Dalton: Różnice pomiędzy wersjami

Z KdmWiki
Przejdź do nawigacji Przejdź do wyszukiwania
Linia 23: Linia 23:
 
  /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton
 
  /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton
  
−
Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik '''.dal''') oraz danych (plik '''.mol'''). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików:
+
Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik '''.dal''') oraz danych (plik '''.mol'''). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików <code>calc.dal</code> i <code>h2o.mol</code>:
−
> ls
+
  > /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc h2o
−
calc.dal
 
−
h2o.mol
 
−
> /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc h2o
 
  
−
Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. h2o.dal i h2o.mol, program można uruchomić następująco:
+
Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. calc_h2o.dal i calc_h2o.mol, program można uruchomić następująco:
−
  > /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton h2o
+
  > /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc_h2o
  
 
; Wstawianie do kolejki
 
; Wstawianie do kolejki
Linia 39: Linia 36:
 
* <code>plik.dal</code> - plik wejściowy z instrukcjami
 
* <code>plik.dal</code> - plik wejściowy z instrukcjami
 
* <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi
 
* <code>plik.mol</code> - plik wejściowy z danymi
−
* <code>wielkosc_pamieci_w_MB</code> - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania
+
* <code>wielkosc_pamieci_w_MB</code> - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania. Ponieważ część pamięci zużywana jest przez binaria programu, jako pamięć roboczą (zmienna środowiskowa WRKMEM) skrypt przekazuje do Daltona 90% podanego rozmiaru pamięci.
 
* <code>kolejka</code> - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.
 
* <code>kolejka</code> - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.
 
* <code>liczba_procesorow</code> - parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4.
 
* <code>liczba_procesorow</code> - parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4.
Linia 45: Linia 42:
 
;Obliczenia równoległe
 
;Obliczenia równoległe
 
Dalton w wersji równoległej korzysta z [[MVAPICH]] (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy <code>mpiexec</code> (a nie <code>mpirun</code>). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: <code>/usr/locla/bin/mpiexec</code>.  
 
Dalton w wersji równoległej korzysta z [[MVAPICH]] (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy <code>mpiexec</code> (a nie <code>mpirun</code>). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: <code>/usr/locla/bin/mpiexec</code>.  
−
 
−
Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.
 
  
 
Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:
 
Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład:
 
  sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow
 
  sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow
 
  sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2
 
  sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2
 +
 +
Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.
 +
 +
Przykładowy plik .dal
 +
**DALTON INPUT
 +
.OPTIMIZE
 +
'''.PARALLEL'''
 +
**WAVE FUNCTION
 +
.DFT
 +
  B3LYP
 +
**END OF INPUT
 +
 +
Przykładowy plik .mol
 +
BASIS
 +
cc-pVTZ
 +
arbitrary text in here
 +
arbitrary text in here
 +
Atomtypes=1
 +
Charge=1.0 Atoms=2
 +
H        0.0  0.0  0.0
 +
H        0.0  0.0  2.0
  
 
== Dokumentacja ==
 
== Dokumentacja ==

Wersja z 11:01, 22 lut 2010

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

Zasoby
Nova

Dalton - oprogramowanie do obliczeń kwantowo-chemicznych. Pozwala wyznaczać właściwości molekularne, w tym optyczne i elektryczne (np. liniowe i nieliniowe polaryzowalności) oraz magnetyczne (NMR, podatność magnetyczna). Udostępnia metody obliczeniowe: Hartree-Focka, wielokonfiguracyjną metodę pola samouzgodnionego, sprzężonych klasterów, teorię funkcjonału gęstości (z metodą Kohna-Shama). Jako bazy funkcyjnej program używa funkcji Gaussa (Gaussian type orbitals, GTO).

Licencja

WCSS posiada darmową licencję instytucjonalną na Daltona 2.0.

Użytkownicy korzystający z Daltona zobowiązani są do umieszczenia w publikacjach, wykorzystujących wyniki obliczeń wykonanych przy użyciu tego oprogramowania, cytowania następującej treści: 

"DALTON, a molecular electronic structure program, Release 2.0 (2005), 
see http://www.kjemi.uio.no/software/dalton/dalton.html "

Korzystanie w WCSS

Dalton w wersji 2.0 jest zainstalowany na klastrze Nova, w katalogu: 

/usr/local/dalton-2.0

Dostępna jest wersja sekwencyjna i równoległa programu. 

/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton.x
/usr/local/dalton-2.0/bin/dalpar.x

Obydwie wersje skompilowane są kompilatorem Intela, z użyciem bibliotek MKL. Werja równoległa jest dodatkowo skompilowana z bibliotekami MVAPICH.

Uruchamianie

Polecenie do uruchamiania aplikacji: 

/usr/local/dalton-2.0/bin/dalton

Dalton do obliczeń potrzebuje zbioru instrukcji (plik .dal) oraz danych (plik .mol). Uruchomienie obliczeń dla przykładowych plików calc.dal i h2o.mol: 

 > /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc h2o

Jeśli obydwa pliki mają tę samą nazwę bazową, np. calc_h2o.dal i calc_h2o.mol, program można uruchomić następująco: 

> /usr/local/dalton-2.0/bin/dalton calc_h2o
Wstawianie do kolejki

Zadania obliczeniowe należy wstawiać do kolejki, korzystając z polecenia: 

sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB [kolejka] [liczba_procesorow]

Gdzie:

  • plik.dal - plik wejściowy z instrukcjami
  • plik.mol - plik wejściowy z danymi
  • wielkosc_pamieci_w_MB - całkowity rozmiar pamięci RAM dla zadania. Ponieważ część pamięci zużywana jest przez binaria programu, jako pamięć roboczą (zmienna środowiskowa WRKMEM) skrypt przekazuje do Daltona 90% podanego rozmiaru pamięci.
  • kolejka - parametr opcjonalny, kolejka PBS, do której ma zostać wstawione zadanie, wartość domyślna: normal.
  • liczba_procesorow - parametr opcjonalny, liczba procesorów dla zadania, wartość domyślna: 1 CPU, może przyjmować wartości 1,2 lub wielokrotność 4.
Obliczenia równoległe

Dalton w wersji równoległej korzysta z MVAPICH (procesy komunikują się przez sieć InfiniBand). Skrypt uruchamiający program używa komendy mpiexec (a nie mpirun). Na klastrze Nova należy korzystać z mpiexec dostępnego w katalogu: /usr/locla/bin/mpiexec.

Uruchamianie obliczeń równoległych w kolejce, przykład: 

sub-dalton plik.dal plik.mol wielkosc_pamieci_w_MB kolejka liczba_procesorow
sub-dalton calc.dal h2o.mol 4000 parallel 2

Do wykonania obliczeń równoległych potrzebne są odpowiednio przygotowane pliki wejściowe.

Przykładowy plik .dal 

**DALTON INPUT
.OPTIMIZE
.PARALLEL
**WAVE FUNCTION
.DFT
 B3LYP
**END OF INPUT

Przykładowy plik .mol 

BASIS
cc-pVTZ
arbitrary text in here
arbitrary text in here
Atomtypes=1
Charge=1.0 Atoms=2
H        0.0   0.0   0.0
H        0.0   0.0   2.0

Dokumentacja


Oprogramowanie
naukowe 		Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD:  Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k


Źródło: „https://kdm.wcss.pl/w/index.php?title=Dalton&oldid=1204”