Virtualenv: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 8 wersji utworzonych przez 3 użytkowników) | |||
| Linia 5: | Linia 5: | ||
== Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne == | == Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne == | ||
| − | Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona | + | Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona w wymaganej wersji: |
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb | qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb | ||
| − | module load | + | module load Python/MOJA-WYMAGANA-WERSJA |
| − | Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt) | + | Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt): |
virtualenv $HOME/projekt | virtualenv $HOME/projekt | ||
| − | Uruchom utworzone środowisko wirtualne | + | Uruchom utworzone środowisko wirtualne: |
source $HOME/projekt/bin/activate | source $HOME/projekt/bin/activate | ||
| Linia 58: | Linia 58: | ||
W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell. | W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell. | ||
| − | Aby użyć | + | Aby użyć zainstalowane oprogramowanie cif2cell należy wykonać polecenie |
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell | $HOME/cif2cell/bin/cif2cell | ||
| + | == Jak użyć oprogramowanie zainstalowane w środowisku wirtualnym - zadanie wsadowe == | ||
| + | |||
| + | Oprogramowanie, które zostało zainstalowane w środowisku wirtualnym można uruchomić w zadaniu wsadowym. | ||
| + | |||
| + | W tym celu należy umieścić w skrypcie następujące polecenie | ||
| + | |||
| + | $HOME/cif2cell/bin/cif2cell | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | == Virtualenv w sieci == | ||
| + | * [https://virtualenv.pypa.io/en/stable/ Dokumentacja] | ||
| + | |||
| + | |||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]], [[Python]] | ||
| + | {{oprogramowanie}} | ||
[[Kategoria:Oprogramowanie]] | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | ||
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 14:05, 17 mar 2020
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Virtualenv
Virtualenv jest narzędziem umożliwiającym tworzenie i zarządzanie środowiskami Pythona. Można je stosować do instalacji pakietów Pythona we własnym katalogu domowym.
Jak utworzyć i uruchomić środowisko wirtualne
Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona w wymaganej wersji:
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb module load Python/MOJA-WYMAGANA-WERSJA
Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/projekt):
virtualenv $HOME/projekt
Uruchom utworzone środowisko wirtualne:
source $HOME/projekt/bin/activate
Jak wyłączyć środowisko wirtualne
Użyj polecenia
deactivate
Przykład instalacji pakietu w środowisku wirtualnym
Poniżej zaprezentowano procedurę instalacji pakietu cif2cell w środowisku wirtualnym Pythona.
Uruchom zadanie interaktywne i załaduj moduł Pythona
qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=python -l select=1:ncpus=1:mem=1000mb module load python
Utwórz środowisko wirtualne w wybranym katalogu (w tym przykładzie będzie to katalog $HOME/cif2cell)
virtualenv $HOME/cif2cell
Uruchom utworzone środowisko wirtualne
source $HOME/cif2cell/bin/activate
Zainstaluj odpowiedni pakiet (w tym przypadku do instalacji cif2cell wymagany jest pakiet PyCIFRW)
pip install PyCIFRW
Zainstaluj oprogramowanie cif2cell w katalogu $HOME/cif2cell.
W tym celu rozpakuj pobrane pliki oprogramowania cif2cell i przejdź do katalogu ze źródłami tego pakietu
tar -xf cif2cell-1.2.10.tar.gz cd cif2cell-1.2.10
oraz uruchom polecenie
python setup.py install --prefix=$HOME/cif2cell
W katalogu $HOME/cif2cell/bin utworzony zostanie plik wykonywalny cif2cell.
Aby użyć zainstalowane oprogramowanie cif2cell należy wykonać polecenie
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell
Jak użyć oprogramowanie zainstalowane w środowisku wirtualnym - zadanie wsadowe
Oprogramowanie, które zostało zainstalowane w środowisku wirtualnym można uruchomić w zadaniu wsadowym.
W tym celu należy umieścić w skrypcie następujące polecenie
$HOME/cif2cell/bin/cif2cell
Virtualenv w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM, Python
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|