MOLCAS: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
 
(Nie pokazano 13 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < Molcas</small>
−
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:molcas.jpg|120px]]|serwer2=[[Leo]] |wersja21=6.4|wersja22=7.0|serwer=[[Supernova]]|wersja=7.6}}
+
{{uwaga|Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję.}}
 +
{{aplikacja|nazwa=Molcas|logo=[[Plik:Molcas.jpg|120px]]|serwer=[[Bem]]|wersja=8.0 i '''7.9'''}}
 
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
 
'''Molcas''' - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.
  
−
== Licencja ==
+
== Korzystanie w WCSS ==
−
WCSS posiada licencję na pakiet w wersji 6 i 7.  
+
Na klastrze [[Bem]] dostępna jest wersja '''7.9''' i '''8.0'''. Wersja starsza jest wersją deweloperską. Obie wersje są dostępne wyłącznie dla użytkowników posiadających własną licencję programu Molcas.
 +
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
 +
 
 +
 
 +
; Instalacja własnej licencji
 +
Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog <code>.Molcas</code> (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji <code>license.dat</code>.
 +
> cd
 +
> mkdir .Molcas
 +
  > cp license.dat .Molcas/
 +
 
 +
; Uruchamianie zadań
 +
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
  
−
== Korzystanie w WCSS ==
+
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molcas (uruchamia domyślną wersję programu)
−
Na klastrze [[Supernova]] dostępna jest wersja '''7.6''' (sekwencyjna i równoległa) oraz, na serwerze [[Leo]] wersja '''6.4''' oraz '''7.0''' (równoległe).
+
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
 +
 
 +
> sub-molcas
 +
Usage: /usr/local/bin/sub-molcas input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504)
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-molcas test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
  
−
;Uruchamianie na Leo
+
;Uwaga:
−
Wstawianie zadań do kolejki odbywa się przez wywołanie skryptu '''sub-molcas''' (dla wersji 6: '''sub-molcas64'''):
 
  
−
$ sub-molcas plik_danych.inp [kolejka] [liczba procesorów]
+
* Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  
−
Jeśli zachodzi potrzeba zwiększenia przydzielonej pamięci (domyślnie 256MB), to wcześniej należy ustawić zmienną '''MOLCASMEM''' na wymaganą liczbę megabajtów, np. dla powłoki bash:
+
* Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.
  
−
$ export MOLCASMEM=2000
+
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
−
$ sub-molcas dane1.inp
 
  
−
;Uruchamianie na Supernova
+
<!--
−
Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas76'''.
+
* Zadanie wstawiamy skryptem '''sub-molcas''', aby poznać składnię wywołaj skrypt bez argumentów:
  
−
  $ sub-molcas76 plik.inp liczba_wezlow liczba_rdzeni_per_wezel pamiec_w_MB_per_wezel kolejka
+
  sub-molcas
−
     plik.inp - plik z danymi wejściowymi, wyniki w plik.log
+
Sposob uzycia: sub-molcas-7.8 plik.inp liczba_procesorow pamiec_w_MB_per_procesor kolejka
 +
     plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
  
−
Uwagi.  
+
* dla zadań w kolejce '''bigmem''' należy używać skryptu '''sub-molcas-7.8-bigmem''':
  
−
Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 83% zadeklarowanej wartości w systemie PBS. Czyli jeśli podamy 1800mb per węzeł, MOLCASMEM przyjmie wartość 1500mb. Skrypt automatycznie sumuje ilość pamięci na węźle i modyfikuje MOLCASMEM.
+
sub-molcas-7.8-bigmem
 +
Sposob uzycia: /usr/local/bin/sub-molcas-7.8-bigmem plik.inp liczba_rdzeni pamiec_w_MB_per_cale_zadanie
 +
    plik.inp - plik z danymi wejsciowymi, wyniki w plik.log
 +
-->
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==
 
;Molcas w sieci
 
;Molcas w sieci
−
* http://www.teokem.lu.se/molcas/
+
* http://www.molcas.org/
−
 
 
  
 +
*[http://eu.wiley.com/WileyCDA/WileyTitle/productCd-0470633468,subjectCd-CHD0.html Multiconfigurational Quantum Chemistry]
 
    
 
    
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]
 
'''Zobacz też:''' [[Oprogramowanie KDM]]

Aktualna wersja na dzień 13:20, 14 paź 2016

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < Molcas

Licencja WCSS wygasła z dniem 2 grudnia 2013 r. Z programu mogą korzystać użytkownicy i zespoły posiadające własną licencję.

Molcas
Molcas.jpg
Serwer Wersja
Bem 8.0 i 7.9
Kontakt
kdm@wcss.pl

Molcas - oprogramowanie kwantowo-chemiczne.

Korzystanie w WCSS

Na klastrze Bem dostępna jest wersja 7.9 i 8.0. Wersja starsza jest wersją deweloperską. Obie wersje są dostępne wyłącznie dla użytkowników posiadających własną licencję programu Molcas.

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."


Instalacja własnej licencji

Jeśli użytkownik posiada własną licencję może skonfigurować środowisko na klastrze do korzystania z niej. Należy skopiować plik licencji na klaster, następnie założyć w swoim katalogu domowym na klastrze katalog .Molcas (z kropką na początku) i skopiować do niego plik licencji license.dat. 

> cd
> mkdir .Molcas
> cp license.dat .Molcas/
Uruchamianie zadań

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-molcas (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

> sub-molcas
Usage: /usr/local/bin/sub-molcas input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504)

Na przykład 

> sub-molcas test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.

Uwaga
  • Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
  • Zmienna MOLCASMEM przydzielana jest w ten sposób, że stanowi ok. 75% pamięci zadeklarowanej w kolejce. Przykładowo: jeśli wstawimy zadanie do kolejki na 1000MB per rdzeń, to zmienna MOLCASMEM zostanie ustawiona na 750MB. Przeszacowanie pamięci spowoduje, że zadanie będzie dłużej czekać w kolejce oraz MOLCAS będzie działał wolniej.

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?


Dokumentacja

Molcas w sieci

Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=MOLCAS&oldid=5659”