CPMD: Różnice pomiędzy wersjami

Wersja z 13:30, 18 lip 2011

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe

{{{nazwa}}}

Serwer	Wersja
Nova	3.11.1 3.13.1 3.13.2
Kontakt
kdm@wcss.pl

CPMD (ang. Car-Parrinello Molecular Dynamics) - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.

Informacje ogólne

CPMD dostępny jest na wiele architektur i jest dobrze zrównoleglony (przy użyciu MPI i Mixed MPI/SMP). Główne własności pakietu:

Praca z pseudopotencjałami norm-conserving oraz ultrasoft,
przybliżenia LDA, LSD i GGA, energia swobodna,
układy periodyczne i aperiodyczne, k-points,
symetria punktowa i przestrzenna,
optymalizacja funkcji falowej (bezpośrednia, diagonalizacja, ...),
dynamika molekularna zespołów mikrokanonicznego (NVE), kanonicznego (NVT) oraz izotermiczno-izobarycznego (NPT),
dynamika molekularna typu path intagral,
response functions.
stany wzbudzone.
własności elektronowe.

CPMD w WCSS

CPMD dostępny jest na Leo i Novej w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zainstalowany został pakiet w wersjach 3.11, 3.13.1 i 3.13.2.

Zalecenia ogólne

Prosimy o nie tworzenie dużych plików trajektorii ani restartów w katalogach domowych /home. Powoduje to blokowanie serwerów NFS a tym samym całych klastrów i wszystkich pozostałych zadań obliczeniowych. Duże pliki prosimy generować wyłącznie na dyskach /scratch.
Prosimy o nie używanie polecenia qdel do kończenia zadania (CPMD niepoprawnie obsługuje sygnały). Zamiast tego, w katalogu zadania należy utworzyć pusty plik o nazwie EXIT i poczekać na automatyczne zakończenie się zadania:

touch EXIT

Wszystkie potencjały, także niestandardowe - dostępne na stronach domowych CPMD, zostały zainstalowane w katalogach /usr/local/CPMD-xxx/PPLIBNEW/. Jeśli zachodzi potrzeba użycia własnych potencjałów, to przed wykonaniem skryptu sub-cpmd (opisane poniżej), należy ustawić zmienną środowiskową:

export PP_LIBRARY_PATH=/moj/katalog_z_PP/

Prosimy nie używać własnych skryptów do wstawiania zadań. Utrudnia to wprowadzanie zmian systemowych.

Leo

wersja: 3.11.1, 3.13.1, 3.13.2

Na Leo CPMD działa sekwencyjnie i równolegle.

Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin) sub-cpmd. Zadania typu Path Integrals prosimy wstawiać do kolejki skryptem sub-cpmd-PI.

Nova

wersja: 3.13.2

Na klastrze Nova dostępna jest wersja równoległa (kompilacja z MKL, MVAPICH).

Wstawianie zadań do kolejki

Wstawianie zadań CPMD do poszczególnych kolejek systemu PBS odbywa się przez wywołanie skryptu (lokalizacja: /usr/local/bin):

sub-cpmd plik_wejsciowy.inp [kolejka] [liczba_cpu] [pamiec_per_cpu_w_MB]

gdzie:

plik_wejsciowy.inp - plik z danymi programu
pamiec_per_cpu_w_MB - pamięć operacyjna per 1 cpu podana w MB (domyślnie 1800 MB).
kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
liczba_cpu - liczba procesorów na których ma liczyć się zadanie (domyślnie 4).

Skrypt uruchamia najnowszą wersję programu. Wyniki obliczeń będą wygenerowane do pliku z rozszerzeniem .out.

Uwagi

Zadania wstawiane poleceniem sub-cpmd standardowo startują z dysku /lustre/scratch/, który jest współdzielony przez wszystkie węzły, w tym dostępowy.

Plik wyników tworzony jest na dysku /home/. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku /home/ jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.

Dokumentacja

Dokumentacja CPMD dostępna jest na każdym z serwerów w katalogu instalacji, np. na Leo: /usr/local/CPMD/manual/manual.pdf.

CPMD w sieci

Bibliografia

Jorge Kohanoff: Electronic Structure Calculations for Solids and Molecules: Theory and Computational Methods. Cambridge University Press (May 31, 2006), s. 384. ISBN: 0521815916. (w języku angielskim)

Zobacz też:

Oprogramowanie
naukowe

Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k

@@ Linia 1: / Linia 1: @@
 <small>< [[Podręcznik użytkownika KDM]] < [[Oprogramowanie KDM]] < [[Oprogramowanie naukowe]]</small>
-{{zasobytab|logo= |serwery=[[Leo]]<br>[[Nova]]}}
+{{aplikacja|logo= |serwer=[[Leo]]|wersja=3.11.1|wersja2=3.13.1|wersja3=3.13.2|serwer=[[Nova]]|wersja21=3.13.2}}
 '''CPMD''' (ang. ''Car-Parrinello Molecular Dynamics'') - pakiet z dziedziny dynamiki molekularnej, implementujący metodologię Car-Parinello. Pierwszą wersję pakietu napisał Jurg Hutter w laboratorium badawczym IBM w Zurichu, kolejne wersje rozwijane były przy współudziale ludzi i organizacji z całego świata. Obecnie za licencjonowanie pakietu odpowiada IBM corp i MPI Stuttgart. Po dopełnieniu formalności licencyjnych pakiet jest udostępniany za darmo organizacjom niekomercyjnym.
@@ Linia 17: / Linia 17: @@
 == CPMD w WCSS ==
-CPMD dostępny jest na [[Leo]] i [[Nova|Novej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zainstalowany został pakiet w wersjach 3.9, 3.11, 3.13.2.
+CPMD dostępny jest na [[Leo]] i [[Nova|Novej]] w wersji sekwencyjnej i równoległej. Zainstalowany został pakiet w wersjach 3.11, 3.13.1 i 3.13.2.
 ;Zalecenia ogólne
@@ Linia 28: / Linia 28: @@
 === Leo ===
-wersja: 3.9.2, 3.11.1, 3.13.2
+wersja: 3.11.1, 3.13.1, 3.13.2
 Na [[Leo]] CPMD działa sekwencyjnie i równolegle.
@@ Linia 36: / Linia 36: @@
 === Nova ===
-wersja: 3.11.1, 3.13.2
+wersja: 3.13.2
 Na klastrze [[Nova]] dostępna jest wersja równoległa (kompilacja z MKL, MVAPICH).
@@ Linia 58: / Linia 58: @@
 Plik wyników tworzony jest na dysku <code>/home/</code>. Tworzenie plików RESTART itp. na dysku <code>/home/</code> jest zabronione. Pliki te będą automatycznie kasowane.
-== Przykładowe wyniki obliczeń ==
-Przykładowa animacja dynamiki ruchu protonu w dimerze kwasu monochlorooactowego w temperaturze 450K, obliczona metodą CPMD (z pracy doktorskiej Piotra Durlaka pt. "Teoretyczne badanie właściwości i dynamiki ruchu protonu w prostych kwasach karboksylowych", promotor: prof. dr hab. Zdzisław Latajka, Wydział Chemii Uniwersytetu Wrocławskiego, 2007 r.)
-{{#ev:googlevideo|2202744854524015506|400}}
 == Dokumentacja ==