CP2K: Różnice pomiędzy wersjami
| (Nie pokazano 6 wersji utworzonych przez 2 użytkowników) | |||
| Linia 1: | Linia 1: | ||
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small> | <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < CP2K</small> | ||
| − | {{aplikacja|nazwa=CP2K|serwer=[[ | + | {{aplikacja|nazwa=CP2K|logo=[[Plik:cp2k-logo.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja='''8.1'''|wersja2=2.6.1|}} |
===Informacje ogólne=== | ===Informacje ogólne=== | ||
| − | CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, | + | CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztworów, molekuł i systemów biologicznych. |
CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.: | CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.: | ||
* QM/MM | * QM/MM | ||
* Hartree-Fock | * Hartree-Fock | ||
| − | * Rachunek zaburzeń | + | * Rachunek zaburzeń Møllera-Plesseta i metoda MP2 |
* Teoria funkcjonału gęstości (DFT) | * Teoria funkcjonału gęstości (DFT) | ||
Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method). | Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method). | ||
| Linia 16: | Linia 16: | ||
=== Wstawianie zadań wsadowych do kolejki === | === Wstawianie zadań wsadowych do kolejki === | ||
| − | Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' ( | + | Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu '''sub-cp2k''' (uruchamia domyślną wersję programu). |
| − | + | Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: | |
| − | + | > sub-cp2k | |
| − | + | Usage: /usr/local/bin/sub-cp2k input_file [parameters] | |
| − | + | Parameters: | |
| − | + | -q queue (default - main) | |
| − | + | -n nodes (default - 1) | |
| − | + | -p cores (per node, default - 1) | |
| + | -m memory (per node, in MB, default - 2000) | ||
| + | -w walltime (in hours, default - 504) | ||
| + | |||
| + | Na przykład | ||
| + | |||
| + | > sub-cp2k test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2 | ||
| + | |||
| + | Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny. | ||
=== Input=== | === Input=== | ||
Aktualna wersja na dzień 12:21, 8 mar 2021
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < CP2K
| CP2K | |
|---|---|
 | |
| Serwer | Wersja |
| Bem | 8.1 2.6.1 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
Informacje ogólne
CP2K jest programem służącym do atomistycznych i molekularnych symulacji ciał stałych, roztworów, molekuł i systemów biologicznych.
CP2K jest kodem umożliwiającym przeprowadzanie symulacji z zastosowaniem wielu metod, m.in.:
- QM/MM
- Hartree-Fock
- Rachunek zaburzeń Møllera-Plesseta i metoda MP2
- Teoria funkcjonału gęstości (DFT)
Częścią programu CP2K jest Quickstep model bazujący na metodzie GPW (Gaussian and plane waves method).
CP2K jest łatwo dostępny, objęty licencją GPL. Może być efektywnie przetwarzany równolegle.
Wstawianie zadań wsadowych do kolejki
Aby wstawić zadanie CP2K należy skorzystać ze skryptu sub-cp2k (uruchamia domyślną wersję programu).
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
> sub-cp2k Usage: /usr/local/bin/sub-cp2k input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -n nodes (default - 1) -p cores (per node, default - 1) -m memory (per node, in MB, default - 2000) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-cp2k test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
Input
Wygląd oraz opis pliku inputowego programu CP2K wraz z dozwolonymi parametrami dostępny jest na stronie : http://manual.cp2k.org/trunk/
CP2K w sieci
Zobacz też: Oprogramowanie KDM
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|