GAMESS: Różnice pomiędzy wersjami
m |
|||
| (Nie pokazano 8 wersji utworzonych przez 4 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < GAMESS</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=GAMESS|logo=[[Plik:Gamess.png]]|serwer=[[Bem]]|wersja=2017.04.20-R1|wersja2='''2014.12.05-R1'''}} |
| + | |||
'''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy. | '''GAMESS''' (ang. ''The General Atomic and Molecular Electronic Structure System'') jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy. | ||
| Linia 124: | Linia 125: | ||
== GAMESS w WCSS == | == GAMESS w WCSS == | ||
| − | |||
| − | + | Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze [[Bem]]. | |
| + | |||
| + | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| + | |||
| + | Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu) | ||
| + | |||
| + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | ||
| + | |||
| + | > sub-gamess | ||
| + | Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters] | ||
| + | Parameters: | ||
| + | -q queue (default - main) | ||
| + | -n nodes (default - 1) | ||
| + | -p cores (per node, default - 2) | ||
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | -b external basis set path | ||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| + | |||
| + | > sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | ||
| − | + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | |
| − | Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu | + | |
| + | Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania. | ||
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym. | ||
| + | |||
| + | '''Uwaga''' | ||
| + | |||
| + | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | ||
| + | |||
| + | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| + | |||
| + | == Informacje o wykorzystaniu == | ||
| + | {{Podziękowanie_WCSS}} | ||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
| − | Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess | + | Dokumentacja znajduje się w podkatalogach <code>/usr/local/gamess/WERSJA/doc/</code> na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS: |
* INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu | * INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu | ||
Aktualna wersja na dzień 10:48, 13 paź 2017
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < GAMESS
| GAMESS | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 2017.04.20-R1 2014.12.05-R1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
GAMESS (ang. The General Atomic and Molecular Electronic Structure System) jest wielofunkcyjnym pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii kwantowej. Program rozwijany jest na Uniwersytecie Stanowym Iowa przez profesora Marka Gordona oraz członków jego grupy.
Informacje ogólne
Niektóre z możliwości programu to:
- wyznaczanie funkcji falowych metodami SCF wielu typów (RHF, UHF, ROHF, GVB, MCSCF) oraz poprawki korelacyjne (CI, PT2, CC, DFT) dla niektórych z nich
- wyznaczanie gradientów analitycznych dla optymalizacji geometrii, poszukiwania stanów pzejściowych oraz dróg reakcji
- wyznaczanie hessianu energii w celu przewidywania częstości drgań i własności termochemicznych
- wyznaczanie wielu własności molekularnych, od momentów dipolowych po hiperpolaryzowalności
- szeroki wachlarz baz funkcyjnych obejmuje atomy aż do radonu, bazy można także wczytywać z zewnątrz.
Wraz z pakietem udostępnianych jest kilka programów graficznych pozwalających obejrzeć rezultaty obliczeń. Wiele obliczeń może być realizowanych z użyciem technik bezpośrednich jak również równolegle na odpowiedniej platformie sprzętowej. Poniższa tabela zawiera zestawienie możliwości GAMESS-a.
- Zestawienie możliwości pakietu GAMESS
| Typ SCF= | RHF | ROHF | UHf | GVB | MCSCF |
| energia | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| gradienty analityczne | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| numeryczny Hessian | CDP | CDP | CDP | CDP | CDP |
| analityczny Hessian | CDP | CDP | - | CDP | - |
| energia CI | CDP | CDP | - | CDP | CDP |
| gradient CI | CD | - | - | - | - |
| energia MP2 | CDP | CDP | CDP | - | CP |
| gradient MP2 | CDP | - | CD | - | - |
| energia CC | CD | - | - | - | - |
| energia DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| gradient DFT | CDP | CDP | CDP | - | - |
| energia MOPAC | tak | tak | tak | tak | - |
| gradient MOPAC | tak | tak | tak | - | - |
Legenda:
C = konwencjonalne przechowywanie całek na dysku (ang. Conventional storage)
D = bezpośrednie obliczanie całek AO (ang. Direct evaluation)
P = możliwe wykonanie rówoległe (ang. Parallel execution)
GAMESS w WCSS
Pakiet GAMESS jest dostępny na klastrze Bem.
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-gamess (uruchamia domyślną wersję programu)
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-gamess Usage: /usr/local/bin/sub-gamess input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 2) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504) -b external basis set path
Na przykład
> sub-gamess test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Wyniki w plik.out, pliki PUNCH i IRCDATA w katalogu zadania.
GAMESS wykorzystuje InfiniBand. Możliwe są obliczenia na więcej niż jednym węźle obliczeniowym.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Dokumentacja
Dokumentacja znajduje się w podkatalogach /usr/local/gamess/WERSJA/doc/ na poszczególnych systemach obliczeniowych KDM WCSS:
- INTRO.DOC - wstępne informacje wraz z listą możliwości i listą autorów pakietu
- INPUT.DOC - dokładny opis struktury pliku wejściowego
- TESTS.DOC - przykładowe pliki wejściowe
- REFS.DOC - odnośniki i sposoby użycia programu
- PROG.DOC - kompilacja, struktura programu i lista plików
- IRON.DOC - informacje specyficzne dla typu maszyny
GAMESS w sieci
Zobacz też
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|