CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:04, 10 gru 2021

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CRYSTAL

Crystal

Serwer	Wersja
Bem	CRYSTAL09 2.0.1 CRYSTAL17 1.0.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

CRYSTAL - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92, CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze Bem.

Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).

CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:

widma wibracyjne,
strukturę elektronową,
właściwości magnetyczne,
właściwości dielektryczne.

Uruchamianie na klastrze Bem

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:

sub-crystal17-1.0.2

Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)
-s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)

Na przykład

sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Zobacz też

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
-== CRYSTAL09 ==
+<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CRYSTAL</small>
+{{aplikacja|nazwa=Crystal|logo=[[Plik:crystal09.png|noframe|center]] |serwer=[[Bem]]|wersja=CRYSTAL09 2.0.1|wersja2=CRYSTAL17 1.0.2}}
+'''CRYSTAL''' - program do przewidywania właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało się siedem wersji: CRYSTAL92,  CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06, CRYSTAL09 oraz CRYSTAL17. Najnowsza wersja programu zainstalowana jest w WCSS na klastrze [[Bem]].
-CRYSTAL jest pierwszym dystrubuowanym publicznie programem do przewidywania
+Aplikacja pozwala na wyznaczenie struktury elektronowej układów periodycznych takimi metodami jak: metoda Hartree-Fock`a, metody wychodzące poza przybliżenie cząstek niezależnych (projekt CRYSCOR- MP2) oraz metodami bazującymi na teorii funkcjonału gęstości (DFT).
-właściwości kryształów. Od wypuszczenia na rynek w 1988 roku ukazało
-się sześć wersji : CRYSTAL92,  CRYSTAL95, CRYSTAL98, CRYSTAL03, CRYSTAL06 oraz
-CRYSTAL09 zainstalowany w WCSS na klastrze SUPERNOVA.
-Aplikacja liczy elektronową strukturę układów periodycznych
+CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchni oraz kryształów. Liczy m.in.:
-metodami: Hartree-Fock`a, DFT oraz metodami hybrydowymi.
+* widma wibracyjne,
+* strukturę elektronową,
+* właściwości magnetyczne,
+* właściwości dielektryczne.
-CRYSTAL przewiduje właściwości cząsteczek, polimerów, powierzchnii oraz
+'''Uruchamianie na klastrze [[Bem]]'''
-kryształów. Liczy m.in.:
-* widma wibracyjne
-* strukturę elektronową
-* właściwości magnetyczne
-* właściwości dielektryczne
-* sprężystość
-'''Uruchamianie na klastrze SUPERNOVA'''
+Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
-Zaleca się korzystanie z wersji zrównoleglonej CRYSTAL09, PCRYSTAL09.
+Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie sub-crystal17-1.0.2
-  sub-PCRYSTAL09 plik_danych liczba_rdzeni pamiec_w_MB_na_rdzen [kolejka]
+Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
+ sub-crystal17-1.0.2
+ Usage: /usr/local/bin/sub-crystal17-1.0.2 input_file [parameters]
+ Parameters:
+ -q queue (default - main)
+ -n nodes (default - 1)
+ -p cores (per node, default - 1)
+ -m memory (per node, in MB, default - 2000)
+ -w walltime (in hours, default - 504)
+ -s scrdir (scratch dir location, ONLY FOR ADVANCED USERS)
+Na przykład
+ sub-crystal17-1.0.2 test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
+Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
+'''Informacje o wykorzystaniu'''
+{{Podziękowanie_WCSS}}
+; Zobacz też:
+* [http://www.crystalsolutions.eu/ Strona domowa pakietu]
+* [http://tutorials.crystalsolutions.eu/ Tutorial CRYSTAL17]
+* [https://www.crystal.unito.it/Manuals/crystal17.pdf Dokumentacja CRYSTAL17]
+* [https://wires.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/wcms.1360 Dovesi i in., „Quantum-Mechanical Condensed Matter Simulations with CRYSTAL”.]
+{{Oprogramowanie}}
+[[Kategoria:Oprogramowanie]]

CRYSTAL: Różnice pomiędzy wersjami

Aktualna wersja na dzień 12:04, 10 gru 2021

Menu nawigacyjne

Szukaj