gaussian, Gamess i Molpro.
- Tworzenie graficznego formatu orbitali molekularnych i gęstości molekularnej.
- Animacja ścieżki reakcji.
- Zaawansowany edytor Z-Matrix.
- Uruchomienie programu Molden
- Do uruchomiania programów graficzanych, zalecane jest łączenie się ze zdalnym pulpitem za pomocą programu NoMachine Instrukcja
- Aby uruchomić program, należy w terminalu użyć komendy:
> molden
- Praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -X -l walltime=06:00:00 -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB -l software Molden/5.2
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load molden (dla wersji domyślnej) > molden/5.2-gcc4.9.2
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
> molden
- Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
- Molden w sieci
Zobacz też : oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|