AutoDock: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 17: | Linia 17: | ||
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.: | ||
| − | > | + | > qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock |
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć: | ||
| Linia 52: | Linia 52: | ||
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity). | ||
| − | |||
== Dokumentacja == | == Dokumentacja == | ||
Aktualna wersja na dzień 14:02, 21 mar 2016
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < AutoDock
| AutoDock | |
|---|---|
| Serwer | Wersja |
| Bem | 4.2.6 |
| Kontakt | |
| kdm@wcss.pl | |
AutoDock - aplikacja służąca do przewidywania sposobu wiązania się ligandów do receptora o znanej strukturze przestrzennej.
Liencja
Pakiet udostępniany jest na wolnej licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
- AutoDock jest aplikacją sekwencyjną.
- Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym należy wstawić do kolejki zadanie interaktywne, np.:
> qsub -I -l walltime=06:00:00 -l software=AutoDock
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load autodock (dla wersji domyślnej) > module load autodock/4.2.6
Powyższe polecenie ustawia odpowiednie ścieżki dostępu do aktualnie najnowszej wersji programu, w tym do polecenia autodock4 i pozostałych poleceń wywołujących poszczególne moduły.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Wstawianie zadań do kolejki
Do wstawiania zadań do systemu kolejkowego służy polecenie sub-autodock-4.2.6
Uruchomienie skryptu bez podania argumentów wyświetli podpowiedź jak należy te argumenty specyfikować:
>sub-autodock-4.2.6 Usage: /usr/local/bin/sub-autodock-4.2.6 input_file [parameters] Parameters: -q queue (default - main) -w walltime (in hours, default - 504)
Na przykład
> sub-autodock-4.2.6 recluster.dpf -w 2
Zadanie uruchomione zostanie na 1 rdzeniu (w obrębie jednego węzła), wymaga 2000 MB pamięci, walltime zadania jest równy 2 godziny.
Uwaga
Na klastrze Bem zadania należy zlecać do kolejki main. Jest to kolejka przekierowująca - na podstawie podanego limitu czasu (walltime) zadania będą przenoszone do odpowiednich kolejek (np. normal, infinity).
Dokumentacja
Zobacz też:
- Oprogramowanie KDM
- System kolejkowy PBS
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|