NWChem

< Podręcznik użytkownika KDM < Oprogramowanie KDM < Oprogramowanie naukowe < NWChem

NWChem
Serwer	Wersja
Supernova	6.3 6.1.1
Kontakt
kdm@wcss.pl

NWCHEM jest pakietem do obliczeń metodą ab initio w dziedzinie chemii molekuralnej. Program rozwijany jest przez Molecular Sciences Software group of the Environmental Molecular Sciences Laboratory (EMSL) w Pacific Northwest National Laboratory (PNNL).

Korzystanie z pakietu w WCSS

Obecnie zainstalowane są wersje 6.1.1 oraz 6.3.

Obliczenia uruchamia się poleceniem:

> sub-nwchem plik_danych.nw pamięc-w-MB kolejka liczba_procesorow 

gdzie:

• pamiec-w-MB - pamięć operacyjna dla całego zadania, musi być podana w MB.
• plik_danych.nw - plik z danymi programu
• kolejka - kolejka PBS, w której ma być uruchomione zadanie (domyślnie parallel)
• liczba_procesorow - domyślnie zadanie uruchamiane jest na 4 procesorach, wartość tego parametru powinna być wielokrotnością 4.

Przykład uruchomienia (z pamięcią 7 GB, kolejka parallel, zadanie 4 procesorowe):

> sub-nwchem test.nw 7000 parallel 4 

Plik wejściowy

Poniżej znajduje się przykładowy plik wejściowy do obliczeń programem NWChem (dla Fe(CO)5).

start feco5
# Fe(CO)5

geometry units au
  symmetry group d3h

  fe 0.0 0.0 0.0

  c 0.0 0.0 3.414358
  o 0.0 0.0 5.591323

  c 2.4417087 2.4417087 0.0
  o 3.9810552 3.9810552 0.0
end

basis
  fe library 3-21g
  o  library 3-21g
  c  library 3-21g
end

basis "cd basis"
  o library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
  c library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
 fe library "DGauss A1 DFT Coulomb Fitting"
end

dft
  xc becke88 lyp
end

task dft

Jeżeli plik wejściowy ma nazwę feco5.nw, obliczenia zleci się poleceniem:

> sub-nwchem feco5.nw 2000 parallel 4

Informacje o wykorzystaniu

Wszelkie publikacje, (w tym prace doktorskie i dyplomowe) wykorzystujące wyniki obliczeń wykonanych na komputerach WCSS, powinny zawierać podziękowania postaci (odpowiednio do języka publikacji):

"Obliczenia wykonano na komputerach Wrocławskiego Centrum Sieciowo-Superkomputerowego (http://www.wcss.pl), grant obliczeniowy Nr ... "

"Calculations have been carried out in Wroclaw Centre for Networking and Supercomputing (http://www.wcss.pl), grant No. ..."

Dokumentacja

• Strona domowa pakietu NWChem
• Podręcznik użytkownika NWChem

Zobacz też: Oprogramowanie KDM