APBS: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 10 wersji utworzonych przez 3 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < APBS</small> |
| − | {{ | + | |
| − | + | ''' APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver)''' - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH. | |
| + | |||
| + | Obszary zastosowań: | ||
| + | * symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko, | ||
| + | * symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika, | ||
| + | * kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji, | ||
| + | * miareczkowanie białek. | ||
| + | |||
| + | == Licencja == | ||
| + | Oprogramowanie udostępniane jest na otwartej licencji. | ||
| + | |||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | Użytkownicy korzystający z pakietu powinni cytować go w swoich publikacjach zgodnie ze wskazówkami autorów na stronie [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/citing-your-use]. | ||
| + | |||
| + | {{Podziękowanie WCSS}} | ||
| + | |||
| + | == Korzystanie w WCSS == | ||
| + | |||
| + | === Środowisko i praca interaktywna === | ||
| + | Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek [[PBS]], np: | ||
| + | > qsub -I | ||
| + | |||
| + | Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie: | ||
| + | > module load apbs (dla wersji domyślnej - najnowszej) | ||
| + | |||
| + | Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.: | ||
| + | > apbs <plik_wejsciowy> | ||
| + | |||
| + | === Uruchamianie zadań w kolejce === | ||
| + | Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie: | ||
| + | |||
| + | > sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka] | ||
| + | |||
| + | Gdzie: | ||
| + | * <code>plik-wejsciowy</code> - plik z danymi programu | ||
| + | * <code>liczba-procesorow</code> - łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzenie | ||
| + | * <code>pamiec </code>- zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB. | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
* [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu] | * [http://www.poissonboltzmann.org/apbs/ Strona domowa pakietu] | ||
| − | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | + | |
| − | [[ | + | {{Oprogramowanie}} |
| + | [[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]] | ||
| + | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 13:11, 1 mar 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < APBS
APBS (Adaptive Poisson-Boltzmann Solver) - pakiet umożliwiający ocenę właściwości elektrostatycznych w układach biomolekularnych. Aplikacja służy m.in. do modelowania otoczki solwatacyjnej. Wykorzystuje model Poissona-Boltzmanna (PBE) opisujący oddziaływania niewiążące w środowisku o określonym pH.
Obszary zastosowań:
- symulacja procesów dyfuzji w celu pomiaru kinetyki np. białko - białko, ligand - białko,
- symulacja z uwzględnieniem dynamiki molekularnej rozpuszczalnika,
- kalkulacja energii wiązania i energii solwatacji,
- miareczkowanie białek.
Licencja
Oprogramowanie udostępniane jest na otwartej licencji.
Informacje o wykorzystaniu
Użytkownicy korzystający z pakietu powinni cytować go w swoich publikacjach zgodnie ze wskazówkami autorów na stronie [1].
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
Środowisko i praca interaktywna
Praca z pakietem w trybie interaktywnym jest możliwa po uruchomieniu zadania interaktywnego w jednej z kolejek PBS, np:
> qsub -I
Środowisko programu inicjalizowane jest w powłoce przez polecenie:
> module load apbs (dla wersji domyślnej - najnowszej)
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi), np.:
> apbs <plik_wejsciowy>
Uruchamianie zadań w kolejce
Zadania obliczeniowe należy wstawiać do jednej z kolejek systemu kolejkowego PBS, służy do tego polecenie:
> sub-apbs plik-wejsciowy [liczba-procesorow] [pamiec] [kolejka]
Gdzie:
plik-wejsciowy- plik z danymi programuliczba-procesorow- łączna liczba rdzeni na których mają być prowadzone obliczenia, parametr opcjonalny, wartość domyślna: 4 rdzeniepamiec- zapotrzebowanie na pamięć operacyjną per rdzeń, w MB, wartość domyślna: 1800 MB.
Dokumentacja
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|