ABINIT: Różnice pomiędzy wersjami
| Linia 19: | Linia 19: | ||
* 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna) | * 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna) | ||
| − | + | === Wstawianie zadań do kolejki === | |
| − | |||
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego. | ||
| Linia 58: | Linia 57: | ||
'''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | '''Zobacz też:''' [[Jak korzystać z kolejek PBS]]? | ||
| − | + | === Środowisko i praca interaktywna === | |
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić zadanie do kolejki interaktywnej, np.: | Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić zadanie do kolejki interaktywnej, np.: | ||
| Linia 74: | Linia 73: | ||
> abinit | > abinit | ||
| − | == Uwagi == | + | === Uwagi === |
; Restartowanie obliczeń | ; Restartowanie obliczeń | ||
:Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK. | :Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtden]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtwf]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [http://www.abinit.org/documentation/helpfiles/for-v6.6/input_variables/varfil.html#prtgeo]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK. | ||
Wersja z 11:53, 19 lip 2012
< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < ABINIT
| ABINIT | |
|---|---|
| |
| Serwer | Wersja |
| Supernova | 6.12.1 6.10.3 6.8.1 6.6.3 6.4.3-seq |
| Kontakt | |
| admin@kdm.wcss.wroc.pl | |
ABINIT - pakiet, który pozwala na wyznaczenie całkowitej energii, gęstości ładunku i struktury elektronowej układów złożonych z elektronów i nukleonów, w oparciu o teorię funkcjonału gęstości (ang. Density Functional Theory, DFT) przy użyciu pseudopotencjałów i funkcji fali płaskiej. ABINIT zawiera również opcje do optymalizacji geometrii według sił i naprężeń DFT, przeprowadzania dynamicznych symulacji molekularnych przy użyciu tych sił lub do generowania dynamicznych macierzy, efektywnych ładunków Borna oraz tensorów dielektrycznych. Stan wzbudzony można oszacować z zależnej od czasu teorii funkcjonału gęstości (dla molekuł) lub z teorii perturbacji wielu ciał (przybliżenie GW). Dodatkowo, pakiet zawiera różne programy narzędziowe.
Licencja
Pakiet udostępniany jest na licencji GNU GPL.
Informacje o wykorzystaniu
Autorzy pakietu ABINIT sugerują umieszczenie w publikacji adnotacji o wykorzystaniu pakietu do przeprowadzenia obliczeń. Proponowana treść takiej adnotacji jest dostępna w dokumentacji i na stronie pakietu: Acknowledgments.
Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):
"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "
"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."
Korzystanie w WCSS
ABINIT dostępny jest na klastrze Supernova w katalogu /usr/local/abinit w wersji:
- 6.12.1 (wersja równoległa)
- 6.10.3 (wersja równoległa)
- 6.8.1 (wersja równoległa)
- 6.6.3 (wersja równoległa)
- 6.4.3-seq (wersja sekwencyjna)
Wstawianie zadań do kolejki
Zadania obliczeniowe należy uruchamiać za pośrednictwem systemu kolejkowego.
Do wstawiania zadań równoległych do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit plik.files [kolejka] [liczba_rdzeni] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję równoległą programu;
- Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
plik.files- plik z danymi sterującymi dla programu;kolejka- nazwa kolejki PBS, domyślnieparallel;liczba_rdzeni- liczba rdzeni, na których ma być uruchomione zadanie, domyślnie 4;wielkosc pamieci per rdzeń w MB- wielkość pamięci operacyjnej wymagana dla każdego z rdzeni, domyślnie 1800 MB.
Do wstawiania zadań sekwencyjnych (bez MPI) do systemu kolejkowego służy polecenie:
> sub-abinit-seq plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia najnowszą dostępną wersję sekwencyjną programu;
- Program uruchamiany jest domyślnie na 1 rdzeniu;
- Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
plik.files- plik z danymi sterującymi dla programu;kolejka- nazwa kolejki PBS, domyślnienormal;wielkosc pamieci per rdzeń w MB- wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
Do wstawiania zadań narzędzia optic służy polecenie:
> sub-optic plik.files [kolejka] [wielkosc pamieci per rdzeń w MB]
Gdzie:
- Polecenie uruchamia wersję 6.6.3 narzędzia optic;
- Program uruchamiany jest na 1 rdzeniu;
- Parametry w nawiasach [] są opcjonalne;
plik.files- plik z danymi sterującymi dla programu;kolejka- nazwa kolejki PBS, domyślnienormal;wielkosc pamieci per rdzeń w MB- wielkość pamięci operacyjnej wymagana przez program, domyślnie 1800 MB.
Zobacz też: Jak korzystać z kolejek PBS?
Środowisko i praca interaktywna
Przed przystąpieniem do korzystania z aplikacji w trybie interaktywnym (konwersacyjnym) należy wstawić zadanie do kolejki interaktywnej, np.:
> qsub -I -q short6h -l select=1:ncpus=1:mem=1800MB
Następnie należy ustawić środowisko programu wykonując polecenie, odpowiednio do wersji, której chcemy użyć:
> module load abinit (dla wersji domyślnej - najnowszej) > module load abinit/6.12.1 > module load abinit/6.10.3 > module load abinit/6.8.1 > module load abinit/6.6.3 > module load abinit/6.4.3
Po ustawieniu środowiska dla danej wersji można korzystać z polecenia do uruchamiania programu głównego (oraz szeregu narzędzi do pre i postprocessingu):
> abinit
Uwagi
- Restartowanie obliczeń
- Abinit pozwala na zapisywanie plików *DEN, *WFK itd., które umożliwiają restart obliczeń. W tym celu korzysta się ze słów kluczowych, w przypadku plików DEN i WFK sa to odpowiednio: prtden (PRinT the DENsity[1]) i prtwf (PRinT the WaveFunction[2]). Dla obliczeń dynamiki molekularnej czy optymalizacji struktury można także zachować geometrie na każdym kroku przetwarzania (prtgeo, PRinT the GEOmetry analysis [3]). Domyślnie ustawione są opcje prtden=1 i prtwf=1, więc zapisywane są pliki DEN i WFK.
Dokumentacja
- Strona domowa pakietu
- Podręcznik użytkownika wersji 6.10
- Podręcznik użytkownika wersji 6.6
- Podręcznik użytkownika wersji 6.4
| Oprogramowanie naukowe |
Abaqus ⋅ ABINIT ⋅ ADF ⋅ Amber ⋅ ANSYS [ ANSYS CFD: Fluent, CFX, ICEM; Mechanical ] ⋅ AutoDock ⋅ BAGEL ⋅ Beast ⋅ Biovia [ Materials Studio, Discovery Studio ] ⋅ Cfour ⋅ Comsol ⋅ CP2K ⋅ CPMD ⋅ CRYSTAL ⋅ Dalton ⋅ Dask ⋅ DIRAC ⋅ FDS-SMV ⋅ GAMESS ⋅ Gaussian ⋅ Gromacs ⋅ IDL ⋅ Lumerical [ FDTD, MODE ] ⋅ Mathcad ⋅ Mathematica⋅ Matlab ⋅ Molcas ⋅ Molden ⋅ Molpro ⋅ MOPAC ⋅ NAMD ⋅ NBO ⋅ NWChem ⋅ OpenFOAM ⋅ OpenMolcas ⋅ Orca ⋅ Quantum ESPRESSO ⋅ R ⋅ Rosetta ⋅ SIESTA ⋅ Tinker ⋅ TURBOMOLE ⋅ VASP ⋅ VMD ⋅ WIEN2k |
|---|