R: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 27 wersji utworzonych przez 6 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
| − | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | + | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < R</small> |
| − | {{ | + | {{aplikacja|nazwa=R|logo=[[Plik:Rlogo.jpg|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=3.5.3|wersja2=3.2.3|wersja3='''3.1.3'''}} |
'''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników. | '''GNU R''' jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników. | ||
=== R w WCSS === | === R w WCSS === | ||
| − | + | ==== Uruchamianie zadań ==== | |
| − | + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | |
| − | |||
| − | |||
| − | + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu) | |
| − | |||
| − | + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | |
| − | + | > sub-r | |
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 1) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | -o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option) | ||
| − | + | Na przykład | |
| − | + | > sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | |
| − | + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | |
| + | |||
| + | '''Uwaga''' | ||
| + | |||
| + | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | ||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| + | |||
| + | ==== Sprawdzenie zainstalowanych pakietów ==== | ||
| + | Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem: | ||
| + | <pre> | ||
| + | installed.packages() | ||
| + | </pre> | ||
| + | po uruchomienu R w trybie interaktywnym. | ||
| + | Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania. | ||
| + | |||
| + | ==== Instalacja pakietów w lokalnym katalogu ==== | ||
| + | |||
| + | Należy uruchomić kolejkę interaktywną: | ||
| + | <pre>qsub -I -l walltime=2:00:00</pre> | ||
| + | |||
| + | Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program: | ||
| + | <pre>module load r/3.2.3-intel15.0 | ||
| + | R</pre> | ||
| + | |||
| + | Aby zainstalować pakiet ''lattice'' należy użyć polecenia '''install.packages''': | ||
| + | |||
| + | <pre> | ||
| + | > install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org") | ||
| + | Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")': | ||
| + | 'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna | ||
| + | Would you like to use a personal library instead? (y/n) | ||
| + | </pre> | ||
| + | Zatwierdzić wpisując '''y'''. | ||
| + | <pre>Would you like to create a personal library | ||
| + | ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2 | ||
| + | to install packages into? (y/n) y | ||
| + | </pre> | ||
| + | Ponownie zatwierdzić wpisując '''y'''. | ||
| + | Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji | ||
| + | <pre> | ||
| + | * installing *source* package ‘lattice’ ... | ||
| + | ** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone | ||
| + | (...) | ||
| + | ** testing if installed package can be loaded | ||
| + | * DONE (lattice) | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | Sprawdzenie ścieżek do pakietów | ||
| + | <pre>> .libPaths(); | ||
| + | [1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2" | ||
| + | [2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library" | ||
| + | </pre> | ||
| + | |||
| + | === Informacje o wykorzystaniu === | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
=== R w sieci === | === R w sieci === | ||
| Linia 27: | Linia 87: | ||
* [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R] | * [http://cran.r-project.org/doc/contrib/Komsta-Wprowadzenie.pdf Wprowadzenie do Środowiska R] | ||
* [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining] | * [http://www.biecek.pl/R/naPrzelajPrzezDM.pdf Na przełaj przez Data Mining] | ||
| − | * [https://www. | + | * [https://www.osc.edu/resources/getting_started/howto/howto_install_local_r_packages HOWTO: Install Local R Packages] |
| + | {{Oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 07:29, 30 kwi 2019
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < R
| R | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 3.5.3 3.2.3 3.1.3 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
GNU R jest językiem programowania i środowiskiem do obliczeń statystycznych i wizualizacji wyników.
R w WCSS
Uruchamianie zadań
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-r(uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-r Usage: /usr/local/bin/sub-r input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -o additional_R_parameters (if used - MUST BE the last option)
Na przykład
> sub-r test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Sprawdzenie zainstalowanych pakietów
Listę dostępnych rozszerzeń można sprawdzić poleceniem:
installed.packages()
po uruchomienu R w trybie interaktywnym. Przed użyciem danego pakietu proszę zapoznać się z wymogami licencyjnymi i/lub obowiązkiem cytowania.
Instalacja pakietów w lokalnym katalogu
Należy uruchomić kolejkę interaktywną:
qsub -I -l walltime=2:00:00
Załadować wybrany moduł oraz uruchomić program:
module load r/3.2.3-intel15.0 R
Aby zainstalować pakiet lattice należy użyć polecenia install.packages:
> install.packages("lattice", repos="http://cran.r-project.org")
Ostrzeżenie w poleceniu 'install.packages("lattice", repos = "http://cran.r-project.org")':
'lib = "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"' nie jest zapisywalna
Would you like to use a personal library instead? (y/n)
Zatwierdzić wpisując y.
Would you like to create a personal library ~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2 to install packages into? (y/n) y
Ponownie zatwierdzić wpisując y. Zostanie wyświetlone potwierdzenie instalacji
* installing *source* package ‘lattice’ ... ** pakiet ‘lattice’ został pomyślnie rozpakowany oraz sumy MD5 zostały sprawdzone (...) ** testing if installed package can be loaded * DONE (lattice)
Sprawdzenie ścieżek do pakietów
> .libPaths(); [1] "/home/[user_name]/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.2" [2] "/usr/local/r/intel-15.0/3.2.3/lib64/R/library"
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
R w sieci
- Strona główna projektu R
- Wprowadzenie do Środowiska R
- Na przełaj przez Data Mining
- HOWTO: Install Local R Packages
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|