DIRAC: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
(Dodanie nowe wersji Dirac 19.0)
 
(Nie pokazano 4 wersji utworzonych przez jednego użytkownika)
Linia 1: Linia 1:
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC</small>
 
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < DIRAC</small>
−
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=17|wersja2='''16'''}}
+
{{aplikacja|nazwa=DIRAC|logo=[[Plik:dirac.png|text]]DIRAC|serwer=[[Bem]]|wersja=19.0|wersja2='''18.0'''|wersja3=17.0|wersja4=16.0}}
  
 
'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
 
'''DIRAC''' - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.
Linia 7: Linia 7:
  
 
Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM&nbsp;DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
 
Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM&nbsp;DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.
 +
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
 
== Licencja ==
 
== Licencja ==
−
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej. Aby pobrać źródła i otrzymać licencję wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].
+
Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.
 +
 
 +
Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie [http://www.diracprogram.org/doku.php diracprogram.org].
  
 
Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
 
Licencja przyznana dla [[WCSS]]:
 
* No. of users: more than 20
 
* No. of users: more than 20
 
* Licence type: Site
 
* Licence type: Site
−
* Program use: Academic
+
* '''Program use''': Academic
 +
 
 +
Dla wersji '''18.0''', '''19.0''' nie jest to wymagane.
  
 
== Korzystanie w WCSS ==
 
== Korzystanie w WCSS ==
Linia 20: Linia 27:
 
* 16.0 (wersja równoległa)
 
* 16.0 (wersja równoległa)
 
* 17.0 (wersja szeregowa)
 
* 17.0 (wersja szeregowa)
 +
* 18.0 (wersja równoległa)
 +
* 19.0 (wersja szeregowa)
  
 
=== Środowisko  ===
 
=== Środowisko  ===
−
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
+
Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie:
−
  > '''module load dirac/16.0-gcc4.9.2-parallel''' (dla wersji domyślnej, równloegłej)
+
  > module load dirac<font color="green">/wybrana_wersja</font>
−
> module load dirac/17.0-gcc4.9.2 (dla wersji najnowszej, szeregowej)
 
−
 
 
−
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego:
 
−
> pam-dirac
 
  
 
=== Jak korzystać ===
 
=== Jak korzystać ===
−
Należy wpisać w trybie interaktywnym polecenie:
+
Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym:
−
> pam-dirac --help
+
  > pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
−
 
 
−
Przykładowe polecenie:
 
−
  > pam-dirac --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz
 
 
gdzie:
 
gdzie:
 
  --inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
 
  --inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
Linia 40: Linia 42:
 
  --noarch            do not create a tgz archive [default: create it]
 
  --noarch            do not create a tgz archive [default: create it]
  
 +
Lista dostępnych opcji:
 +
> pam-dirac --help
  
−
'''Link''' do [[#Tutorial_dla_pocz.C4.85tkuj.C4.85cych|tutorialu]] znajdziesz w sekcji [[#Dokumentacja|dokumentacja]].
+
=== Przykładowy skrypt PBS ===
  
−
'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].
+
<pre>
 +
#!/bin/bash
 +
#PBS -q main
 +
#PBS -l walltime=1:00:00
 +
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
 +
#PBS -l software=DIRAC_18
 +
#PBS -m be
 +
#PBS -N HF_HI
  
−
== Wyniki testów ==
+
module load dirac/18.0-gcc7.4.0
 +
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
 +
cd $PBS_O_WORKDIR
 +
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt
 +
</pre>
 +
Po wykonaniu polecenia ''qsub ./skrypt.sh'' wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:
 +
* HF_HI_sorep.out
 +
* HF_HI_sorep.tgz
 +
* HF_HI...achilles.txt
  
−
DIRAC 16 został przetestowany narzędziem dostarczonym wraz ze źródłami. Końcowy wynik testów:
+
'''Zobacz też:''' [[jak korzystać z kolejek PBS]].
−
 
 
−
100% tests passed, 0 tests failed out of 105
 
−
 
 
−
Wyniki testów są dostępne na klastrze [[Bem]]:
 
−
> less /usr/local/dirac/16.0/gcc4.9.2-parallel/test-dirac.log
 
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
−
<font color="gray">Linki zewnętrzne:</font>
 
−
 
−
=== Tutorial dla początkujących ===
 
−
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-16/#tutorials-and-walkthrus Tutorial DIRAC]
 
−
 
−
=== Forum użytkowników PAM DIRAC ===
 
−
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Google Groups]
 
−
 
−
=== Więcej informacji ===
 
 
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]
 
* [http://www.diracprogram.org/ Strona domowa projektu]
−
 
+
* [https://groups.google.com/forum/#!forum/dirac-users Forum użytkowników PAM DIRAC]
 +
* [http://www.diracprogram.org/doc/release-19/#tutorials-and-walkthrus Tutorial dla początkujących]
  
 
{{oprogramowanie}}
 
{{oprogramowanie}}

Aktualna wersja na dzień 12:04, 27 paź 2020

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < DIRAC

DIRAC
textDIRAC
Serwer Wersja
Bem 19.0
18.0
17.0
16.0
Kontakt
kdm@wcss.pl


DIRAC - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych.

Pełna nazwa to „Program for Atomic and Molecular Direct Iterative Relativistic All-electron Calculations”, w skrócie PAM DIRAC.

Oprogramowanie pozwala obliczać różne właściwości molekularne za pomocą teorii Hartree-Focka , MP2 , teorii funkcjonału gęstości , interakcji konfiguracji i sprzężonych teorii struktury elektronowej klastra. PAM DIRAC wykorzystuje równanie Diraca jako punkt wyjścia.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Licencja

Program jest dostępny w formie kodu źródłowego dla społeczności akademickiej.

Aby pobrać źródła i otrzymać licencję dla wersji 17.0/16.0 wymagana była rejestracja na stronie diracprogram.org.

Licencja przyznana dla WCSS:

  • No. of users: more than 20
  • Licence type: Site
  • Program use: Academic

Dla wersji 18.0, 19.0 nie jest to wymagane.

Korzystanie w WCSS

DIRAC dostępny jest na klastrze Bem w katalogu /usr/local/dirac/ w wersjach:

  • 16.0 (wersja równoległa)
  • 17.0 (wersja szeregowa)
  • 18.0 (wersja równoległa)
  • 19.0 (wersja szeregowa)

Środowisko

Środowisko programu należy uruchomić wykonując polecenie: 

> module load dirac/wybrana_wersja

Jak korzystać

Przykładowe polecenie w zadaniu interaktywnym: 

> pam --noarch --inp=file.dirac.inp --mol=file.xyz

gdzie: 

--inp=INP_FILE      Dirac input file containing the job directives [*.inp]
--mol=MOL_FILE      file containing the basis set and geometry
--noarch            do not create a tgz archive [default: create it]

Lista dostępnych opcji: 

> pam-dirac --help

Przykładowy skrypt PBS

#!/bin/bash
#PBS -q main
#PBS -l walltime=1:00:00
#PBS -l select=4:ncpus=2:mem=2048MB
#PBS -l software=DIRAC_18
#PBS -m be
#PBS -N HF_HI

module load dirac/18.0-gcc7.4.0
export DIRAC_TMPDIR=$TMPDIR
cd $PBS_O_WORKDIR
mpirun -np 4 pam --inp=HF.inp --mol=HI_sorep.mol >& $PBS_JOBNAME.$PBS_JOBID.txt

Po wykonaniu polecenia qsub ./skrypt.sh wyniki będą w katalogu, z którego zostało wysłane zadanie, w tym konkretnym przypadku pod nazwami:

  • HF_HI_sorep.out
  • HF_HI_sorep.tgz
  • HF_HI...achilles.txt

Zobacz też: jak korzystać z kolejek PBS.

Dokumentacja

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Na górę strony

Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=DIRAC&oldid=6143”