NWChem: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
m (1 wersja)
 
 
(Nie pokazano 14 wersji utworzonych przez 5 użytkowników)
Linia 1: Linia 1:
−
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
+
<small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]] < NWChem</small>
−
{{zasobytab|logo=|serwery=[[Nova]]}}
+
{{aplikacja|nazwa=NWChem|logo=[[Plik:nwchem.png|noframe|center]]|serwer=[[Bem]]|wersja=6.8|wersja2='''6.5'''}}
 
'''NWCHEM''' jest  pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w  Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
 
'''NWCHEM''' jest  pakietem do obliczeń metodą ''ab initio'' w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w  Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).
  
−
== Informacje ogólne ==
+
== Korzystanie z pakietu w WCSS ==
−
Opis funkcjonalności znajduje się na stronie domowej projektu: [http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/capabilities/nwchem_capab.html NWChem Home Page]
+
Na klastrze [[Bem]] zainstalowana jest wersja '''6.5''' (lokalizacja /usr/local/nwchem/)
 +
 
 +
=== Wstawianie zadań do kolejki ===
 +
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
 +
 
 +
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-nwchem (uruchamia domyślną wersję programu)
 +
 
 +
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
  
−
== Korzystanie z pakietu w WCSS ==
+
> sub-nwchem
−
Obliczenia uruchamia się poleceniem:
+
Usage: /usr/local/bin/sub-nwchem input_file [parameters]
 +
Parameters:
 +
-q queue (default - main)
 +
-n nodes (default - 1)
 +
-p cores (per node, default - 1)
 +
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
 +
-w walltime (in hours, default - 504
 +
 
 +
Na przykład
 +
 
 +
> sub-nwchem test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2
 +
 
 +
Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM  (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.
 +
 
 +
 
 +
'''Uwaga'''
 +
 
 +
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
 +
 
 +
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]?
 +
 
 +
 
 +
;Plik wejściowy
 +
Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).
 +
<pre>
 +
start feco5
 +
# Fe(CO)5
 +
 
 +
geometry units au
 +
  symmetry group d3h
 +
 
 +
  fe 0.0 0.0 0.0
 +
 
 +
  c 0.0 0.0 3.414358
 +
  o 0.0 0.0 5.591323
 +
 
 +
  c 2.4417087 2.4417087 0.0
 +
  o 3.9810552 3.9810552 0.0
 +
end
 +
 
 +
basis
 +
  fe library 3-21g
 +
  o  library 3-21g
 +
  c  library 3-21g
 +
end
 +
 
 +
basis "cd basis"
 +
  o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 +
  c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 +
fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 +
end
 +
 
 +
dft
 +
  xc becke88 lyp
 +
end
  
−
> sub-nwchem plik_zadania.nw nazwa_kolejki ilość_procesorów ilość_pamięci_do_alokacji
+
task dft
 +
</pre>
  
−
np.
 
  
−
> sub-nwchem test.nw parallel 4 7000
+
=== Informacje o wykorzystaniu ===
 +
{{Podziękowanie_WCSS}}
  
−
== Wersja Pakietu ==
+
== Dokumentacja ==
−
Obecnie zainstalowaną wersją pakietu NWChem jest '''ver. 5.1''', skompilowana przy użyciu [[Global Arrays toolkit]] ver 4.1b.
+
* [http://www.emsl.pnl.gov/docs/nwchem/capabilities/nwchem_capab.html Strona domowa pakietu NWChem]
 +
* [http://www.emsl.pnl.gov/capabilities/computing/nwchem/docs/usermanual.pdf Podręcznik użytkownika NWChem]
  
  

Aktualna wersja na dzień 09:32, 5 wrz 2018

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NWChem

NWChem
noframe
Serwer Wersja
Bem 6.8
6.5
Kontakt
kdm@wcss.pl

NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Korzystanie z pakietu w WCSS

Na klastrze Bem zainstalowana jest wersja 6.5 (lokalizacja /usr/local/nwchem/)

Wstawianie zadań do kolejki

Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.

Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-nwchem (uruchamia domyślną wersję programu)

Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować: 

> sub-nwchem
Usage: /usr/local/bin/sub-nwchem input_file [parameters]
Parameters:
-q queue (default - main)
-n nodes (default - 1)
-p cores (per node, default - 1)
-m memory (per node, in MB, default - 2000)
-w walltime (in hours, default - 504

Na przykład 

> sub-nwchem test.inp -q main -n 1 -p 2 -m 4000 -w 2

Zadanie uruchomione zostanie na 2 rdzeniach (w obrębie jednego węzła), wymaga 4000 MB RAM (po 2000 MB na proces), walltime zadania jest równy 2 godziny.


Uwaga

Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).

Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?


Plik wejściowy

Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5). 

start feco5
# Fe(CO)5

geometry units au
  symmetry group d3h

  fe 0.0 0.0 0.0

  c 0.0 0.0 3.414358
  o 0.0 0.0 5.591323

  c 2.4417087 2.4417087 0.0
  o 3.9810552 3.9810552 0.0
end

basis
  fe library 3-21g
  o  library 3-21g
  c  library 3-21g
end

basis "cd basis"
  o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
  c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
end

dft
  xc becke88 lyp
end

task dft


Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja


Zobacz też: Oprogramowanie KDM

Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=NWChem&oldid=5869”