AutoDock Vina: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 2 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small> | ||
| − | + | ||
'''AutoDock Vina''' - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | '''AutoDock Vina''' - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (''scoring function'') oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x). | ||
| Linia 43: | Linia 43: | ||
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461" | W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461" | ||
| − | + | === Informacje o wykorzystaniu === | |
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
=== Linki zewnętrzne === | === Linki zewnętrzne === | ||
* [http://vina.scripps.edu Strona domowa programu Autodock Vina] | * [http://vina.scripps.edu Strona domowa programu Autodock Vina] | ||
| Linia 49: | Linia 50: | ||
{{oprogramowanie}} | {{oprogramowanie}} | ||
| − | [[Kategoria:Oprogramowanie]] | + | [[Kategoria:Oprogramowanie obecnie niewspierane]] |
[[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | [[Kategoria:Podręcznik użytkownika]] | ||
Aktualna wersja na dzień 13:15, 1 mar 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe
AutoDock Vina - program wykorzystywany do dokowania molekularnego oraz screeningu układów białko-ligand. Implementacja nowych algorytmów optymalizacji, funkcji dopasowania (scoring function) oraz wprowadzenie możliwości zrównoleglenia obliczeń zaowocowało wynikami lepszej jakości uzyskanymi w do 2 rzędów krótszym czasie względem poprzedniej generacji oprogramowania (AutoDock4.x).
Przepływ danych
Na każdym etapie można zastosować alternatywne oprogramowanie.
- Przygotowanie pliku wsadowego w MGLTools (*.PDBQT).
- przygotowanie struktury białka (dodanie wodorów, określenie rozmiaru przestrzeni dopasowania)
- przygotowanie ligandu (określenie wiązań rotacyjnych)
- Przeprowadzenie obliczeń w AutoDock Vina w WCSS.
- AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem
sub-autodock_vina
- AutoDock Vina uruchamiany jest skryptem
- Interpretacja wyników w PyMOL, ADT lub innej aplikacji do tego przeznaczonej.
Korzystanie w WCSS
Uruchamiamy skryptem "sub-autodock_vina" - ograniczenie na jeden węzeł (12 CPU). Skrypt domyślnie rezerwuje 1800mb per jeden rdzeń.
sub-autodock_vina Sposob uzycia: [plik_konfiguracyjny] [liczba_rdzeni] [kolejka]
Przyklad pliku konfiguracyjnego
receptor = bialko.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą receptora (może byc ścieżka) ligand = ligand.pdbqt # nazwa pliku z przygotowaną strukturą liganda (może byc ścieżka) center_x = 11 # współrzędna x-owa środka przestrzeni dopasowania center_y = 90.5 # współrzędna y-owa środka przestrzeni dopasowania center_z = 57.5 # współrzędna z-owa środka przestrzeni dopasowania size_x = 22 # składowa x-owa długości przestrzeni dopasowania w Å size_y = 24 # składowa y-owa długości przestrzeni dopasowania w Å size_z = 28 # składowa z-owa długości przestrzeni dopasowania w Å exhaustiveness = 16 # ilość iteracji
Licencja
Program udostępniony jest na licencji Apache, z kilkoma zastrzeżeniami co do użytku komercyjnego, niekomercyjnego i prac wywiedzionych (tekst licencji)
W publikacjach, w których do liczenia korzystano z AutoDock Vina, należy cytować artykuł: "O. Trott, A. J. Olson, AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization and multithreading, Journal of Computational Chemistry 31 (2010) 455-461"
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Linki zewnętrzne
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|